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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7008 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Mical Oxidized Actin (Class 1) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() cytoskeletal motor activator activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / ![]() | |||||||||
![]() | Grintsevich EE / Ge P / Sawaya MR / Yesilyurt HG / Terman JR / Zhou ZH / Reisler E | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Catastrophic disassembly of actin filaments via Mical-mediated oxidation. 著者: Elena E Grintsevich / Peng Ge / Michael R Sawaya / Hunkar Gizem Yesilyurt / Jonathan R Terman / Z Hong Zhou / Emil Reisler / ![]() 要旨: Actin filament assembly and disassembly are vital for cell functions. MICAL Redox enzymes are important post-translational effectors of actin that stereo-specifically oxidize actin's M44 and M47 ...Actin filament assembly and disassembly are vital for cell functions. MICAL Redox enzymes are important post-translational effectors of actin that stereo-specifically oxidize actin's M44 and M47 residues to induce cellular F-actin disassembly. Here we show that Mical-oxidized (Mox) actin can undergo extremely fast (84 subunits/s) disassembly, which depends on F-actin's nucleotide-bound state. Using near-atomic resolution cryoEM reconstruction and single filament TIRF microscopy we identify two dynamic and structural states of Mox-actin. Modeling actin's D-loop region based on our 3.9 Å cryoEM reconstruction suggests that oxidation by Mical reorients the side chain of M44 and induces a new intermolecular interaction of actin residue M47 (M47-O-T351). Site-directed mutagenesis reveals that this interaction promotes Mox-actin instability. Moreover, we find that Mical oxidation of actin allows for cofilin-mediated severing even in the presence of inorganic phosphate. Thus, in conjunction with cofilin, Mical oxidation of actin promotes F-actin disassembly independent of the nucleotide-bound state. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 14.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 50 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.041 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Filamentous Actin Oxidized by Mical at M44 and M47
全体 | 名称: Filamentous Actin Oxidized by Mical at M44 and M47 |
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要素 |
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-超分子 #1: Filamentous Actin Oxidized by Mical at M44 and M47
超分子 | 名称: Filamentous Actin Oxidized by Mical at M44 and M47 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 42.141973 KDa |
配列 | 文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGV(SME)VG(SME)G QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YP IE(HIC)GIIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASG RTTGIVLDSG ...文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGV(SME)VG(SME)G QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YP IE(HIC)GIIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASG RTTGIVLDSG DGVTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSSS LEKSYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM Y PGIADRMQ KEITALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot Force 1, Blot time 4s. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan Bio Quantum |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 4-20 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-6avb: |