PDB-5h8y: Crystal structure of the complex between maize sulfite reductase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h8y

タイトル

Crystal structure of the complex between maize sulfite reductase and ferredoxin in the form-2 crystal

要素

Ferredoxin-1, chloroplastic
Sulfite reductase [ferredoxin], chloroplastic

キーワード

OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / ferredoxin / sulfite reductase / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex

機能・相同性

機能・相同性情報

plastid chromosome packaging / assimilatory sulfite reductase (ferredoxin) / sulfide oxidation / sulfite reductase (ferredoxin) activity / chloroplast nucleoid / sulfate assimilation / chloroplast stroma / response to light stimulus / chloroplast / electron transport chain ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kurisu, G. / Nakayama, M. / Hase, T.

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2016
タイトル: Structural and mutational studies of an electron transfer complex of maize sulfite reductase and ferredoxin.
著者: Kim, J.Y. / Nakayama, M. / Toyota, H. / Kurisu, G. / Hase, T.

履歴

登録	2015年12月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.0	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h8y.cif.gz	951.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h8y.ent.gz	793.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/5h8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/5h8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h8vC 5h92C 3b2f C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p26-d 2nu7-d 6u1c-d 4p25-d 1chu-1 6d3i-d 4p2n-d 1j0d-d 2nu8-d 6tyi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (8)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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シトクロムc (Cytochrome c)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (5)

登録構造単位

A: Sulfite reductase [ferredoxin], chloroplastic

B: Sulfite reductase [ferredoxin], chloroplastic

C: Sulfite reductase [ferredoxin], chloroplastic

D: Sulfite reductase [ferredoxin], chloroplastic

E: Ferredoxin-1, chloroplastic

F: Ferredoxin-1, chloroplastic

ヘテロ分子

287 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Sulfite reductase [ferredoxin], chloroplastic

D: Sulfite reductase [ferredoxin], chloroplastic

E: Ferredoxin-1, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
144 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Sulfite reductase [ferredoxin], chloroplastic

C: Sulfite reductase [ferredoxin], chloroplastic

F: Ferredoxin-1, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
144 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	176.219, 176.219, 195.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D
1	7	E
2	7	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	TRP	TRP	A	A	63 - 628	11 - 576
2	1	LYS	LYS	TRP	TRP	B	B	63 - 628	11 - 576
1	2	ARG	ARG	TRP	TRP	A	A	64 - 628	12 - 576
2	2	ARG	ARG	TRP	TRP	C	C	64 - 628	12 - 576
1	3	LYS	LYS	TRP	TRP	A	A	63 - 628	11 - 576
2	3	LYS	LYS	TRP	TRP	D	D	63 - 628	11 - 576
1	4	ARG	ARG	TRP	TRP	B	B	64 - 628	12 - 576
2	4	ARG	ARG	TRP	TRP	C	C	64 - 628	12 - 576
1	5	LYS	LYS	TRP	TRP	B	B	63 - 628	11 - 576
2	5	LYS	LYS	TRP	TRP	D	D	63 - 628	11 - 576
1	6	ARG	ARG	TRP	TRP	C	C	64 - 628	12 - 576
2	6	ARG	ARG	TRP	TRP	D	D	64 - 628	12 - 576
1	7	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	25 - 95	25 - 95
2	7	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	7 - 95	7 - 95

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Sulfite reductase [ferredoxin], chloroplastic / ZmSiR 分子量: 65077.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: SIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O23813, assimilatory sulfite reductase (ferredoxin)
#2: タンパク質	Ferredoxin-1, chloroplastic / Ferredoxin I / Fd I 分子量: 10518.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: FDX1, pFD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27787

-
非ポリマー , 6種, 410分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-SRM / SIROHEME 分子量: 916.661 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₄₄FeN₄O₁₆
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 22.5% PEG4000, 0.17 M Sodium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月20日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 1199152 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 19.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→30.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 10.766 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24682	8681	5 %	RANDOM
R_work	0.21792	-	-	-
obs	0.21935	164856	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.586 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.02 Å²	-0 Å²
2-	-	0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18928	0	300	392	19620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	19684
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	18588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.274	1.996	26941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.729	3	42827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.658	5	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.099	24.408	887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.052	15	3303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.063	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	22308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.535	2.034	9659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.534	2.034	9658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.29	3.044	12051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.29	3.044	12052
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.792	2.157	10025
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.79	2.157	10022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.715	3.178	14637
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.036	16.3	22672
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.028	16.27	22588
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	36000	0.1
1	2	B	36000	0.1
2	1	A	35619	0.11
2	2	C	35619	0.11
3	1	A	35245	0.1
3	2	D	35245	0.1
4	1	B	35451	0.11
4	2	C	35451	0.11
5	1	B	35139	0.11
5	2	D	35139	0.11
6	1	C	35284	0.1
6	2	D	35284	0.1
7	1	E	2389	0.24
7	2	F	2389	0.24

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	652	-
R_work	0.252	12102	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.613	-0.0934	0.1349	0.5765	-0.0697	0.7257	-0.0095	0.009	-0.0507	-0.056	-0.0202	0.1126	-0.0759	-0.1227	0.0297	0.0603	0.0474	-0.0443	0.086	-0.0256	0.0904	-102.034	70.945	9.078
2	0.3767	-0.0468	0.0224	0.4773	-0.0202	0.6802	-0.0553	-0.0609	-0.0346	0.0195	0.0004	0.0784	0.1322	-0.0294	0.0548	0.1007	0.0091	0.0458	0.0798	0.0127	0.0853	-76.635	31.967	-8.929
3	0.6715	-0.1061	0.0982	1.1176	-0.0513	0.9911	0.0671	-0.0263	0.115	-0.0676	-0.0766	-0.2597	-0.1653	0.1928	0.0095	0.1076	-0.035	0.0396	0.0612	-0.0023	0.0899	-57.971	-0.089	24.609
4	1.3013	-0.5686	0.1049	1.1792	-0.3512	0.5759	0.0184	0.215	0.2942	-0.06	-0.1359	-0.4043	-0.0073	0.1893	0.1175	0.052	0.0361	0.0242	0.1431	0.0789	0.1572	-119.282	103.706	-24.32
5	3.7368	-1.6746	1.6984	4.311	-0.7119	3.7589	0.7689	-0.1759	-0.2721	-0.5282	0.1779	0.6077	0.3735	-0.2894	-0.9468	0.1817	-0.0673	-0.102	0.1437	0.1125	0.3302	-120.596	59.378	-16.638
6	8.8125	2.3585	-5.8658	3.6166	-3.8506	10.3151	0.0838	-0.0324	0.1439	-0.0659	0.6099	0.1275	0.3784	-0.4937	-0.6937	0.1479	0.0003	0.0384	0.2794	0.0781	0.133	-98.333	25.968	16.518

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	62 - 628
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	701 - 703
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	63 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	701 - 703
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	64 - 628
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	701 - 703
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	63 - 628
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	701 - 703
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 96
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	101
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	7 - 96
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	101

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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