[日本語] English
万見
- EMDB-66174: GRM5-Gi Complex Structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-66174
タイトルGRM5-Gi Complex Structure
マップデータ
試料
  • 複合体: GRM5-Gi complex
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 5
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: 3-cyano-N-(1,3-diphenyl-1H-pyrazol-5-yl)benzamide
  • リガンド: GAMMA-L-GLUTAMIC ACID
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードReceptor complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


A2A adenosine receptor binding / sensory perception of hot stimulus / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / : / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / operant conditioning / protein localization to nuclear inner membrane / positive regulation of cellular response to hypoxia / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway ...A2A adenosine receptor binding / sensory perception of hot stimulus / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / : / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / operant conditioning / protein localization to nuclear inner membrane / positive regulation of cellular response to hypoxia / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of sensory perception of pain / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of dopamine secretion / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of neural precursor cell proliferation / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / nuclear inner membrane / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / astrocyte projection / response to corticosterone / response to morphine / temperature homeostasis / protein tyrosine kinase activator activity / conditioned place preference / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of long-term synaptic depression / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / protein tyrosine kinase binding / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / chemokine-mediated signaling pathway / dendritic shaft / response to amphetamine / Regulation of insulin secretion / neuropeptide signaling pathway / response to prostaglandin E / locomotory behavior / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / synapse organization / G protein-coupled receptor binding / postsynaptic density membrane / response to peptide hormone / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / G protein-coupled receptor activity / cellular response to amyloid-beta / centriolar satellite / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G beta:gamma signalling through BTK / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / GDP binding / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / extracellular vesicle / sensory perception of taste / sperm principal piece
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein alpha subunit, group I / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Metabotropic glutamate receptor 5 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Lu Y / Wen TL / Shen YQ / Yang X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: GRM5-Gi Complex Structure
著者: Lu Y / Wen TL / Shen YQ / Yang X
履歴
登録2025年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年5月27日-
マップ公開2026年5月27日-
更新2026年5月27日-
現状2026年5月27日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_66174.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_66174.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.12 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.12 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0027
最小 - 最大-0.0037704806 - 0.029757764
平均 (標準偏差)0.000033516593 (±0.0005037931)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 357.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : GRM5-Gi complex

全体名称: GRM5-Gi complex
要素
  • 複合体: GRM5-Gi complex
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 5
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: 3-cyano-N-(1,3-diphenyl-1H-pyrazol-5-yl)benzamide
  • リガンド: GAMMA-L-GLUTAMIC ACID
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL

+
超分子 #1: GRM5-Gi complex

超分子名称: GRM5-Gi complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 300 KDa

+
分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 5

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95.310016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG SQSSERRVVA HMPGDIIIGA LFSVHHQPTV DKVHERKCGA VREQYGIQRV EAMLHTLER INSDPTLLPN ITLGCEIRDS CWHSAVALEQ SIEFIRDSLI SSEEEEGLVR CVDGSSSSFR SKKPIVGVIG P GSSSVAIQ ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG SQSSERRVVA HMPGDIIIGA LFSVHHQPTV DKVHERKCGA VREQYGIQRV EAMLHTLER INSDPTLLPN ITLGCEIRDS CWHSAVALEQ SIEFIRDSLI SSEEEEGLVR CVDGSSSSFR SKKPIVGVIG P GSSSVAIQ VQNLLQLFNI PQIAYSATSM DLSDKTLFKY FMRVVPSDAQ QARAMVDIVK RYNWTYVSAV HTEGNYGESG ME AFKDMSA KEGICIAHSY KIYSNAGEQS FDKLLKKLTS HLPKARVVAC FCEGMTVRGL LMAMRRLGLA GEFLLLGSDG WAD RYDVTD GYQREAVGGI TIKLQSPDVK WFDDYYLKLR PETNHRNPWF QEFWQHRFQC RLEGFPQENS KYNKTCNSSL TLKT HHVQD SKMGFVINAI YSMAYGLHNM QMSLCPGYAG LCDAMKPIDG RKLLESLMKT NFTGVSGDTI LFDENGDSPG RYEIM NFKE MGKDYFDYIN VGSWDNGELK MDDDEVWSKK SNIIRSVCSE PCEKGQIKVI RKGEVSCCWT CTPCKENEYV FDEYTC KAC QLGSWPTDDL TGCDLIPVQY LRWGDPEPIA AVVFACLGLL ATLFVTVVFI IYRDTPVVKS SSRELCYIIL AGICLGY LC TFCLIAKPKQ IYCYLQRIGI GLSPAMSYSA LVTKTNRIAR ILAGSKKKIC TKKPRFMSAC AQLVIAFILI CIQLGIIV A LFIMEPPDIM HDYPSIREVY LICNTTNLGV VTPLGYNGLL ILSCTFYAFK TRNVPANFNE AKYIAFTMYT TCIIWLAFV PIYFGSNYKI ITMCFSVSLS ATVALGCMFV PKVYIILAKP ERNVRSAFTT

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 5

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.414047 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

+
分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.506765 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI LGSAGSAGSA

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

+
分子 #5: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.720795 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAASSEDL YFQ

+
分子 #6: 3-cyano-N-(1,3-diphenyl-1H-pyrazol-5-yl)benzamide

分子名称: 3-cyano-N-(1,3-diphenyl-1H-pyrazol-5-yl)benzamide / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: YKU
分子量理論値: 364.399 Da
Chemical component information

ChemComp-YKU:
3-cyano-N-(1,3-diphenyl-1H-pyrazol-5-yl)benzamide

+
分子 #7: GAMMA-L-GLUTAMIC ACID

分子名称: GAMMA-L-GLUTAMIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: GGL
分子量理論値: 147.129 Da
Chemical component information

ChemComp-GGL:
GAMMA-L-GLUTAMIC ACID

+
分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
分子 #9: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #10: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 8 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 19.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 161016
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る