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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6481 | |||||||||
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タイトル | Atomic structure of the Apaf-1 apoptosome | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the Apaf-1 apoptosome with the local mask covering one spoke region | |||||||||
試料 |
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キーワード | Apoptosome / cryo-EM structure / apoptosis / Apaf-1 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to G1 DNA damage checkpoint signaling / cytochrome c-heme linkage / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Formation of apoptosome / regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptosome / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity ...response to G1 DNA damage checkpoint signaling / cytochrome c-heme linkage / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Formation of apoptosome / regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptosome / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Transcriptional Regulation by E2F6 / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / : / response to nutrient / forebrain development / cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / kidney development / neural tube closure / mitochondrial intermembrane space / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / ADP binding / nervous system development / secretory granule lumen / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / cell differentiation / response to hypoxia / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process / nucleotide binding / lipid binding / heme binding / Neutrophil degranulation / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Equus caballus (ウマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou MY / Li YN / Hu Q / Bai XC / Huang WY / Yan CY / Scheres SHW / Shi YG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Genes Dev / 年: 2015 タイトル: Atomic structure of the apoptosome: mechanism of cytochrome c- and dATP-mediated activation of Apaf-1. 著者: Mengying Zhou / Yini Li / Qi Hu / Xiao-Chen Bai / Weiyun Huang / Chuangye Yan / Sjors H W Scheres / Yigong Shi / 要旨: The apoptotic protease-activating factor 1 (Apaf-1) controls the onset of many known forms of intrinsic apoptosis in mammals. Apaf-1 exists in normal cells as an autoinhibited monomer. Upon binding ...The apoptotic protease-activating factor 1 (Apaf-1) controls the onset of many known forms of intrinsic apoptosis in mammals. Apaf-1 exists in normal cells as an autoinhibited monomer. Upon binding to cytochrome c and dATP, Apaf-1 oligomerizes into a heptameric complex known as the apoptosome, which recruits and activates cell-killing caspases. Here we present an atomic structure of an intact mammalian apoptosome at 3.8 Å resolution, determined by single-particle, cryo-electron microscopy (cryo-EM). Structural analysis, together with structure-guided biochemical characterization, uncovered how cytochrome c releases the autoinhibition of Apaf-1 through specific interactions with the WD40 repeats. Structural comparison with autoinhibited Apaf-1 revealed how dATP binding triggers a set of conformational changes that results in the formation of the apoptosome. Together, these results constitute the molecular mechanism of cytochrome c- and dATP-mediated activation of Apaf-1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6481.map.gz | 117.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6481-v30.xml emd-6481.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6481.gif 80_6481.gif | 68 KB 4.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6481 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the Apaf-1 apoptosome with the local mask covering one spoke region | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Heptameric apoptosome of activated human Apaf-1 binding to horse ...
全体 | 名称: Heptameric apoptosome of activated human Apaf-1 binding to horse cytochrome c and dATP |
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要素 |
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-超分子 #1000: Heptameric apoptosome of activated human Apaf-1 binding to horse ...
超分子 | 名称: Heptameric apoptosome of activated human Apaf-1 binding to horse cytochrome c and dATP タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Heptamer / Number unique components: 2 |
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-分子 #1: The apoptotic protease activating factor 1
分子 | 名称: The apoptotic protease activating factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Apaf-1 / コピー数: 7 / 集合状態: Heptamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High Five / 組換プラスミド: pFastBac |
配列 | UniProtKB: Apoptotic protease-activating factor 1 |
-分子 #2: cytochrome c
分子 | 名称: cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Equus caballus (ウマ) / 別称: Horse |
配列 | UniProtKB: Cytochrome c |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES, 10 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA and 1 mM DTT |
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グリッド | 詳細: 400-mesh Cu R 1.2/1.3 grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2015年1月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 912 / 平均電子線量: 40 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.4 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 196815 |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3jbt: |