[日本語] English
万見
- EMDB-6272: Single particle cryo-EM structure of rotavirus VP6 at 2.6 Angstro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6272
タイトルSingle particle cryo-EM structure of rotavirus VP6 at 2.6 Angstroms resolution
マップデータUnsharpened reconstruction of rotavirus VP6
試料
  • 試料: 13-fold average of VP6 trimer from full rotavirus reconstruction
  • タンパク質・ペプチド: Bovine rotavirus VP6
キーワードrotavirus / VP6 / cryo-EM / single particle
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / T=13 icosahedral viral capsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6 / Intermediate capsid protein VP6
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine rotavirus strain UK/G6 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Grant T / Grigorieff N
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Measuring the optimal exposure for single particle cryo-EM using a 2.6 Å reconstruction of rotavirus VP6.
著者: Timothy Grant / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Biological specimens suffer radiation damage when imaged in an electron microscope, ultimately limiting the attainable resolution. At a given resolution, an optimal exposure can be defined that ...Biological specimens suffer radiation damage when imaged in an electron microscope, ultimately limiting the attainable resolution. At a given resolution, an optimal exposure can be defined that maximizes the signal-to-noise ratio in the image. Using a 2.6 Å resolution single particle cryo-EM reconstruction of rotavirus VP6, determined from movies recorded with a total exposure of 100 electrons/Å(2), we obtained accurate measurements of optimal exposure values over a wide range of resolutions. At low and intermediate resolutions, our measured values are considerably higher than obtained previously for crystalline specimens, indicating that both images and movies should be collected with higher exposures than are generally used. We demonstrate a method of using our optimal exposure values to filter movie frames, yielding images with improved contrast that lead to higher resolution reconstructions. This 'high-exposure' technique should benefit cryo-EM work on all types of samples, especially those of relatively low-molecular mass.
履歴
登録2015年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月4日-
マップ公開2015年3月4日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0198
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0198
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j9s
  • 表面レベル: 0.0198
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j9s
  • 表面レベル: 0.0198
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6272.png

emd_6272_1.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6272.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened reconstruction of rotavirus VP6
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 108 pix.
= 110.484 Å		1.02 Å/pix.
x 108 pix.
= 110.484 Å		1.02 Å/pix.
x 108 pix.
= 110.484 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.023 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0198 / ムービー #1: 0.0198
最小 - 最大-0.01965467 - 0.04852662
平均 (標準偏差)0.00130357 (±0.00714011)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-54-54-54
サイズ108108108
Spacing108108108
セルA=B=C: 110.484 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0231.0231.023
M x/y/z108108108
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z110.484110.484110.484
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-54-54-54
NC/NR/NS108108108
D min/max/mean-0.0200.0490.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : 13-fold average of VP6 trimer from full rotavirus reconstruction

全体名称: 13-fold average of VP6 trimer from full rotavirus reconstruction
要素
  • 試料: 13-fold average of VP6 trimer from full rotavirus reconstruction
  • タンパク質・ペプチド: Bovine rotavirus VP6

-
超分子 #1000: 13-fold average of VP6 trimer from full rotavirus reconstruction

超分子名称: 13-fold average of VP6 trimer from full rotavirus reconstruction
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Trimer / Number unique components: 1
分子量理論値: 41 KDa

-
分子 #1: Bovine rotavirus VP6

分子名称: Bovine rotavirus VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Intermediate capsid protein VP6 / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus strain UK/G6 (ウイルス) / 別称: Rv a
分子量理論値: 41 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
配列UniProtKB: Intermediate capsid protein VP6

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2.5 mg/mL
グリッド詳細: C-Flat 1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 4-6 seconds.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 29,000 times magnification
日付2014年8月13日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 531 / 平均電子線量: 100 e/Å2
詳細: 130-frame movies, 0.1 seconds per frame, 100e/A2 total dose. Super resolution.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 48876 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細Additional 13-fold averaging was performed on top of the I symmetry.
CTF補正詳細: Each Particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: TIGRIS, IMAGIC, FREALIGN
詳細: Final map is a 13-fold average of VP6 trimers from the asymmetric unit of the reconstruction of the whole capsid. Data at resolutions higher than 15A were not used for alignments.
使用した粒子像数: 4000

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1qhd


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: COOT
詳細Model was refined by real space refinement using COOT and all restraints.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-3j9s:
Single particle cryo-EM structure of rotavirus VP6 at 2.6 Angstrom resolution

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る