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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6272 | |||||||||
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タイトル | Single particle cryo-EM structure of rotavirus VP6 at 2.6 Angstroms resolution | |||||||||
![]() | Unsharpened reconstruction of rotavirus VP6 | |||||||||
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![]() | rotavirus / VP6 / cryo-EM / single particle | |||||||||
機能・相同性 | ![]() viral intermediate capsid / T=13 icosahedral viral capsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / structural molecule activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
![]() | Grant T / Grigorieff N | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Measuring the optimal exposure for single particle cryo-EM using a 2.6 Å reconstruction of rotavirus VP6. 著者: Timothy Grant / Nikolaus Grigorieff / ![]() 要旨: Biological specimens suffer radiation damage when imaged in an electron microscope, ultimately limiting the attainable resolution. At a given resolution, an optimal exposure can be defined that ...Biological specimens suffer radiation damage when imaged in an electron microscope, ultimately limiting the attainable resolution. At a given resolution, an optimal exposure can be defined that maximizes the signal-to-noise ratio in the image. Using a 2.6 Å resolution single particle cryo-EM reconstruction of rotavirus VP6, determined from movies recorded with a total exposure of 100 electrons/Å(2), we obtained accurate measurements of optimal exposure values over a wide range of resolutions. At low and intermediate resolutions, our measured values are considerably higher than obtained previously for crystalline specimens, indicating that both images and movies should be collected with higher exposures than are generally used. We demonstrate a method of using our optimal exposure values to filter movie frames, yielding images with improved contrast that lead to higher resolution reconstructions. This 'high-exposure' technique should benefit cryo-EM work on all types of samples, especially those of relatively low-molecular mass. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 180.9 KB 145 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened reconstruction of rotavirus VP6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.023 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : 13-fold average of VP6 trimer from full rotavirus reconstruction
全体 | 名称: 13-fold average of VP6 trimer from full rotavirus reconstruction |
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要素 |
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-超分子 #1000: 13-fold average of VP6 trimer from full rotavirus reconstruction
超分子 | 名称: 13-fold average of VP6 trimer from full rotavirus reconstruction タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Trimer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 41 KDa |
-分子 #1: Bovine rotavirus VP6
分子 | 名称: Bovine rotavirus VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Intermediate capsid protein VP6 / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 41 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | UniProtKB: Intermediate capsid protein VP6 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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グリッド | 詳細: C-Flat 1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 4-6 seconds. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Corrected at 29,000 times magnification |
日付 | 2014年8月13日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 531 / 平均電子線量: 100 e/Å2 詳細: 130-frame movies, 0.1 seconds per frame, 100e/A2 total dose. Super resolution. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 48876 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Additional 13-fold averaging was performed on top of the I symmetry. |
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CTF補正 | 詳細: Each Particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: TIGRIS, IMAGIC, FREALIGN 詳細: Final map is a 13-fold average of VP6 trimers from the asymmetric unit of the reconstruction of the whole capsid. Data at resolutions higher than 15A were not used for alignments. 使用した粒子像数: 4000 |