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万見
- EMDB-51017: Structure of the Partially-assembled gamma-Tubulin Ring Complex f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51017
タイトルStructure of the Partially-assembled gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
マップデータ
試料
  • 複合体: Gamma-Tubulin Ring Complex in native pig brain
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic spindle organizing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 3
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin gamma chain
キーワードTubulin Complex / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule minus-end binding / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / gamma-tubulin complex localization / equatorial microtubule organizing center / gamma-tubulin ring complex / interphase microtubule organizing center / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation ...microtubule minus-end binding / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / gamma-tubulin complex localization / equatorial microtubule organizing center / gamma-tubulin ring complex / interphase microtubule organizing center / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / pericentriolar material / cytoplasmic microtubule / mitotic spindle assembly / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / centriole / meiotic cell cycle / spindle microtubule / neuron migration / brain development / spindle / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / centrosome / GTP binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin ...Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin gamma chain / Mitotic spindle organizing protein 1 / Gamma-tubulin complex component / Gamma-tubulin complex component / Gamma-tubulin complex component 3 / Gamma-tubulin complex component
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Munoz-Hernandez H / Wieczorek M
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationTMSGI3_211309 スイス
Swiss National Science Foundation310030_208120 スイス
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2024
タイトル: Partial closure of the γ-tubulin ring complex by CDK5RAP2 activates microtubule nucleation.
著者: Yixin Xu / Hugo Muñoz-Hernández / Rościsław Krutyhołowa / Florina Marxer / Ferdane Cetin / Michal Wieczorek /
要旨: Microtubule nucleation is templated by the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), but its structure deviates from the geometry of α-/β-tubulin in the microtubule, explaining the complex's poor ...Microtubule nucleation is templated by the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), but its structure deviates from the geometry of α-/β-tubulin in the microtubule, explaining the complex's poor nucleating activity. Several proteins may activate the γ-TuRC, but the mechanisms underlying activation are not known. Here, we determined the structure of the porcine γ-TuRC purified using CDK5RAP2's centrosomin motif 1 (CM1). We identified an unexpected conformation of the γ-TuRC bound to multiple protein modules containing MZT2, GCP2, and CDK5RAP2, resulting in a long-range constriction of the γ-tubulin ring that brings it in closer agreement with the 13-protofilament microtubule. Additional CDK5RAP2 promoted γ-TuRC decoration and stimulated the microtubule-nucleating activities of the porcine γ-TuRC and a reconstituted, CM1-free human complex in single-molecule assays. Our results provide a structural mechanism for the control of microtubule nucleation by CM1 proteins and identify conformational transitions in the γ-TuRC that prime it for microtubule nucleation.
履歴
登録2024年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51017.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.41 Å/pix.
x 384 pix.
= 542.707 Å		1.41 Å/pix.
x 384 pix.
= 542.707 Å		1.41 Å/pix.
x 384 pix.
= 542.707 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4133 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.27518514 - 0.8954884
平均 (標準偏差)0.0027232966 (±0.032947302)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 542.7072 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51017_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51017_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gamma-Tubulin Ring Complex in native pig brain

全体名称: Gamma-Tubulin Ring Complex in native pig brain
要素
  • 複合体: Gamma-Tubulin Ring Complex in native pig brain
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic spindle organizing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 3
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin gamma chain

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超分子 #1: Gamma-Tubulin Ring Complex in native pig brain

超分子名称: Gamma-Tubulin Ring Complex in native pig brain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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分子 #1: Mitotic spindle organizing protein 1

分子名称: Mitotic spindle organizing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 8.285489 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MAGNSGSGAA AAANLNAVRE TMDVLLEISR ILNTGLDMET LSICVRLCEQ GINPEALSSV IKELRKATEA LKAAENMTS

UniProtKB: Mitotic spindle organizing protein 1

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分子 #2: Gamma-tubulin complex component

分子名称: Gamma-tubulin complex component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 102.609703 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MSEFRIHHDV NELLSLLRVH GGDGAEVYID LLQKNRTPYV TTTVSAHSAK VKIAEFSRTP EDFLKKYDEL KSKNTRNLDP LVYLLSKLM EDRETLQYLQ QNAKERAELA ASAAASSTAS FGASATASKI SMQELEELRK QLGSVATGPT WQQSLELTRK M LRDKQSKK ...文字列:
MSEFRIHHDV NELLSLLRVH GGDGAEVYID LLQKNRTPYV TTTVSAHSAK VKIAEFSRTP EDFLKKYDEL KSKNTRNLDP LVYLLSKLM EDRETLQYLQ QNAKERAELA ASAAASSTAS FGASATASKI SMQELEELRK QLGSVATGPT WQQSLELTRK M LRDKQSKK NSGQRLPVLP AWVYERPALL GDFLPGTGGS ADTAVPIGSL PLASQEAAVV EDLLYVLVGV DGRYISAQPL TG RQGRTFL VDPNLDLSIR ELVSRILPVA ASYSTVTRFI EEKSSFEYGQ VNHALAAAMR TLVKEYLVLV TQLEQLQRQG LLS LQKLWF YIQPAMRSLD ILASLATSVD KGECIGGATL SLLHDRSFSY TGDSQAQELC LHLTKAASTP YFEILEKWIY RGII DDPYS EFMVEEHELR KEKIQEDYND KYWDQRYTVV QRQIPSFLQK MAGKVLSTGK YLNVVRECGH DVTCPVAKEV VYTLK ERAY VEQIEKAFSY ASKVLLDFLM GEKELLAHLR SIKRYFLMDQ GDFFVHFMDL TEEELKKPVD DITPTRLEAL LELALR MST ANTDPFKDDL KIDLMPHDLI TQLLRVLAIE TQQEKAMVHA DPTELTLSGL EAFSFDYVVT WPLSLIINRK ALTRYQM LF RHMFYCKHVE RQLCSVWISN KAAKRFSLHS AKWFAGAFTL RQRMLNFVQN IQSYMMFEVM EPTWHVLEQN LRSASNID D VLGHHASFLD NCLKDCMLTN PELLRVFSKL MSVCVMFTNC LQRFTQSMKL DSELGHPALE PGAMLGPPTE AERAEERAR KELARKCLAE HVDAPQLASS FEATITKFDK NFSAHLLDLL ARLSIYSTSD CEHGMASVIS RLDFNGFYTE RLERLSAERS QKAAPPVPG PRGPPALVPR VAVTAQ

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component

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分子 #3: Gamma-tubulin complex component 3

分子名称: Gamma-tubulin complex component 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 103.172477 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MATPDQKSPN VLLQNLCCRI LGKSEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVAEKIKK ELTRQRREAD AALFSELHRK LHSQGVLKN KWSILYLLLS LSEDPRKQPS KVSGYAALFA QALPRDAHST PYYYARPQSL PLNYQERGAP SAQSAGSAGS S GVSSLGTY ...文字列:
MATPDQKSPN VLLQNLCCRI LGKSEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVAEKIKK ELTRQRREAD AALFSELHRK LHSQGVLKN KWSILYLLLS LSEDPRKQPS KVSGYAALFA QALPRDAHST PYYYARPQSL PLNYQERGAP SAQSAGSAGS S GVSSLGTY ALNGPTPPPP PPALLPGQPL PAPGVGDGLR QQLGSRLAWT LTASQPSLPS TTSKAVPSSG SRGAARPRRE GD AAAGAVE VTEAALVRDI LYVFQGIDGK HVKMSNADNC YTVEGKANLS KSLRDTAVRL AELGWLHNKI RKYTDQRSLD RSF GLVGQS FCAALHQELR EYYRLLSVLH SQLQLEDDQG VNLGLESSLT LRRLLVWTYD PKMRLKTLAA LVDHCQGRKG GELA SAVHA YTKTGDPYAR SLVQHILSLV SHPVLSFLYR WIYDGELEDT YHEFFVASDP AVKADRLWHD KYALRKPMIP SFMTM DQCR KVLLIGKSIN FLHQVCHDQT PTTKMIAVTK SAESPQDAAD LFTDLENAFQ GKIDAAYFET SKYLLDVLNK KYSLLD HMQ AMRRYLLLGQ GDFIRHLMDL LKPELVRPAT TLYQHNLTGI LETAVRATNA QFDSPEILKR LDVRLLEVSP GDTGWDV FS LDYHVDGPIA TVFTRECMSH YLRAFNFLWR AKRVEYILTD IRKGHMCNAR LLRSMPEFSG VLHHCHILAS EMVHFIHQ M QYYVTFEVLE CSWDELWNRV QRAQDLDHII AAHEAFLGTV ISRCLLDSDS RALLNQLRAV FDQIIELQNT QDAIYRAAL EELQRRLQFE EKKKQREAEG QWGVSAAEEE QEKRRVQEFQ ESIPKMCSQL RILTHFYQGV VQQFLVSLTT SSDESLRFLS FRLDFNEHY RAREPRLRVS LGTRGRRSSH T

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 3

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分子 #4: Gamma-tubulin complex component

分子名称: Gamma-tubulin complex component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 76.104867 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRGGLQVSQD FPFLHPSETS VLNRLCRLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQD HHPSQQGQGG LHGIYLRAF CTGLDSVLQP YRQALLDLEQ EFLADPHLSI SHINYSLDQF QLLFPSVMVV VEQIKSQKIH GCQILETVYK H SCGGLPPV ...文字列:
MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRGGLQVSQD FPFLHPSETS VLNRLCRLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQD HHPSQQGQGG LHGIYLRAF CTGLDSVLQP YRQALLDLEQ EFLADPHLSI SHINYSLDQF QLLFPSVMVV VEQIKSQKIH GCQILETVYK H SCGGLPPV RSALEKILAV CHGVMYKQLS AWMLHGLLLD QHEEFFIKQG PSSGNVSAQP EEDEEDLGIG GLTGKQLREL QD LRLIEEE NMLAPSLKQF SLRVEILPSY IPVRVAEKIL FVGESVQMFE NQNVNLTRKG SILKDQEDTF AAELHRLKQQ PLF SLVDFE QVVDRIRSTV AEHLWKLMVE ESDLLGQLKI IKDFYLLGRG ELFQAFIDTA QHMLKTPPTA VTEHDVNVAF QQSA HKVLL DDDNLLPLLH LTIEYHGKEH KADATQAREG PSRETSPREA PASGWAALGL SYKVQWPLHI LFTPAVLEKY NVVFK YLLS VRRVQAELQH CWALQMQRKH LKSNQTDAVK WRLRNHMAFL VDNLQYYLQV DVLESQFSQL LHQINSTRDF ESIRLA HDH FLSNLLAQSF ILLKPVFHCL NEILDLCHSF CSLVSQNLGP LDERGAAQLS ILVKGFSRQS SLLFKILSSV RNHQINS DL AQLLLRLDYN KYYTQAGGTL GSFGM

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component

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分子 #5: Gamma-tubulin complex component

分子名称: Gamma-tubulin complex component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 122.040344 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MASPAPSWTR LDPQQERDVR ELIRLVSGVQ DEADPNFQLA LHFAWSNFRF HRFLDVNSHK VEKTIEGIYE KFIIHSDLSK AASWKRLTD EFLNASLPSI KEIKTDAHYS ILSLLLCLSD SPSNSNYVET PRNKEVEKKD DFDWGKYLME GEEIDLGPNV D TPNWSEES ...文字列:
MASPAPSWTR LDPQQERDVR ELIRLVSGVQ DEADPNFQLA LHFAWSNFRF HRFLDVNSHK VEKTIEGIYE KFIIHSDLSK AASWKRLTD EFLNASLPSI KEIKTDAHYS ILSLLLCLSD SPSNSNYVET PRNKEVEKKD DFDWGKYLME GEEIDLGPNV D TPNWSEES EDEDDPQPLS REDSGIQVDR TPLEEQDQSR KPASRVSWKV DEPDARSWLE QHVVRQYWTT RSSKFPHSLH LH SNLAAVW DQHLYSSDPL YVPDDRVSVT ETQVIRETLW LLSGVKKLFI FQLIDGKVAV RNNIMVTHLT HSCLRSVLEQ IAA YGQVVF RLQEFIDEVM GHSSESTLPG NGSVPKKSTD APFRTYQAFM WALYKYFISF KEELSEIEKC IINNDTTVTL AIVV DKLSP RLAQLKVLHK VFSTGVAEVP PDTRNVVRAS HLLNTLYKAI LEYDNVGEAS EQTVSLLFSL WVETVRPYLQ IVDEW IVHG HLCDGAREFI IQRNKNVPVN HRDFWYATYT LYSVSEKTEN EEKMSDNASA SSGSDQGPSS RQHTMVSFLK PVLKQI IMA GKSMQLLKNL QCAESTTCQA MARDAERKSL YTLFLESVQS RLRHGEDATA QALTEQQATR ETLIKMQSIA ERHLELD DV HDPLLAINFA RLYLEQSDFH EKFAGGDICV DRSSESVTCQ TFELTLRSCL YPHIDKQYLD CCGNLMRTLK KDYRLVEY L QAMRNFFLME GGDTMYDFYT SIFDKIREKE TWQNVSFLNV QLQEAVGQRY PEDSSRLSIS FENTDTAKKK LPVHTLDGL TLSYKVPWPV DIVISLECQK IYNQVFLLLL QIKWAKYSLD VLLFGELASS AEKPQSKEGL LSGQDTAAQF GPQKEPVRQQ IHRMFLLRV KLMHFVNSLH NYIMTRILHS TGLEFQHQVE EAKDLDQLIK IHYRYLSTIH DRCLLREKVS FVKEAIMKVL N LALMFADG WQAGLGAWQM ESIEKMESDF KNCHMFLVTI LNKAVCRGSF PHLESLALSL MAGMEQKRED DLFNHTWGQG DL PNYTCAV RLLGVRKGGG TRPK

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component

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分子 #6: Tubulin gamma chain

分子名称: Tubulin gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 51.135562 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MPREIITLQL GQCGNQIGFE FWKQLCAEHG ISPEGIVEEF ATEGTDRKDV FFYQADDEHY IPRAVLLDLE PRVIHSILNS PYAKLYNPE NIYLSEHGGG AGNNWASGFS QGEKIHEDIF DIIDREADGS DSLEGFVLCH SIAGGTGSGL GSYLLERLND R YPKKLVQT ...文字列:
MPREIITLQL GQCGNQIGFE FWKQLCAEHG ISPEGIVEEF ATEGTDRKDV FFYQADDEHY IPRAVLLDLE PRVIHSILNS PYAKLYNPE NIYLSEHGGG AGNNWASGFS QGEKIHEDIF DIIDREADGS DSLEGFVLCH SIAGGTGSGL GSYLLERLND R YPKKLVQT YSVFPNQDEM SDVVVQPYNS LLTLKRLTQN ADCVVVLDNT ALNRIATDRL HIQNPSFSQI NQLVSTIMSA ST TTLRYPG YMNNDLIGLI ASLIPTPRLH FLMTGYTPLT TDQSVASVRK TTVLDVMRRL LQPKNVMVST GRDRQTNHCY IAI LNIIQG EVDPTQVHKS LQRIRERKLA NFIPWGPASI QVALSRKSPY LPSAHRVSGL MMANHTSISS LFESSCQQYD KLRK REAFL EQFRKEDIFK ENFDELDRSR EVVQELIDEY HAATRPDYIS WGTQEQ

UniProtKB: Tubulin gamma chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29893
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-9g3x:
Structure of the Partially-assembled gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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