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万見
- EMDB-44894: Influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44894
タイトルInfluenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein
マップデータmap of influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein
試料
  • 複合体: influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードhemagglutinin / influenza / complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Torrents de la Pena A / Sewall LM / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI136621C3 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: Nat Biomed Eng / 年: 2025
タイトル: Rapid and High-Throughput Imaging of Immune Complexes Using Microfluidics and Single Particle Electron Microscopy
著者: Sewall LM / Torrents de la Pena A / Ward AB
履歴
登録2024年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44894.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å		0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å		0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.718 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.20126183 - 0.46851784
平均 (標準偏差)-0.00024513734 (±0.008368521)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 367.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44894_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: sharpen map for influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein

ファイルemd_44894_additional_1.map
注釈sharpen map for influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein

ファイルemd_44894_half_map_1.map
注釈half map of influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein

ファイルemd_44894_half_map_2.map
注釈half map of influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein

全体名称: influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein
要素
  • 複合体: influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein

超分子名称: influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: HA1 and HA2 are two subunits of the same protomer
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin HA1

分子名称: Hemagglutinin HA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Maryland/2016
分子量理論値: 39.957883 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLADRICTG ITSSNSPHVV KTATQGEVNV TGVIPLTTTP TKSHFANLKG TETRGKLCPK CLNCTDLDV ALGRPKCTGK IPSARVSILH EVRPVTSGCF PIMHDRTKIR QLPNLLRGYE HVRLSTHNVI NAEDAPGGPY K IGTSGSCP ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLADRICTG ITSSNSPHVV KTATQGEVNV TGVIPLTTTP TKSHFANLKG TETRGKLCPK CLNCTDLDV ALGRPKCTGK IPSARVSILH EVRPVTSGCF PIMHDRTKIR QLPNLLRGYE HVRLSTHNVI NAEDAPGGPY K IGTSGSCP NITNGNGFFA TMAWAVPDNK KTATNPLTIE VPYVCTEGED QITVWGFHSD NETQMAKLYG DSKPQKFTSS AN GVTTHYV SQIGGFPNQT EDGGLPQSGR IVVDYMVQKS GKTGTITYQR GILLPQKVWC ASGRSKVIKG SLPLIGEADC LHE KYGGLN KSKPYYTGEH AKAIGNCPIW VKTPLKLANG TKYRPPAKLL KERG

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2

分子名称: Hemagglutinin HA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Maryland/2016
分子量理論値: 24.825535 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FFGAIAGFLE GGWEGMIAGW HGYTSHGAHG VAVAADLKST QEAINKITKN LNSLSELEVK NLQRLSGAMD ELHNEILELD EKVDDLRAD TISSQIELAV LLSNEGIINS EDEHLLALER KLKKMLGPSA VEIGNGCFET KHKCNQTCLD RIAAGTFDAG E FSLPTFDS ...文字列:
FFGAIAGFLE GGWEGMIAGW HGYTSHGAHG VAVAADLKST QEAINKITKN LNSLSELEVK NLQRLSGAMD ELHNEILELD EKVDDLRAD TISSQIELAV LLSNEGIINS EDEHLLALER KLKKMLGPSA VEIGNGCFET KHKCNQTCLD RIAAGTFDAG E FSLPTFDS LNITAASLND DGLDENLYFQ GSSFLVQSGD GRHHHHHHHH WSHPQFEKWS HPQFEK

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: wait time 30 sec, double blot for 4.5s, blot force 1.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 815 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 190000

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 16096
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9bto:
Influenza hemagglutinin B/Maryland/2016 glycoprotein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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