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万見
- EMDB-44665: Representative polyclonal epitopes targeted on SARS-CoV-2 spike p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44665
タイトルRepresentative polyclonal epitopes targeted on SARS-CoV-2 spike protein with complexing by mEM
マップデータ3D refined map of SARS-CoV-2 spike with donor 74 polyclonal antibody bound to RBD by mEM (C1 symmetry)
試料
  • 複合体: Coronavirus SARS-2 spike in complex with polyclonal antibodies from human sera by mEM
キーワードCoV / spike / SARS-2 / polyclonal antibody / complex / microfluidics / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Sewall LM / Ward AB / Torrents de la Pena A
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI136621 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: Nat Biomed Eng / 年: 2025
タイトル: Rapid and High-Throughput Imaging of Immune Complexes Using Microfluidics and Single Particle Electron Microscopy
著者: Sewall LM / de Paiva Froes Rocha R / Gibson G / Louie M / Xie Z / Bangaru S / Tran AS / Ozorowski G / Mohanty S / Beutler N / Burton DR / Shaw AC / Batista FD / Chocarro Ruiz B / Torrents de la Pena A / Ward AB
履歴
登録2024年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44665.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44665.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D refined map of SARS-CoV-2 spike with donor 74 polyclonal antibody bound to RBD by mEM (C1 symmetry)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 527.36 Å		2.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 527.36 Å		2.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 527.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.021295832 - 0.08237212
平均 (標準偏差)0.00011078456 (±0.002878979)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 527.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 3D map of SARS-CoV-2 spike with donor 74...

ファイルemd_44665_additional_1.map
注釈3D map of SARS-CoV-2 spike with donor 74 polyclonal antibody bound to NTD-1 by mEM
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3D map of SARS-CoV-2 spike with donor 74...

ファイルemd_44665_additional_2.map
注釈3D map of SARS-CoV-2 spike with donor 74 polyclonal antibodies bound to NTD-3, SD2 and S2 by mEM
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3D map of SARS-CoV-2 spike with donor 74...

ファイルemd_44665_additional_3.map
注釈3D map of SARS-CoV-2 spike with donor 74 polyclonal antibody bound to NTD-2 by mEM
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3D refined half map 2 of SARS-CoV-2 spike...

ファイルemd_44665_half_map_1.map
注釈3D refined half map 2 of SARS-CoV-2 spike with donor 74 polyclonal antibody bound to RBD by mEM (C1 symmetry)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3D refined half map 1 of SARS-CoV-2 spike...

ファイルemd_44665_half_map_2.map
注釈3D refined half map 1 of SARS-CoV-2 spike with donor 74 polyclonal antibody bound to RBD by mEM (C1 symmetry)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Coronavirus SARS-2 spike in complex with polyclonal antibodies fr...

全体名称: Coronavirus SARS-2 spike in complex with polyclonal antibodies from human sera by mEM
要素
  • 複合体: Coronavirus SARS-2 spike in complex with polyclonal antibodies from human sera by mEM

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超分子 #1: Coronavirus SARS-2 spike in complex with polyclonal antibodies fr...

超分子名称: Coronavirus SARS-2 spike in complex with polyclonal antibodies from human sera by mEM
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM Tris, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 56000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ohw

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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