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- EMDB-44658: HCoV-OC43 Spike glycoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44658
タイトルHCoV-OC43 Spike glycoprotein
マップデータSharpened map of apo HCoV-OC43 S glycoprotein
試料
  • 複合体: HCoV-OC43 Spike Protein with the introduction two stabilizing Prolines (2P) at residues 1079 and 1080
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHCoV / cryoEM / microfluidics / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HCoV-OC43-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HCoV-OC43-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Torrents de la Pena A / Sewall LM / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI136621 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: Nat Biomed Eng / : 2025
タイトル: Rapid and High-Throughput Imaging of Immune Complexes Using Microfluidics and Single Particle Electron Microscopy
著者: Sewall LM / de Paiva Froes Rocha R / Gibson G / Louie M / Xie Z / Bangaru S / Tran AS / Ozorowski G / Mohanty S / Beutler N / Burton DR / Shaw AC / Batista FD / Chocarro Ruiz B / Torrents de la Pena A / Ward AB
履歴
登録2024年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44658.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of apo HCoV-OC43 S glycoprotein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å
0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å
0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.718 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.53419757 - 0.7998783
平均 (標準偏差)-0.00018728466 (±0.022321628)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 367.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44658_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: map of apo HCoV-OC43 S glycoprotein

ファイルemd_44658_additional_1.map
注釈map of apo HCoV-OC43 S glycoprotein
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map of apo HCoV-OC43 S glycoprotein

ファイルemd_44658_half_map_1.map
注釈Half map of apo HCoV-OC43 S glycoprotein
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map of apo HCoV-OC43 S glycoprotein

ファイルemd_44658_half_map_2.map
注釈Half map of apo HCoV-OC43 S glycoprotein
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : HCoV-OC43 Spike Protein with the introduction two stabilizing Pro...

全体名称: HCoV-OC43 Spike Protein with the introduction two stabilizing Prolines (2P) at residues 1079 and 1080
要素
  • 複合体: HCoV-OC43 Spike Protein with the introduction two stabilizing Prolines (2P) at residues 1079 and 1080
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HCoV-OC43 Spike Protein with the introduction two stabilizing Pro...

超分子名称: HCoV-OC43 Spike Protein with the introduction two stabilizing Prolines (2P) at residues 1079 and 1080
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
分子量理論値: 151.600172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFLILLISLP TAFAVIGDLK CTSDNINDKD TGPPPISTDT VDVTNGLGTY YVLDRVYLNT TLFLNGYYPT SGSTYRNMAL KGSVLLSRL WFKPPFLSDF INGIFAKVKN TKVIKDRVMY SEFPAITIGS TFVNTSYSVV VQPRTINSTQ DGVNKLQGLL E VSVCQYNM ...文字列:
MFLILLISLP TAFAVIGDLK CTSDNINDKD TGPPPISTDT VDVTNGLGTY YVLDRVYLNT TLFLNGYYPT SGSTYRNMAL KGSVLLSRL WFKPPFLSDF INGIFAKVKN TKVIKDRVMY SEFPAITIGS TFVNTSYSVV VQPRTINSTQ DGVNKLQGLL E VSVCQYNM CEYPQTICHP NLGNHRKELW HLDTGVVSCL YKRNFTYDVN ADYLYFHFYQ EGGTFYAYFT DTGVVTKFLF NV YLGMALS HYYVMPLTCN SKLTLEYWVT PLTSRQYLLA FNQDGIIFNA VDCMSDFMSE IKCKTQSIAP PTGVYELNGY TVQ PIADVY RRKPNLPNCN IEAWLNDKSV PSPLNWERKT FSNCNFNMSS LMSFIQADSF TCNNIDAAKI YGMCFSSITI DKFA IPNGR KVDLQLGNLG YLQSFNYRID TTATSCQLYY NLPAANVSVS RFNPSTWNKR FGFIEDSVFK PRPAGVLTNH DVVYA QHCF KAPKNFCPCK LNSSLCVGSG PGKNNGIGTC PAGTNYLTCH NLCTPDPITF TGTYKCPQTK SLVGIGEHCS GLAVKS DYC GGNSCTCRPQ AFLGWSADSC LQGDKCNIFA NFILHDVNSG LTCSTDLQKA NTDIILGVCV NYDLYGILGQ GIFVEVN AT YYNSWQNLLY DSNGNLYGFR DYITNRTFMI RSCYSGRVSA AFHANSSEPA LLFRNIKCNY V(UNK)FNNSLTRQ LQPI NYFDS YLGCVVNAYN STAISVQTCD LTVGSGYCVD YSKNRRSRRA ITTGYRFTNF EPFTVNSVND SLEPVGGLYE IQIPS EFTI GNMVEFIQTS SPKVTIDCAA FVCGDYAACK SQLVEYGSFC DNINAILTEV NELLDTTQLQ VANSLMNGVT LSTKLK DGV NFNVDDINFS PVLGCLGSEC SKASSRSAIE DLLFDKVKLS DVGFVEAYNN CTGGAEIRDL ICVQSYKGIK VLPPLLS EN QFSGYTLAAT SASLFPPWTA AAGVPFYLNV QYRINGLGVT MDVLSQNQKL IANAFNNALY AIQEGFDATN SALVKIQA V VNANAEALNN LLQQLSNRFG AISASLQEIL SRLDALEAEA QIDRLINGRL TALNAYVSQQ LSDSTLVKFS AAQAMEKVN ECVKSQSSRI NFCGNGNHII SLVQNAPYGL YFIHFSYVPT KYVTARVSPG LCIAGDRGIA PKSGYFVNVN NTWMYTGSGY YYPEPITEN NVVVMSTCAV NYTKAPYVML NTSTPNLPDF REELDQWFKN QTSVAPDLSL DYINVTFLDL QVEMNRLQEA I KVLNQSYI NLKDIGTYEY YVKWPWYVWL LIGLAGVAML VLLFFICCCT GCGTSCFKKC GGCCDDYTGY QELVIKTSHD DH HHHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 30 / : NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: no pretreatment
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: graphene oxide grids, 2.5s blot time, 30s blot time, double blotted, blot force 1.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 839 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 190000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 164473
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 18599
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 14000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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