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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4452 | |||||||||
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タイトル | AL amyloid fibril from a lambda 1 light chain | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Radamaker L / Schmidt M / Faendrich M / Fritz G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of a light chain-derived amyloid fibril from a patient with systemic AL amyloidosis. 著者: Lynn Radamaker / Yin-Hsi Lin / Karthikeyan Annamalai / Stefanie Huhn / Ute Hegenbart / Stefan O Schönland / Günter Fritz / Matthias Schmidt / Marcus Fändrich / 要旨: Amyloid fibrils derived from antibody light chains are key pathogenic agents in systemic AL amyloidosis. They can be deposited in multiple organs but cardiac amyloid is the major risk factor of ...Amyloid fibrils derived from antibody light chains are key pathogenic agents in systemic AL amyloidosis. They can be deposited in multiple organs but cardiac amyloid is the major risk factor of mortality. Here we report the structure of a λ1 AL amyloid fibril from an explanted human heart at a resolution of 3.3 Å which we determined using cryo-electron microscopy. The fibril core consists of a 91-residue segment presenting an all-beta fold with ten mutagenic changes compared to the germ line. The conformation differs substantially from natively folded light chains: a rotational switch around the intramolecular disulphide bond being the crucial structural rearrangement underlying fibril formation. Our structure provides insight into the mechanism of protein misfolding and the role of patient-specific mutations in pathogenicity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4452.map.gz | 4.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4452-v30.xml emd-4452.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4452_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4452.png | 119.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4452 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4452 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4452_validation.pdf.gz | 233.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4452_full_validation.pdf.gz | 232.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4452_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4452 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4452 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ic3MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10245 (タイトル: AL amyloid fibril from a lambda 1 light chain / Data size: 44.7 Data #1: Aligned, motion-corrected micrographs of AL fibrils extracted from human heart tissue [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4452.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.041 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Amyloid fibril of an antibody lambda 1 light chain
全体 | 名称: Amyloid fibril of an antibody lambda 1 light chain |
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要素 |
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-超分子 #1: Amyloid fibril of an antibody lambda 1 light chain
超分子 | 名称: Amyloid fibril of an antibody lambda 1 light chain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Extracted fibrils from the heart of a patient suffering from systemic AL amyloidosis |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: heart / 組織: heart muscle |
分子量 | 実験値: 2.5 kDa/nm |
-分子 #1: lambda 1 light chain fragment, residues 3-118
分子 | 名称: lambda 1 light chain fragment, residues 3-118 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human (ヒト) / 器官: Heart / 組織: heart muscle |
分子量 | 理論値: 12.177463 KDa |
配列 | 文字列: VLTQPPSASG TPGQRVTISC SGRSSNIGRN LVKWYQQFPG TAPKLLIYSN DQRPSGVPDR FSGSKSGTSA SLAVSGLQSE DEADYYCAA WDATLNAWVF GGGTKLTVLS QPKAAPS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 構成要素 - 式: H2O / 構成要素 - 名称: distilled water |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: blotted from the backside for 4 s before plunging. |
詳細 | Sample in pure water, pH not determined |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 847 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Refinement strategy included global minimization and local grid search and ADP were refined. Secondary structure restraints and NCS were applied during refinement. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 111.4 当てはまり具合の基準: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) |
得られたモデル | PDB-6ic3: |