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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the rat P2X7 receptor in complex with the high-affinity agonist BzATP | |||||||||
![]() | Sharpened volume for BzATP bound to rP2X7 | |||||||||
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![]() | Membrane Protein / Ion Channel / Ligand-gate Ion Channel / P2X Receptor / Allosteric Antagonist / High-Affinity Agonist | |||||||||
機能・相同性 | ![]() The NLRP3 inflammasome / regulation of presynaptic dense core granule exocytosis / Platelet homeostasis / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / positive regulation of bleb assembly / NAD transport / phagolysosome assembly / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / phospholipid transfer to membrane / positive regulation of cytoskeleton organization ...The NLRP3 inflammasome / regulation of presynaptic dense core granule exocytosis / Platelet homeostasis / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / positive regulation of bleb assembly / NAD transport / phagolysosome assembly / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / phospholipid transfer to membrane / positive regulation of cytoskeleton organization / organic cation transport / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / lymphocyte apoptotic process / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / gamma-aminobutyric acid secretion / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / pore complex assembly / ATP export / positive regulation of interleukin-1 alpha production / negative regulation of cell volume / plasma membrane organization / cell death / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / : / collagen metabolic process / bleb / plasma membrane phospholipid scrambling / response to fluid shear stress / positive regulation of prostaglandin secretion / T cell apoptotic process / bleb assembly / ceramide biosynthetic process / mitochondrial depolarization / vesicle budding from membrane / programmed cell death / positive regulation of T cell apoptotic process / prostaglandin secretion / positive regulation of ossification / cellular response to dsRNA / glutamate secretion / cell volume homeostasis / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of bone resorption / positive regulation of macrophage cytokine production / skeletal system morphogenesis / phospholipid translocation / channel activity / nuclear inner membrane / negative regulation of MAPK cascade / response to ATP / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of mitochondrial depolarization / response to zinc ion / T cell homeostasis / synaptic vesicle exocytosis / monoatomic cation transport / membrane depolarization / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to organic cyclic compound / neuronal action potential / protein secretion / positive regulation of bone mineralization / T cell proliferation / response to electrical stimulus / regulation of sodium ion transport / response to mechanical stimulus / extrinsic apoptotic signaling pathway / release of sequestered calcium ion into cytosol / homeostasis of number of cells within a tissue / sensory perception of pain / positive regulation of glycolytic process / reactive oxygen species metabolic process / protein serine/threonine kinase activator activity / : / mitochondrion organization / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cytokine production / establishment of localization in cell / positive regulation of protein secretion / lipopolysaccharide binding / apoptotic signaling pathway / response to bacterium / positive regulation of MAP kinase activity / neuromuscular junction / protein catabolic process / cell morphogenesis / terminal bouton / response to organic cyclic compound / T cell mediated cytotoxicity / protein processing / response to calcium ion / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / calcium ion transport / MAPK cascade / cell-cell junction / presynapse / signaling receptor activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | |||||||||
![]() | Oken AC / Lisi NE / Krishnamurthy I / McCarthy AE / Godsey MH / Glasfeld A / Mansoor SE | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-affinity agonism at the P2X7 receptor is mediated by three residues outside the orthosteric pocket 著者: Oken AC / Lisi NE / Krishnamurthy I / McCarthy AE / Godsey MH / Glasfeld A / Mansoor SE | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | |||
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ヘッダ (付随情報) | ![]() | |||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8trjMC ![]() 41570 ![]() 42976 ![]() 8tr5C ![]() 8v4sC ![]() 41571 ![]() 41572 ![]() 41573 ![]() 41575 ![]() 41576 ![]() 41582 C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened volume for BzATP bound to rP2X7 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.648 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Membrane protein
全体 | 名称: Membrane protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Membrane protein
超分子 | 名称: Membrane protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: P2X purinoceptor 7
分子 | 名称: P2X purinoceptor 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 68.472461 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MPACCSWNDV FQYETNKVTR IQSVNYGTIK WILHMTVFSY VSFALMSDKL YQRKEPLISS VHTKVKGVAE VTENVTEGGV TKLVHGIFD TADYTLPLQG NSFFVMTNYL KSEGQEQKLC PEYPSRGKQC HSDQGCIKGW MDPQSKGIQT GRCIPYDQKR K TCEIFAWC ...文字列: MPACCSWNDV FQYETNKVTR IQSVNYGTIK WILHMTVFSY VSFALMSDKL YQRKEPLISS VHTKVKGVAE VTENVTEGGV TKLVHGIFD TADYTLPLQG NSFFVMTNYL KSEGQEQKLC PEYPSRGKQC HSDQGCIKGW MDPQSKGIQT GRCIPYDQKR K TCEIFAWC PAEEGKEAPR PALLRSAENF TVLIKNNIDF PGHNYTTRNI LPGMNISCTF HKTWNPQCPI FRLGDIFQEI GE NFTEVAV QGGIMGIEIY WDCNLDSWSH RCQPKYSFRR LDDKYTNESL FPGYNFRYAK YYKENGMEKR TLIKAFGVRF DIL VFGTGG KFDIIQLVVY IGSTLSYFGL ATVCIDLIIN TYASTCCRSR VYPSCKCCEP CAVNEYYYRK KCEPIVEPKP TLKY VSFVD EPHIWMVDQQ LLGKSLQDVK GQEVPRPQTD FLELSRLSLS LHHSPPIPGQ PEEMQLLQIE AVPRSRDSPD WCQCG NCLP SQLPENRRAL EELCCRRKPG QCITTSELFS KIVLSREALQ LLLLYQEPLL ALEGEAINSK LRHCAYRSYA TWRFVS QDM ADFAILPSCC RWKIRKEFPK TQGQYSGFKY PY UniProtKB: P2X purinoceptor 7 |
-分子 #2: 3'-O-(4-benzoylbenzoyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)
分子 | 名称: 3'-O-(4-benzoylbenzoyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: KD9 |
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分子量 | 理論値: 715.393 Da |
-分子 #3: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: GDP |
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分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GDP: |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #6: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 15 / 式: PLM |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PLM: |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 135 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7630 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 500478 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |