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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4137 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the mammalian rescue complex with Pelota and Hbs1l (combined) | ||||||||||||
マップデータ | Postprocessed, sharpened map. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Translation / Elongation / Ribosome | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stalled ribosome sensor activity / RNA surveillance / Dom34-Hbs1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / mesenchymal to epithelial transition / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / ribosome disassembly / endoderm development / ribosomal subunit ...stalled ribosome sensor activity / RNA surveillance / Dom34-Hbs1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / mesenchymal to epithelial transition / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / ribosome disassembly / endoderm development / ribosomal subunit / positive regulation of BMP signaling pathway / regulation of G1 to G0 transition / inner cell mass cell proliferation / exit from mitosis / nonfunctional rRNA decay / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / stem cell population maintenance / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / 90S preribosome / TOR signaling / chromosome organization / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / translation elongation factor activity / cellular response to actinomycin D / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / maturation of LSU-rRNA / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / cellular response to leukemia inhibitory factor / small-subunit processome / positive regulation of translation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / modification-dependent protein catabolic process / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / small ribosomal subunit rRNA binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / ribosome binding / glucose homeostasis / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / retina development in camera-type eye / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / T cell differentiation in thymus / cell body / ribosomal large subunit assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic translation / perikaryon / cytosolic large ribosomal subunit / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / cell differentiation / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shao S / Murray J | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Decoding Mammalian Ribosome-mRNA States by Translational GTPase Complexes. 著者: Sichen Shao / Jason Murray / Alan Brown / Jack Taunton / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde / 要旨: In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the ...In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the mammalian ribosome engaged with decoding factor⋅GTPase complexes representing intermediates of translation elongation (aminoacyl-tRNA⋅eEF1A), termination (eRF1⋅eRF3), and ribosome rescue (Pelota⋅Hbs1l). Comparative analyses reveal that each decoding factor exploits the plasticity of the ribosomal decoding center to differentially remodel ribosomal proteins and rRNA. This leads to varying degrees of large-scale ribosome movements and implies distinct mechanisms for communicating information from the decoding center to each GTPase. Additional structural snapshots of the translation termination pathway reveal the conformational changes that choreograph the accommodation of decoding factors into the peptidyl transferase center. Our results provide a structural framework for how different states of the mammalian ribosome are selectively recognized by the appropriate decoding factor⋅GTPase complex to ensure translational fidelity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4137.map.gz | 13.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4137-v30.xml emd-4137.xml | 108.5 KB 108.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4137_fsc.xml | 14.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4137.png | 189 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4137.cif.gz | 21.5 KB | ||
その他 | emd_4137_half_map_1.map.gz emd_4137_half_map_2.map.gz | 248.2 MB 247.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4137 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4137 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4137_validation.pdf.gz | 801.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4137_full_validation.pdf.gz | 801.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4137_validation.xml.gz | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4137_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4137 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4137 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5lzzMC 4129C 4130C 4131C 4132C 4133C 4134C 4135C 4136C 5lzsC 5lztC 5lzuC 5lzvC 5lzwC 5lzxC 5lzyC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed, sharpened map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1.
ファイル | emd_4137_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2.
ファイル | emd_4137_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Affinity-purified 80S ribosome-nascent chain complex reconstitute...
+超分子 #1: Affinity-purified 80S ribosome-nascent chain complex reconstitute...
+分子 #1: uL2
+分子 #2: uL3
+分子 #3: uL4
+分子 #4: 60S ribosomal protein L5
+分子 #5: 60S ribosomal protein L6
+分子 #6: uL30
+分子 #7: 60S ribosomal protein L7a,eL8
+分子 #8: uL6
+分子 #9: Ribosomal protein L10 (Predicted)
+分子 #10: uL5
+分子 #11: eL13
+分子 #12: eL14
+分子 #13: Ribosomal protein L15
+分子 #14: uL13
+分子 #15: uL22
+分子 #16: eL18
+分子 #17: eL19
+分子 #18: eL20
+分子 #19: eL21
+分子 #20: eL22
+分子 #21: uL14
+分子 #22: eL24
+分子 #23: uL23
+分子 #24: uL24
+分子 #25: 60S ribosomal protein L27
+分子 #26: uL15
+分子 #27: eL29
+分子 #28: eL30
+分子 #29: eL31
+分子 #30: eL32
+分子 #31: eL33
+分子 #32: eL34
+分子 #33: uL29
+分子 #34: 60S ribosomal protein L36
+分子 #35: Ribosomal protein L37
+分子 #36: eL38
+分子 #37: eL39
+分子 #38: eL40
+分子 #39: eL41
+分子 #40: eL42
+分子 #41: eL43
+分子 #42: eL28
+分子 #43: uL10
+分子 #44: uL11
+分子 #45: Nascent chain
+分子 #52: uS2
+分子 #53: 40S ribosomal protein S3a
+分子 #54: uS5
+分子 #55: uS3
+分子 #56: eS4
+分子 #57: uS7
+分子 #58: 40S ribosomal protein S6
+分子 #59: eS7
+分子 #60: 40S ribosomal protein S8
+分子 #61: Ribosomal protein S9 (Predicted)
+分子 #62: eS10
+分子 #63: uS17
+分子 #64: 40S ribosomal protein S12
+分子 #65: uS15
+分子 #66: uS11
+分子 #67: uS19
+分子 #68: uS9
+分子 #69: eS17
+分子 #70: uS13
+分子 #71: eS19
+分子 #72: uS10
+分子 #73: eS21
+分子 #74: uS8
+分子 #75: uS12
+分子 #76: 40S ribosomal protein S24
+分子 #77: eS25
+分子 #78: eS26
+分子 #79: 40S ribosomal protein S27
+分子 #80: eS28
+分子 #81: uS14
+分子 #82: eS30
+分子 #83: eS31
+分子 #84: RACK1
+分子 #86: Protein pelota homolog
+分子 #87: HBS1-like protein
+分子 #46: P-site tRNA
+分子 #47: E-site tRNA
+分子 #48: 28S ribosomal RNA
+分子 #49: 5S ribosomal RNA
+分子 #50: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #51: 18S ribosomal RNA
+分子 #85: mRNA
+分子 #88: MAGNESIUM ION
+分子 #89: ZINC ION
+分子 #90: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: 3 ul aliquots were applied to the grid and incubated for 30 s, before blotting for 3s to remove excess solution.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 実像数: 4483 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 63.6 / 当てはまり具合の基準: FSCaverage |
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得られたモデル | PDB-5lzz: |