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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4132 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the mammalian ribosomal termination complex with accommodated eRF1 | ||||||||||||
マップデータ | Postprocessed, sharpened map. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Translation / Elongation / Ribosome | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation termination factor activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity / regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / aminoacyl-tRNA hydrolase activity ...translation termination factor activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity / regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / mammalian oogenesis stage / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / Protein hydroxylation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / phagocytic cup / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / protein-RNA complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribosomal small subunit export from nucleus / erythrocyte development / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / cytosolic ribosome / translational termination / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of translation / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / transcription coactivator binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / modification-dependent protein catabolic process / spindle / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / protein tag activity / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ribosome binding / retina development in camera-type eye / glucose homeostasis / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / perikaryon / cytosolic small ribosomal subunit / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / tRNA binding / cytoplasmic translation / postsynaptic density / cell differentiation / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shao S / Murray J | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Decoding Mammalian Ribosome-mRNA States by Translational GTPase Complexes. 著者: Sichen Shao / Jason Murray / Alan Brown / Jack Taunton / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde / 要旨: In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the ...In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the mammalian ribosome engaged with decoding factor⋅GTPase complexes representing intermediates of translation elongation (aminoacyl-tRNA⋅eEF1A), termination (eRF1⋅eRF3), and ribosome rescue (Pelota⋅Hbs1l). Comparative analyses reveal that each decoding factor exploits the plasticity of the ribosomal decoding center to differentially remodel ribosomal proteins and rRNA. This leads to varying degrees of large-scale ribosome movements and implies distinct mechanisms for communicating information from the decoding center to each GTPase. Additional structural snapshots of the translation termination pathway reveal the conformational changes that choreograph the accommodation of decoding factors into the peptidyl transferase center. Our results provide a structural framework for how different states of the mammalian ribosome are selectively recognized by the appropriate decoding factor⋅GTPase complex to ensure translational fidelity. #1: ジャーナル: To Be Published タイトル: Decoding mammalian ribosome-mRNA states by translational GTPase complexes 著者: Shao S / Murray J / Brown A / Taunton J / Ramakrishnan V / Hegde RS | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4132.map.gz | 14.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4132-v30.xml emd-4132.xml | 106.1 KB 106.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4132_fsc.xml | 14.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4132.png | 192.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4132.cif.gz | 20.9 KB | ||
その他 | emd_4132_half_map_1.map.gz emd_4132_half_map_2.map.gz | 250.3 MB 250.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4132 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4132 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4132_validation.pdf.gz | 409 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4132_full_validation.pdf.gz | 408.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4132_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4132 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4132 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5lzuMC 4129C 4130C 4131C 4133C 4134C 4135C 4136C 4137C 5lzsC 5lztC 5lzvC 5lzwC 5lzxC 5lzyC 5lzzC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4132.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed, sharpened map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1.
ファイル | emd_4132_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2.
ファイル | emd_4132_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Affinity-purified 80S ribosome-nascent chain complex reconstitute...
+超分子 #1: Affinity-purified 80S ribosome-nascent chain complex reconstitute...
+分子 #1: uL2
+分子 #2: uL3
+分子 #3: uL4
+分子 #4: 60S ribosomal protein L5
+分子 #5: 60S ribosomal protein L6
+分子 #6: uL30
+分子 #7: eL8
+分子 #8: uL6
+分子 #9: uL16
+分子 #10: uL5
+分子 #11: eL13
+分子 #12: eL14
+分子 #13: Ribosomal protein L15
+分子 #14: uL13
+分子 #15: uL22
+分子 #16: eL18
+分子 #17: eL19
+分子 #18: eL20
+分子 #19: eL21
+分子 #20: eL22
+分子 #21: uL14
+分子 #22: eL24
+分子 #23: uL23
+分子 #24: uL24
+分子 #25: 60S ribosomal protein L27
+分子 #26: uL15
+分子 #27: eL29
+分子 #28: eL30
+分子 #29: eL31
+分子 #30: eL32
+分子 #31: eL33
+分子 #32: eL34
+分子 #33: uL29
+分子 #34: 60S ribosomal protein L36
+分子 #35: Ribosomal protein L37
+分子 #36: eL38
+分子 #37: eL39
+分子 #38: eL40
+分子 #39: 60s ribosomal protein l41
+分子 #40: eL42
+分子 #41: eL43
+分子 #42: eL28
+分子 #43: uL10
+分子 #44: uL11
+分子 #51: uS2
+分子 #52: 40S ribosomal protein S3a
+分子 #53: uS5
+分子 #54: uS3
+分子 #55: 40S ribosomal protein S4
+分子 #56: uS7
+分子 #57: 40S ribosomal protein S6
+分子 #58: eS7
+分子 #59: 40S ribosomal protein S8
+分子 #60: Ribosomal protein S9 (Predicted)
+分子 #61: eS10
+分子 #62: uS17
+分子 #63: 40S ribosomal protein S12
+分子 #64: uS15
+分子 #65: uS11
+分子 #66: uS19
+分子 #67: uS9
+分子 #68: eS17
+分子 #69: uS13
+分子 #70: eS19
+分子 #71: uS10
+分子 #72: eS21
+分子 #73: uS8
+分子 #74: uS12
+分子 #75: eS24
+分子 #76: eS25
+分子 #77: eS26
+分子 #78: 40S ribosomal protein S27
+分子 #79: eS28
+分子 #80: uS14
+分子 #81: eS30
+分子 #82: eS31
+分子 #83: RACK1
+分子 #85: Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
+分子 #45: P-site tRNA
+分子 #46: E-site tRNA
+分子 #47: 28S ribosomal RNA
+分子 #48: 5S ribosomal RNA
+分子 #49: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #50: 18S ribosomal RNA
+分子 #84: mRNA (UGA stop codon)
+分子 #86: MAGNESIUM ION
+分子 #87: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: 3 ul aliquots were applied to the grid and incubated for 30 s, before blotting for 3s to remove excess solution.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 実像数: 1611 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 63.8 / 当てはまり具合の基準: FSCaverage |
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得られたモデル | PDB-5lzu: |