+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3871 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40) | ||||||||||||
マップデータ | Subtomogram averaging of nucleocapsid-like assembly formed from recombinantly expressed Ebola Nucleoprotein (NP), VP24, VP35, VP40. | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | nucleocapsid / virus-like particle / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 suppression by virus of host intracellular interferon activity / host cell endomembrane system / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral budding from plasma membrane / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...suppression by virus of host intracellular interferon activity / host cell endomembrane system / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral budding from plasma membrane / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) / Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wan W / Kolesnikova L | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structure and assembly of the Ebola virus nucleocapsid. 著者: William Wan / Larissa Kolesnikova / Mairi Clarke / Alexander Koehler / Takeshi Noda / Stephan Becker / John A G Briggs / 要旨: Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles ...Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles virus, and respiratory syncytial virus. Mononegaviruses have non-segmented, single-stranded negative-sense RNA genomes that are encapsidated by nucleoprotein and other viral proteins to form a helical nucleocapsid. The nucleocapsid acts as a scaffold for virus assembly and as a template for genome transcription and replication. Insights into nucleoprotein-nucleoprotein interactions have been derived from structural studies of oligomerized, RNA-encapsidating nucleoprotein, and cryo-electron microscopy of nucleocapsid or nucleocapsid-like structures. There have been no high-resolution reconstructions of complete mononegavirus nucleocapsids. Here we apply cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the structure of Ebola virus nucleocapsid within intact viruses and recombinant nucleocapsid-like assemblies. These structures reveal the identity and arrangement of the nucleocapsid components, and suggest that the formation of an extended α-helix from the disordered carboxy-terminal region of nucleoprotein-core links nucleoprotein oligomerization, nucleocapsid condensation, RNA encapsidation, and accessory protein recruitment. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3871.map.gz | 24.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3871-v30.xml emd-3871.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3871.png | 172.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3871.cif.gz | 7.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3871 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3871 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3871_validation.pdf.gz | 274.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_3871_full_validation.pdf.gz | 273.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3871_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3871 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3871 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3871.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Subtomogram averaging of nucleocapsid-like assembly formed from recombinantly expressed Ebola Nucleoprotein (NP), VP24, VP35, VP40. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976
全体 | 名称: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976
超分子 | 名称: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Recombinantly expressed virus-like particles produced by expression of nucleoprotein, VP24, VP35, VP40. NCBI-ID: 128952 / 生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Nucleocapsid / 直径: 280.0 Å |
-分子 #1: Nucleoprotein
分子 | 名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 |
分子量 | 理論値: 83.3875 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDSRPQKIWM APSLTESDMD YHKILTAGLS VQQGIVRQRV IPVYQVNNLE EICQLIIQAF EAGVDFQESA DSFLLMLCLH HAYQGDYKL FLESGAVKYL EGHGFRFEVK KRDGVKRLEE LLPAVSSGKN IKRTLAAMPE EETTEANAGQ FLSFASLFLP K LVVGEKAC ...文字列: MDSRPQKIWM APSLTESDMD YHKILTAGLS VQQGIVRQRV IPVYQVNNLE EICQLIIQAF EAGVDFQESA DSFLLMLCLH HAYQGDYKL FLESGAVKYL EGHGFRFEVK KRDGVKRLEE LLPAVSSGKN IKRTLAAMPE EETTEANAGQ FLSFASLFLP K LVVGEKAC LEKVQRQIQV HAEQGLIQYP TAWQSVGHMM VIFRLMRTNF LIKFLLIHQG MHMVAGHDAN DAVISNSVAQ AR FSGLLIV KTVLDHILQK TERGVRLHPL ARTAKVKNEV NSFKAALSSL AKHGEYAPFA RLLNLSGVNN LEHGLFPQLS AIA LGVATA HGSTLAGVNV GEQYQQLREA ATEAEKQLQQ YAESRELDHL GLDDQEKKIL MNFHQKKNEI SFQQTNAMVT LRKE RLAKL TEAITAASLP KTSGHYDDDD DIPFPGPIND DDNPGHQDDD PTDSQDTTIP DVVVDPDDGS YGEYQSYSEN GMNAP DDLV LFDLDEDDED TKPVPNRSTK GGQQKNSQKG QHIEGRQTQS RPIQNVPGPH RTIHHASAPL TDNDRRNEPS GSTSPR MLT PINEEADPLD DADDETSSLP PLESDDEEQD RDGTSNRTPT VAPPAPVYRD HSEKKELPQD EQQDQDHTQE ARNQDSD NT QSEHSFEEMY RHILRSQGPF DAVLYYHMMK DEPVVFSTSD GKEYTYPDSL EEEYPPWLTE KEAMNEENRF VTLDGQQF Y WPVMNHKNKF MAILQHHQ UniProtKB: Nucleoprotein |
-分子 #2: Membrane-associated protein VP24
分子 | 名称: Membrane-associated protein VP24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 |
分子量 | 理論値: 28.250811 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAKATGRYNL ISPKKDLEKG VVLSDLCNFL VSQTIQGWKV YWAGIEFDVT HKGMALLHRL KTNDFAPAWS MTRNLFPHLF QNPNSTIES PLWALRVILA AGIQDQLIDQ SLIEPLAGAL GLISDWLLTT NTNHFNMRTQ RVKEQLSLKM LSLIRSNILK F INKLDALH ...文字列: MAKATGRYNL ISPKKDLEKG VVLSDLCNFL VSQTIQGWKV YWAGIEFDVT HKGMALLHRL KTNDFAPAWS MTRNLFPHLF QNPNSTIES PLWALRVILA AGIQDQLIDQ SLIEPLAGAL GLISDWLLTT NTNHFNMRTQ RVKEQLSLKM LSLIRSNILK F INKLDALH VVNYNGLLSS IEIGTQNHTI IITRTNMGFL VELQEPDKSA MNRMKPGPAK FSLLHESTLK AFTQGSSTRM QS LILEFNS SLAI UniProtKB: Membrane-associated protein VP24 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: C-flat 2/1 3C / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: -10 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3708 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3708 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-5 / 平均露光時間: 2.3 sec. / 平均電子線量: 3.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Frames were aligned using K2Align software, based off the MotionCorr algorithm. Tomograms were reconstructed with IMOD, using stripwise CTF-correction and weighted back projection. Subtomogram averaging was performed using scripts derived from TOM, AV3, and DYNAMO. | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AV3 詳細: Local resolution was estimated using moving window FSC calculations. Resolution varies from 7.3 to 15.2 Angstroms. 使用したサブトモグラム数: 1 | ||||||
抽出 | トモグラム数: 63 / 使用した粒子像数: 379428 / 参照モデル: None ソフトウェア:
詳細: Points along the helical axis were manually placed to define a spline. A cylindrical grid as defined at a given radius from the spline; grid spacing was chosen to provide ~4x oversampling. | ||||||
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: AV3 詳細: Iterative angular search was performed via maximization of a modified constrained cross-correlation function. |
-原子モデル構築 1
詳細 | Nucleoprotein model from Ebola virus nucleoprotein 1-450 was first rigid body fitted into the inner nucleoprotein densities. Densities were then subtracted, and VP24 pdb was then fit into remaining densities. All models were rigid-body fitted using UCSF Chimera. |
---|---|
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-6ehm: |