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- EMDB-38587: Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Flufena... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38587
タイトルStructure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Flufenamic acid.
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Flufenamic acid.
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT
  • リガンド: 2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードGPCR / Tas2r14 / miniGsg / FLF / Bitter receptor / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bitter taste receptor activity / taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase ...bitter taste receptor activity / taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor activity / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to peptide hormone / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell cycle / cell division / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / centrosome / synapse / protein-containing complex binding / nucleolus / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Taste receptor type 2 / Taste receptor protein (TAS2R) / BNR repeat-like domain / Trans-sialidase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Sialidase, N-terminal domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / G-protein alpha subunit, group I ...Taste receptor type 2 / Taste receptor protein (TAS2R) / BNR repeat-like domain / Trans-sialidase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Sialidase, N-terminal domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / exo-alpha-sialidase / Taste receptor type 2 member 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hu XL / Wu LJ / Hua T / Liu ZJ
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Bitter taste TAS2R14 activation by intracellular tastants and cholesterol.
著者: Xiaolong Hu / Weizhen Ao / Mingxin Gao / Lijie Wu / Yuan Pei / Shenhui Liu / Yiran Wu / Fei Zhao / Qianqian Sun / Junlin Liu / Longquan Jiang / Xin Wang / Yan Li / Qiwen Tan / Jie Cheng / Fan ...著者: Xiaolong Hu / Weizhen Ao / Mingxin Gao / Lijie Wu / Yuan Pei / Shenhui Liu / Yiran Wu / Fei Zhao / Qianqian Sun / Junlin Liu / Longquan Jiang / Xin Wang / Yan Li / Qiwen Tan / Jie Cheng / Fan Yang / Chi Yang / Jinpeng Sun / Tian Hua / Zhi-Jie Liu /
要旨: Bitter taste receptors, particularly TAS2R14, play central roles in discerning a wide array of bitter substances, ranging from dietary components to pharmaceutical agents. TAS2R14 is also widely ...Bitter taste receptors, particularly TAS2R14, play central roles in discerning a wide array of bitter substances, ranging from dietary components to pharmaceutical agents. TAS2R14 is also widely expressed in extragustatory tissues, suggesting its extra roles in diverse physiological processes and potential therapeutic applications. Here we present cryogenic electron microscopy structures of TAS2R14 in complex with aristolochic acid, flufenamic acid and compound 28.1, coupling with different G-protein subtypes. Uniquely, a cholesterol molecule is observed occupying what is typically an orthosteric site in class A G-protein-coupled receptors. The three potent agonists bind, individually, to the intracellular pockets, suggesting a distinct activation mechanism for this receptor. Comprehensive structural analysis, combined with mutagenesis and molecular dynamic simulation studies, elucidate the broad-spectrum ligand recognition and activation of the receptor by means of intricate multiple ligand-binding sites. Our study also uncovers the specific coupling modes of TAS2R14 with gustducin and G proteins. These findings should be instrumental in advancing knowledge of bitter taste perception and its broader implications in sensory biology and drug discovery.
履歴
登録2024年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.0017411297 - 1.85252
平均 (標準偏差)0.000977118 (±0.022615852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Flufena...

全体名称: Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Flufenamic acid.
要素
  • 複合体: Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Flufenamic acid.
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT
  • リガンド: 2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Flufena...

超分子名称: Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Flufenamic acid.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.455152 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDYKDDDDKE NLYFQSMGCT LSAEDKAAVE RSKMIDRNLR EDGEKAAREV KLLLLGAGES GKSTIVKQMK IIHEAGYSEE ECKQYKAVV YSNTIQSIIA IIRAMGRLKI DFGDSARADD ARQLFVLAGA AEEGFMTAEL AGVIKRLWKD SGVQACFNRS R EYQLNDSA ...文字列:
MDYKDDDDKE NLYFQSMGCT LSAEDKAAVE RSKMIDRNLR EDGEKAAREV KLLLLGAGES GKSTIVKQMK IIHEAGYSEE ECKQYKAVV YSNTIQSIIA IIRAMGRLKI DFGDSARADD ARQLFVLAGA AEEGFMTAEL AGVIKRLWKD SGVQACFNRS R EYQLNDSA AYYLNDLDRI AQPNYIPTQQ DVLRTRVKTT GIVETHFTFK DLHFKMFDVG AQRSERKKWI HCFEGVTAII FC VALSDYD LVLAEDEEMN RMHESMKLFD SICNNKWFTD TSIILFLNKK DLFEEKIKKS PLTICYPEYA GSNTYEEAAA YIQ CQFEDL NKRKDTKEIY THFTCSTDTK NVQFVFDAVT DVIIKNNLKD CGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.728426 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWNGSSGGG GSGGGGSSGV SGWRLFKKIS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.668211 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV M TQATSSVP ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV M TQATSSVP VTPGESVSIS CRSSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LE AEDVGVY YCMQHLEYPL TFGAGTKLEL KAAAENLYFQ SHHHHHHHH

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分子 #5: Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT

分子名称: Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 110.840023 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAHHHHHH HHHHENLYFQ SGRAVEGAVK TEPVDLFHPG FLNSSNYRIP ALFKTKEGTL IASIDARRH GGADAPNNDI DTAVRRSEDG GKTWDEGQII MDYPDKSSVI DTTLIQDDET GRIFLLVTHF PSKYGFWNAG L GSGFKNID ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAHHHHHH HHHHENLYFQ SGRAVEGAVK TEPVDLFHPG FLNSSNYRIP ALFKTKEGTL IASIDARRH GGADAPNNDI DTAVRRSEDG GKTWDEGQII MDYPDKSSVI DTTLIQDDET GRIFLLVTHF PSKYGFWNAG L GSGFKNID GKEYLCLYDS SGKEFTVREN VVYDKDSNKT EYTTNALGDL FKNGTKIDNI NSSTAPLKAK GTSYINLVYS DD DGKTWSE PQNINFQVKK DWMKFLGIAP GRGIQIKNGE HKGRIVVPVY YTNEKGKQSS AVIYSDDSGK NWTIGESPND NRK LENGKI INSKTLSDDA PQLTECQVVE MPNGQLKLFM RNLSGYLNIA TSFDGGATWD ETVEKDTNVL EPYCQLSVIN YSQK VDGKD AVIFSNPNAR SRSNGTVRIG LINQVGTYEN GEPKYEFDWK YNKLVKPGYY AYSCLTELSN GNIGLLYEGT PSEEM SYIE MNLKYLESGA NKGSAGSGGV IKSIFTFVLI VEFIIGNLGN SFIALVNCID WVKGRKISSV DRILTALAIS RISLVW LIF GSWCVSVFFP ALFATEKMFR MLTNIWTVIN HFSVWLATGL GTFYFLKIAN FSNSIFLYLK WRVKKVVLVL LLVTSVF LF LNIALINIHI NASINGYRRN KTCSSDSSNF TRFSSLIVLT STVFIFIPFT LSLAMFLLLI FSMWKHRKKM QHTVKISG D ASTKAHRGVK SVITFFLLYA IFSLSFFISV WTSERLEENL IILSQVMGMA YPSCHSCVLI LGNKKLRQAS LSVLLWLRY MFKDGEPSGH KEFRESSGSG SSGSGSSGSG SSVFTLEDFV GDWEQTAAYN LDQVLEQGGV SSLLQNLAVS VTPIQRIVRS GENALKIDI HVIIPYEGLS ADQMAQIEEV FKVVYPVDDH HFKVILPYGT LVIDGVTPNM LNYFGRPYEG IAVFDGKKIT V TGTLWNGN KIIDERLITP DGSMLFRVTI NS

UniProtKB: exo-alpha-sialidase, Taste receptor type 2 member 14

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分子 #6: 2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID

分子名称: 2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: FLF
分子量理論値: 281.23 Da
Chemical component information

ChemComp-FLF:
2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID / フルフェナム酸 / 抗炎症剤, 阻害剤*YM

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 400545
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る