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万見
- PDB-8xqn: Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Aristol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xqn
タイトルStructure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Aristolochic acid A.
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT
  • scFv16
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / DNGi / GOQ / TAS2R14 / Bitter receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


bitter taste receptor activity / taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / ganglioside catabolic process / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex ...bitter taste receptor activity / taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / ganglioside catabolic process / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / Regulation of insulin secretion / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor activity / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / centriolar satellite / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / G protein activity / GTPase binding / Ca2+ pathway / midbody / fibroblast proliferation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / cell cortex / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / synapse / centrosome / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Taste receptor type 2 / Taste receptor protein (TAS2R) / BNR repeat-like domain / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / G-protein alpha subunit, group I ...Taste receptor type 2 / Taste receptor protein (TAS2R) / BNR repeat-like domain / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-GOQ / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / exo-alpha-sialidase / Taste receptor type 2 member 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Hu, X.L. / Wu, L.J. / Hua, T. / Liu, Z.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Bitter taste TAS2R14 activation by intracellular tastants and cholesterol.
著者: Xiaolong Hu / Weizhen Ao / Mingxin Gao / Lijie Wu / Yuan Pei / Shenhui Liu / Yiran Wu / Fei Zhao / Qianqian Sun / Junlin Liu / Longquan Jiang / Xin Wang / Yan Li / Qiwen Tan / Jie Cheng / Fan ...著者: Xiaolong Hu / Weizhen Ao / Mingxin Gao / Lijie Wu / Yuan Pei / Shenhui Liu / Yiran Wu / Fei Zhao / Qianqian Sun / Junlin Liu / Longquan Jiang / Xin Wang / Yan Li / Qiwen Tan / Jie Cheng / Fan Yang / Chi Yang / Jinpeng Sun / Tian Hua / Zhi-Jie Liu /
要旨: Bitter taste receptors, particularly TAS2R14, play central roles in discerning a wide array of bitter substances, ranging from dietary components to pharmaceutical agents. TAS2R14 is also widely ...Bitter taste receptors, particularly TAS2R14, play central roles in discerning a wide array of bitter substances, ranging from dietary components to pharmaceutical agents. TAS2R14 is also widely expressed in extragustatory tissues, suggesting its extra roles in diverse physiological processes and potential therapeutic applications. Here we present cryogenic electron microscopy structures of TAS2R14 in complex with aristolochic acid, flufenamic acid and compound 28.1, coupling with different G-protein subtypes. Uniquely, a cholesterol molecule is observed occupying what is typically an orthosteric site in class A G-protein-coupled receptors. The three potent agonists bind, individually, to the intracellular pockets, suggesting a distinct activation mechanism for this receptor. Comprehensive structural analysis, combined with mutagenesis and molecular dynamic simulation studies, elucidate the broad-spectrum ligand recognition and activation of the receptor by means of intricate multiple ligand-binding sites. Our study also uncovers the specific coupling modes of TAS2R14 with gustducin and G proteins. These findings should be instrumental in advancing knowledge of bitter taste perception and its broader implications in sensory biology and drug discovery.
履歴
登録2024年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年7月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22024年7月31日Group: Data collection / Other / カテゴリ: em_admin / pdbx_database_status
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.42025年7月16日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
S: scFv16
R: Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,2817
ポリマ－231,5535
非ポリマー7282
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 42455.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63096
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 39728.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768

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抗体 / タンパク質 , 2種, 2分子 SR

#4: 抗体 scFv16


分子量: 30668.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: タンパク質 Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT / Bitter taste receptor T2R14 / T2R14 / Taste receptor family B member 1 / TRB1


分子量: 110840.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: nanH, TAS2R14
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q59310, UniProt: Q9NYV8, exo-alpha-sialidase

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-GOQ / 8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid


分子量: 341.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H11NO7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Aristolochic acid A.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 450989 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049159
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6312394
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.9031263
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431404
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041545

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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