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- EMDB-38583: Structure of human class T GPCR TAS2R14-Gi complex with Aristoloc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38583
タイトルStructure of human class T GPCR TAS2R14-Gi complex with Aristolochic acid A.
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of human class T GPCR TAS2R14-Gi complex with Aristolochic acid A.
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT
  • リガンド: 8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードGPCR / Tas2R14 / Gi / GOQ / Bitter Receptor. / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bitter taste receptor activity / taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / ganglioside catabolic process / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex ...bitter taste receptor activity / taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / ganglioside catabolic process / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / chemokine-mediated signaling pathway / Regulation of insulin secretion / neuropeptide signaling pathway / response to prostaglandin E / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / GDP binding / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / extracellular vesicle / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / sperm principal piece / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / G protein activity / fibroblast proliferation / Ca2+ pathway / midbody / cell cortex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / lysosomal membrane / GTPase activity / centrosome / synapse / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Taste receptor type 2 / Taste receptor protein (TAS2R) / BNR repeat-like domain / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / G-protein alpha subunit, group I ...Taste receptor type 2 / Taste receptor protein (TAS2R) / BNR repeat-like domain / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / G-protein alpha subunit, group I / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / exo-alpha-sialidase / Taste receptor type 2 member 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Hu XL / Wu LJ / Hua T / Liu ZJ
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Bitter taste TAS2R14 activation by intracellular tastants and cholesterol.
著者: Xiaolong Hu / Weizhen Ao / Mingxin Gao / Lijie Wu / Yuan Pei / Shenhui Liu / Yiran Wu / Fei Zhao / Qianqian Sun / Junlin Liu / Longquan Jiang / Xin Wang / Yan Li / Qiwen Tan / Jie Cheng / Fan ...著者: Xiaolong Hu / Weizhen Ao / Mingxin Gao / Lijie Wu / Yuan Pei / Shenhui Liu / Yiran Wu / Fei Zhao / Qianqian Sun / Junlin Liu / Longquan Jiang / Xin Wang / Yan Li / Qiwen Tan / Jie Cheng / Fan Yang / Chi Yang / Jinpeng Sun / Tian Hua / Zhi-Jie Liu /
要旨: Bitter taste receptors, particularly TAS2R14, play central roles in discerning a wide array of bitter substances, ranging from dietary components to pharmaceutical agents. TAS2R14 is also widely ...Bitter taste receptors, particularly TAS2R14, play central roles in discerning a wide array of bitter substances, ranging from dietary components to pharmaceutical agents. TAS2R14 is also widely expressed in extragustatory tissues, suggesting its extra roles in diverse physiological processes and potential therapeutic applications. Here we present cryogenic electron microscopy structures of TAS2R14 in complex with aristolochic acid, flufenamic acid and compound 28.1, coupling with different G-protein subtypes. Uniquely, a cholesterol molecule is observed occupying what is typically an orthosteric site in class A G-protein-coupled receptors. The three potent agonists bind, individually, to the intracellular pockets, suggesting a distinct activation mechanism for this receptor. Comprehensive structural analysis, combined with mutagenesis and molecular dynamic simulation studies, elucidate the broad-spectrum ligand recognition and activation of the receptor by means of intricate multiple ligand-binding sites. Our study also uncovers the specific coupling modes of TAS2R14 with gustducin and G proteins. These findings should be instrumental in advancing knowledge of bitter taste perception and its broader implications in sensory biology and drug discovery.
履歴
登録2024年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38583.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38583.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.0017427799 - 1.726346
平均 (標準偏差)0.0009593275 (±0.022500096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38583_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38583_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of human class T GPCR TAS2R14-Gi complex with Aristoloc...

全体名称: Structure of human class T GPCR TAS2R14-Gi complex with Aristolochic acid A.
要素
  • 複合体: Structure of human class T GPCR TAS2R14-Gi complex with Aristolochic acid A.
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT
  • リガンド: 8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Structure of human class T GPCR TAS2R14-Gi complex with Aristoloc...

超分子名称: Structure of human class T GPCR TAS2R14-Gi complex with Aristolochic acid A.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.425125 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDYKDDDDKE NLYFQSMGCT LSAEDKAAVE RSKMIDRNLR EDGEKAAREV KLLLLGAGES GKSTIVKQMK IIHEAGYSEE ECKQYKAVV YSNTIQSIIA IIRAMGRLKI DFGDSARADD ARQLFVLAGA AEEGFMTAEL AGVIKRLWKD SGVQACFNRS R EYQLNDSA ...文字列:
MDYKDDDDKE NLYFQSMGCT LSAEDKAAVE RSKMIDRNLR EDGEKAAREV KLLLLGAGES GKSTIVKQMK IIHEAGYSEE ECKQYKAVV YSNTIQSIIA IIRAMGRLKI DFGDSARADD ARQLFVLAGA AEEGFMTAEL AGVIKRLWKD SGVQACFNRS R EYQLNDSA AYYLNDLDRI AQPNYIPTQQ DVLRTRVKTT GIVETHFTFK DLHFKMFDVG GQRSERKKWI HCFEGVTAII FC VALSDYD LVLAEDEEMN RMHESMKLFD SICNNKWFTD TSIILFLNKK DLFEEKIKKS PLTICYPEYA GSNTYEEAAA YIQ CQFEDL NKRKDTKEIY THFTCATDTK NVQFVFDAVT DVIIKNNLKD CGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.728426 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWNGSSGGG GSGGGGSSGV SGWRLFKKIS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.668211 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV M TQATSSVP ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV M TQATSSVP VTPGESVSIS CRSSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LE AEDVGVY YCMQHLEYPL TFGAGTKLEL KAAAENLYFQ SHHHHHHHH

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分子 #5: Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT

分子名称: Exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 14,LgBiT
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 110.840023 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAHHHHHH HHHHENLYFQ SGRAVEGAVK TEPVDLFHPG FLNSSNYRIP ALFKTKEGTL IASIDARRH GGADAPNNDI DTAVRRSEDG GKTWDEGQII MDYPDKSSVI DTTLIQDDET GRIFLLVTHF PSKYGFWNAG L GSGFKNID ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAHHHHHH HHHHENLYFQ SGRAVEGAVK TEPVDLFHPG FLNSSNYRIP ALFKTKEGTL IASIDARRH GGADAPNNDI DTAVRRSEDG GKTWDEGQII MDYPDKSSVI DTTLIQDDET GRIFLLVTHF PSKYGFWNAG L GSGFKNID GKEYLCLYDS SGKEFTVREN VVYDKDSNKT EYTTNALGDL FKNGTKIDNI NSSTAPLKAK GTSYINLVYS DD DGKTWSE PQNINFQVKK DWMKFLGIAP GRGIQIKNGE HKGRIVVPVY YTNEKGKQSS AVIYSDDSGK NWTIGESPND NRK LENGKI INSKTLSDDA PQLTECQVVE MPNGQLKLFM RNLSGYLNIA TSFDGGATWD ETVEKDTNVL EPYCQLSVIN YSQK VDGKD AVIFSNPNAR SRSNGTVRIG LINQVGTYEN GEPKYEFDWK YNKLVKPGYY AYSCLTELSN GNIGLLYEGT PSEEM SYIE MNLKYLESGA NKGSAGSGGV IKSIFTFVLI VEFIIGNLGN SFIALVNCID WVKGRKISSV DRILTALAIS RISLVW LIF GSWCVSVFFP ALFATEKMFR MLTNIWTVIN HFSVWLATGL GTFYFLKIAN FSNSIFLYLK WRVKKVVLVL LLVTSVF LF LNIALINIHI NASINGYRRN KTCSSDSSNF TRFSSLIVLT STVFIFIPFT LSLAMFLLLI FSMWKHRKKM QHTVKISG D ASTKAHRGVK SVITFFLLYA IFSLSFFISV WTSERLEENL IILSQVMGMA YPSCHSCVLI LGNKKLRQAS LSVLLWLRY MFKDGEPSGH KEFRESSGSG SSGSGSSGSG SSVFTLEDFV GDWEQTAAYN LDQVLEQGGV SSLLQNLAVS VTPIQRIVRS GENALKIDI HVIIPYEGLS ADQMAQIEEV FKVVYPVDDH HFKVILPYGT LVIDGVTPNM LNYFGRPYEG IAVFDGKKIT V TGTLWNGN KIIDERLITP DGSMLFRVTI NS

UniProtKB: exo-alpha-sialidase, Taste receptor type 2 member 14

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分子 #6: 8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid

分子名称: 8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GOQ
分子量理論値: 341.272 Da
Chemical component information

ChemComp-GOQ:
8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 851653
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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