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万見
- EMDB-3726: BtubABC mini microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3726
タイトルBtubABC mini microtubule
マップデータBtubABC mini microtubule
試料
  • 複合体: BtubABC mini microtubule
    • 複合体: BtubABC mini microtubule
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin BtubB
    • 複合体: BtubABC mini microtubule
      • タンパク質・ペプチド: Bacterial kinesin light chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードbacterial cytoskeleton / microtubules / structural protein
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule / hydrolase activity / protein serine/threonine kinase activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / MalT-like TPR region / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Alpha tubulin / Beta tubulin / TPR repeat profile. / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain ...: / MalT-like TPR region / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Alpha tubulin / Beta tubulin / TPR repeat profile. / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tetratricopeptide repeats / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial kinesin light chain / Tubulin BtubB / Tubulin
類似検索 - 構成要素
生物種Prosthecobacter dejongeii (バクテリア) / Prosthecobacter vanneervenii (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Deng X / Bharat TAM
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Four-stranded mini microtubules formed by BtubAB show dynamic instability.
著者: Xian Deng / Gero Fink / Tanmay A M Bharat / Shaoda He / Danguole Kureisaite-Ciziene / Jan Löwe /
要旨: Microtubules, the dynamic, yet stiff hollow tubes built from αβ-tubulin protein heterodimers, are thought to be present only in eukaryotic cells. Here, we report a 3.6-Å helical reconstruction ...Microtubules, the dynamic, yet stiff hollow tubes built from αβ-tubulin protein heterodimers, are thought to be present only in eukaryotic cells. Here, we report a 3.6-Å helical reconstruction electron cryomicroscopy structure of four-stranded mini microtubules formed by bacterial tubulin-like BtubAB proteins. Despite their much smaller diameter, mini microtubules share many key structural features with eukaryotic microtubules, such as an M-loop, alternating subunits, and a seam that breaks overall helical symmetry. Using in vitro total internal reflection fluorescence microscopy, we show that bacterial mini microtubules treadmill and display dynamic instability, another hallmark of eukaryotic microtubules. The third protein in the gene cluster, BtubC, previously known as "bacterial kinesin light chain," binds along protofilaments every 8 nm, inhibits BtubAB mini microtubule catastrophe, and increases rescue. Our work reveals that some bacteria contain regulated and dynamic cytomotive microtubule systems that were once thought to be only useful in much larger and sophisticated eukaryotic cells.
履歴
登録2017年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月21日-
マップ公開2017年7月19日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0967
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0967
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5o09
  • 表面レベル: 0.0967
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5o09
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3726.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BtubABC mini microtubule
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 280 pix.
= 375.2 Å		1.34 Å/pix.
x 280 pix.
= 375.2 Å		1.34 Å/pix.
x 280 pix.
= 375.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0967 / ムービー #1: 0.0967
最小 - 最大-0.42958683 - 0.73041767
平均 (標準偏差)0.00006278253 (±0.03188777)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 375.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z375.200375.200375.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.4300.7300.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BtubABC mini microtubule

全体名称: BtubABC mini microtubule
要素
  • 複合体: BtubABC mini microtubule
    • 複合体: BtubABC mini microtubule
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin BtubB
    • 複合体: BtubABC mini microtubule
      • タンパク質・ペプチド: Bacterial kinesin light chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: BtubABC mini microtubule

超分子名称: BtubABC mini microtubule / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: BtubABC mini microtubule

超分子名称: BtubABC mini microtubule / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Prosthecobacter dejongeii (バクテリア)

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超分子 #3: BtubABC mini microtubule

超分子名称: BtubABC mini microtubule / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Prosthecobacter vanneervenii (バクテリア)

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分子 #1: Tubulin

分子名称: Tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Prosthecobacter dejongeii (バクテリア)
分子量理論値: 47.071582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VNNTIVVSIG QAGNQIAASF WKTVCLEHGI DPLTGQTAPG VAPRGNWSSF FSKLGESSSG SYVPRAIMVD LEPSVIDNVK ATSGSLFNP ANLISRTEGA GGNFAVGYLG AGREVLPEVM SRLDYEIDKC DNVGGIIVLH AIGGGTGSGF GALLIESLKE K YGEIPVLS ...文字列:
VNNTIVVSIG QAGNQIAASF WKTVCLEHGI DPLTGQTAPG VAPRGNWSSF FSKLGESSSG SYVPRAIMVD LEPSVIDNVK ATSGSLFNP ANLISRTEGA GGNFAVGYLG AGREVLPEVM SRLDYEIDKC DNVGGIIVLH AIGGGTGSGF GALLIESLKE K YGEIPVLS CAVLPSPQVS SVVTEPYNTV FALNTLRRSA DACLIFDNEA LFDLAHRKWN IESPTVDDLN LLITEALAGI TA SMRFSGF LTVEITLREL LTNLVPQPSL HFLMCAFAPL TPPDRSKFEE LGIEEMIKSL FDNGSVFAAC SPMEGRFLST AVL YRGIME DKPLADAALA AMREKLPLTY WIPTAFKIGY VEQPGISHRK SMVLLANNTE IARVLDRICH NFDKLWQRKA FANW YLNEG MSEEQINVLR ASAQELVQSY QVAEESGA

UniProtKB: Tubulin

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分子 #2: Tubulin BtubB

分子名称: Tubulin BtubB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Prosthecobacter dejongeii (バクテリア)
分子量理論値: 46.465508 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VREILSIHVG QCGNQIADSF WRLALREHGL TEAGTLKEGS NAAANSNMEV FFHKVRDGKY VPRAVLVDLE PGVIARIEGG DMSQLFDES SIVRKIPGAA NNWARGYNVE GEKVIDQIMN VIDSAVEKTK GLQGFLMTHS IGGGSGSGLG SLILERLRQA Y PKKRIFTF ...文字列:
VREILSIHVG QCGNQIADSF WRLALREHGL TEAGTLKEGS NAAANSNMEV FFHKVRDGKY VPRAVLVDLE PGVIARIEGG DMSQLFDES SIVRKIPGAA NNWARGYNVE GEKVIDQIMN VIDSAVEKTK GLQGFLMTHS IGGGSGSGLG SLILERLRQA Y PKKRIFTF SVVPSPLISD SAVEPYNAIL TLQRILDNAD GAVLLDNEAL FRIAKAKLNR SPNYMDLNNI IALIVSSVTA SL RFPGKLN TDLSEFVTNL VPFPGNHFLT ASFAPMRGAG QEGQVRTNFP DLARETFAQD NFTAAIDWQQ GVYLAASALF RGD VKAKDV DENMATIRKS LNYASYMPAS GGLKLGYAET APEGFASSGL ALVNHTGIAA VFERLIAQFD IMFDNHAYTH WYEN AGVSR DMMAKARNQI ATLAQSYRDA S

UniProtKB: Tubulin BtubB

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分子 #3: Bacterial kinesin light chain

分子名称: Bacterial kinesin light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Prosthecobacter vanneervenii (バクテリア)
分子量理論値: 27.135703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DTALERQIAS ASRSVEEARR LAYHDPIRVG ALVEQISVLA DLRQKEGDFR KAESLYREAL FRAQELRKQD PDLLTGIYSL LAHLYDRWG RMDKAAEFYE LALKISAENG LEESDKVATI KNNLAMIFKQ LRKFERAEGY YCEALETFQR LDGEQSARVA S VYNNLGVL ...文字列:
DTALERQIAS ASRSVEEARR LAYHDPIRVG ALVEQISVLA DLRQKEGDFR KAESLYREAL FRAQELRKQD PDLLTGIYSL LAHLYDRWG RMDKAAEFYE LALKISAENG LEESDKVATI KNNLAMIFKQ LRKFERAEGY YCEALETFQR LDGEQSARVA S VYNNLGVL YYSHMDVDRA QVMHERALAI RQNLHEGQMD PADLSQTFIN LGAVYKAAGD FQKAEACVDR AKRIRAAMNG

UniProtKB: Bacterial kinesin light chain

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分子 #4: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 16 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.7
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 6105 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 79.31 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -5.54 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 257661
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Subtomogram averaged cryotomography map (reference free alignment, no symmetry imposed)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: R-factor
得られたモデル

PDB-5o09:
BtubABC mini microtubule

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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