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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3562 | |||||||||
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タイトル | Cowpea mosaic virus top component (CPMV-T) - naturally occurring empty particles | |||||||||
マップデータ | The naturally occurring empty cowpea mosaic virus capsid (CPMV-T) | |||||||||
試料 |
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キーワード | CPMV-T / plant virus / picornavirales / virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / GTP binding / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Hesketh EL / Meshcheriakova Y | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: The structures of a naturally empty cowpea mosaic virus particle and its genome-containing counterpart by cryo-electron microscopy. 著者: Emma L Hesketh / Yulia Meshcheriakova / Rebecca F Thompson / George P Lomonossoff / Neil A Ranson / 要旨: Cowpea mosaic virus (CPMV) is a picorna-like plant virus. As well as an intrinsic interest in CPMV as a plant pathogen, CPMV is of major interest in biotechnology applications such as nanotechnology. ...Cowpea mosaic virus (CPMV) is a picorna-like plant virus. As well as an intrinsic interest in CPMV as a plant pathogen, CPMV is of major interest in biotechnology applications such as nanotechnology. Here, we report high resolution cryo electron microscopy (cryo-EM) maps of wild type CPMV containing RNA-2, and of naturally-formed empty CPMV capsids. The resolution of these structures is sufficient to visualise large amino acids. We have refined an atomic model for each map and identified an essential amino acid involved in genome encapsidation. This work has furthered our knowledge of Picornavirales genome encapsidation and will assist further work in the development of CPMV as a biotechnological tool. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3562.map.gz | 321.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3562-v30.xml emd-3562.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3562_fsc.xml | 15.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3562.png | 262.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3562.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3562 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3562_validation.pdf.gz | 331.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3562_full_validation.pdf.gz | 330.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3562_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3562 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The naturally occurring empty cowpea mosaic virus capsid (CPMV-T) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cowpea mosaic virus
全体 | 名称: Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cowpea mosaic virus
超分子 | 名称: Cowpea mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12264 / 生物種: Cowpea mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Vigna unguiculata (マメ科) |
-分子 #1: Small subunit of cowpea mosaic virus
分子 | 名称: Small subunit of cowpea mosaic virus / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.798902 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: GPVCAEASDV YSPCMIASTP PAPFSDVTAV TFDLINGKIT PVGDDNWNTH IYNPPIMNVL RTAAWKSGTI HVQLNVRGAG VKRADWDGQ VFVYLRQSMN PESYDARTFV ISQPGSAMLN FSFDIIGPNS GFEFAESPWA NQTTWYLECV ATNPRQIQQF E VNMRFDPN ...文字列: GPVCAEASDV YSPCMIASTP PAPFSDVTAV TFDLINGKIT PVGDDNWNTH IYNPPIMNVL RTAAWKSGTI HVQLNVRGAG VKRADWDGQ VFVYLRQSMN PESYDARTFV ISQPGSAMLN FSFDIIGPNS GFEFAESPWA NQTTWYLECV ATNPRQIQQF E VNMRFDPN FRVAGNILMP PFPLSTETPP LLKFRFRDIE RSKRSVMVQH TATAA UniProtKB: RNA2 polyprotein |
-分子 #2: Large subunit of Cowpea music virus
分子 | 名称: Large subunit of Cowpea music virus / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス) |
分子量 | 理論値: 40.858434 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: MEQNLFALSL DDTSSVRGSL LDTKFAQTRV LLSKAMAGGD VLLDEYLYDV VNGQDFRATV AFLRTHVITG KIKVTATTNI SDNSGCCLM LAINSGVRGK YSTDVYTICS QDSMTWNPGC KKNFSFTFNP NPCGDSWSAE MISRSRVRMT VICVSGWTLS P TTDVIAKL ...文字列: MEQNLFALSL DDTSSVRGSL LDTKFAQTRV LLSKAMAGGD VLLDEYLYDV VNGQDFRATV AFLRTHVITG KIKVTATTNI SDNSGCCLM LAINSGVRGK YSTDVYTICS QDSMTWNPGC KKNFSFTFNP NPCGDSWSAE MISRSRVRMT VICVSGWTLS P TTDVIAKL DWSIVNEKCE PTIYHLADCQ NWLPLNRWMG KLTFPQGVTS EVRRMPLSIG GGAGATQAFL ANMPNSWISM WR YFRGELH FEVTKMSSPY IKATVTFLIA FGNLSDAFGF YESFPHRIVQ FAEVEEKCTL VFSQQEFVTA WSTQVNPRTT LEA DGCPYL YAIIHDSTTG TISGDFNLGV KLVGIKDFCG IGSNPGIDGS RLL UniProtKB: RNA2 polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.92 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1323 / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 10.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.35000000000000003 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-5ms1: |