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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34452 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a dimeric complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ligase / complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 liver morphogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / regulation protein catabolic process at postsynapse / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / polar microtubule / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process ...liver morphogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / regulation protein catabolic process at postsynapse / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / polar microtubule / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / phosphatidylinositol kinase activity / COPII vesicle coating / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / stem cell division / positive regulation of focal adhesion disassembly / cellular response to chemical stress / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / NEDD8 transferase activity / RHOBTB3 ATPase cycle / interleukin-18-mediated signaling pathway / cullin-RING ubiquitin ligase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / myeloid leukocyte migration / embryonic cleavage / cell projection organization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / Activated NTRK3 signals through PI3K / ErbB-3 class receptor binding / cis-Golgi network / RHOF GTPase cycle / kinase activator activity / positive regulation of protein autoubiquitination / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / RHOD GTPase cycle / protein neddylation / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / enzyme-substrate adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / Notch binding / NEDD8 ligase activity / negative regulation of response to oxidative stress / RND1 GTPase cycle / RHOBTB1 GTPase cycle / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Costimulation by the CD28 family / positive regulation of leukocyte migration / MET activates PI3K/AKT signaling / RND2 GTPase cycle / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / fibroblast apoptotic process / PI3K/AKT activation / RND3 GTPase cycle / positive regulation of filopodium assembly / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / growth hormone receptor signaling pathway / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / insulin binding / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / mitotic metaphase chromosome alignment / RHOV GTPase cycle / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of cell-matrix adhesion / RHOB GTPase cycle / Signaling by ALK / GP1b-IX-V activation signalling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR3 / stress fiber assembly / PI-3K cascade:FGFR2 / RHOJ GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR4 / Prolactin receptor signaling / RHOC GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR1 / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokinesis / intracellular glucose homeostasis / protein monoubiquitination / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / cullin family protein binding / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Hu Y / Mao Q / Chen Z / Sun L | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Dynamic molecular architecture and substrate recruitment of cullin3-RING E3 ligase CRL3. 著者: Yuxia Hu / Zhao Zhang / Qiyu Mao / Xiang Zhang / Aihua Hao / Yu Xun / Yeda Wang / Lin Han / Wuqiang Zhan / Qianying Liu / Yue Yin / Chao Peng / Eva Marie Y Moresco / Zhenguo Chen / Bruce Beutler / Lei Sun / 要旨: Phosphatidylinositol 3-kinase α, a heterodimer of catalytic p110α and one of five regulatory subunits, mediates insulin- and insulin like growth factor-signaling and, frequently, oncogenesis. ...Phosphatidylinositol 3-kinase α, a heterodimer of catalytic p110α and one of five regulatory subunits, mediates insulin- and insulin like growth factor-signaling and, frequently, oncogenesis. Cellular levels of the regulatory p85α subunit are tightly controlled by regulated proteasomal degradation. In adipose tissue and growth plates, failure of K48-linked p85α ubiquitination causes diabetes, lipodystrophy and dwarfism in mice, as in humans with SHORT syndrome. Here we elucidated the structures of the key ubiquitin ligase complexes regulating p85α availability. Specificity is provided by the substrate receptor KBTBD2, which recruits p85α to the cullin3-RING E3 ubiquitin ligase (CRL3). CRL3 forms multimers, which disassemble into dimers upon substrate binding (CRL3-p85α) and/or neddylation by the activator NEDD8 (CRL3~N8), leading to p85α ubiquitination and degradation. Deactivation involves dissociation of NEDD8 mediated by the COP9 signalosome and displacement of KBTBD2 by the inhibitor CAND1. The hereby identified structural basis of p85α regulation opens the way to better understanding disturbances of glucose regulation, growth and cancer. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34452.map.gz | 193.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34452-v30.xml emd-34452.xml | 25.8 KB 25.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34452.png | 61.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34452.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_34452_additional_1.map.gz emd_34452_additional_2.map.gz emd_34452_additional_3.map.gz emd_34452_half_map_1.map.gz emd_34452_half_map_2.map.gz | 192.4 MB 200.2 MB 200.2 MB 170.9 MB 171.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34452 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34452 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34452_validation.pdf.gz | 645.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34452_full_validation.pdf.gz | 644.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34452_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34452_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34452 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34452 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8h36MC 8gq6C 8h33C 8h34C 8h35C 8h37C 8h38C 8h3aC 8h3fC 8h3qC 8h3rC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34452.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.332 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #3
ファイル | emd_34452_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_34452_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_34452_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34452_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34452_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a dimeric complex
全体 | 名称: KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a dimeric complex |
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要素 |
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-超分子 #1: KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a dimeric complex
超分子 | 名称: KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a dimeric complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
分子 | 名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.289977 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAAAMDVDTP SGTNSGAGKK RFEVKKWNAV ALWAWDIVVD NCAICRNHIM DLCIECQANQ ASATSEECTV AWGVCNHAFH FHCISRWLK TRQVCPLDNR EWEFQKYGH UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 |
-分子 #2: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2
分子 | 名称: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 71.431375 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSTQDERQIN TEYAVSLLEQ LKLFYEQQLF TDIVLIVEGT EFPCHKMVLA TCSSYFRAMF MSGLSESKQT HVHLRNVDAA TLQIIITYA YTGNLAMNDS TVEQLYETAC FLQVEDVLQR CREYLIKKIN AENCVRLLSF ADLFSCEELK QSAKRMVEHK F TAVYHQDA ...文字列: MSTQDERQIN TEYAVSLLEQ LKLFYEQQLF TDIVLIVEGT EFPCHKMVLA TCSSYFRAMF MSGLSESKQT HVHLRNVDAA TLQIIITYA YTGNLAMNDS TVEQLYETAC FLQVEDVLQR CREYLIKKIN AENCVRLLSF ADLFSCEELK QSAKRMVEHK F TAVYHQDA FMQLSHDLLI DILSSDNLNV EKEETVREAA MLWLEYNTES RSQYLSSVLS QIRIDALSEV TQRAWFQGLP PN DKSVVVQ GLYKDMPKFF KPRLGMTKEE MMIFIEASSE NPCSLYSSVC YSPQAEKVYK LCSPPADLHK VGTVVTPDND IYI AGGQVP LKNTKTNHSK TSKLQTAFRT VNCFYWFDAQ QNTWFPKTPM LFVRIKPSLV CCEGYIYAIG GDSVGGELNR RTVE RYDTE KDEWTMVSPL PCAWQWSAAV VVHDCIYVMT LNLMYCYFPR SDSWVEMAMR QTSRSFASAA AFGDKIFYIG GLHIA TNSG IRLPSGTVDG SSVTVEIYDV NKNEWKMAAN IPAKRYSDPC VRAVVISNSL CVFMRETHLN ERAKYVTYQY DLELDR WSL RQHISERVLW DLGRDFRCTV GKLYPSCLEE SPWKPPTYLF STDGTEEFEL DGEMVALPPV UniProtKB: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2 |
-分子 #3: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
分子 | 名称: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 83.710281 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSAEGYQYRA LYDYKKEREE DIDLHLGDIL TVNKGSLVAL GFSDGQEARP EEIGWLNGYN ETTGERGDFP GTYVEYIGRK KISPPTPKP RPPRPLPVAP GSSKTEADVE QQALTLPDLA EQFAPPDIAP PLLIKLVEAI EKKGLECSTL YRTQSSSNLA E LRQLLDCD ...文字列: MSAEGYQYRA LYDYKKEREE DIDLHLGDIL TVNKGSLVAL GFSDGQEARP EEIGWLNGYN ETTGERGDFP GTYVEYIGRK KISPPTPKP RPPRPLPVAP GSSKTEADVE QQALTLPDLA EQFAPPDIAP PLLIKLVEAI EKKGLECSTL YRTQSSSNLA E LRQLLDCD TPSVDLEMID VHVLADAFKR YLLDLPNPVI PAAVYSEMIS LAPEVQSSEE YIQLLKKLIR SPSIPHQYWL TL QYLLKHF FKLSQTSSKN LLNARVLSEI FSPMLFRFSA ASSDNTENLI KVIEILISTE WNERQPAPAL PPKPPKPTTV ANN GMNNNM SLQDAEWYWG DISREEVNEK LRDTADGTFL VRDASTKMHG DYTLTLRKGG NNKLIKIFHR DGKYGFSDPL TFSS VVELI NHYRNESLAQ YNPKLDVKLL YPVSKYQQDQ VVKEDNIEAV GKKLHEYNTQ FQEKSREYDR LYEEYTRTSQ EIQMK RTAI EAFNETIKIF EEQCQTQERY SKEYIEKFKR EGNEKEIQRI MHNYDKLKSR ISEIIDSRRR LEEDLKKQAA EYREID KRM NSIKPDLIQL RKTRDQYLMW LTQKGVRQKK LNEWLGNENT EDQYSLVEDD EDLPHHDEKT WNVGSSNRNK AENLLRG KR DGTFLVRESS KQGCYACSVV VDGEVKHCVI NKTATGYGFA EPYNLYSSLK ELVLHYQHTS LVQHNDSLNV TLAYPVYA Q QRR UniProtKB: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha |
-分子 #4: Cullin-3
分子 | 名称: Cullin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 89.063328 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSNLSKGTGS RKDTKMRIRA FPMTMDEKYV NSIWDLLKNA IQEIQRKNNS GLSFEELYRN AYTMVLHKHG EKLYTGLREV VTEHLINKV REDVLNSLNN NFLQTLNQAW NDHQTAMVMI RDILMYMDRV YVQQNNVENV YNLGLIIFRD QVVRYGCIRD H LRQTLLDM ...文字列: MSNLSKGTGS RKDTKMRIRA FPMTMDEKYV NSIWDLLKNA IQEIQRKNNS GLSFEELYRN AYTMVLHKHG EKLYTGLREV VTEHLINKV REDVLNSLNN NFLQTLNQAW NDHQTAMVMI RDILMYMDRV YVQQNNVENV YNLGLIIFRD QVVRYGCIRD H LRQTLLDM IARERKGEVV DRGAIRNACQ MLMILGLEGR SVYEEDFEAP FLEMSAEFFQ MESQKFLAEN SASVYIKKVE AR INEEIER VMHCLDKSTE EPIVKVVERE LISKHMKTIV EMENSGLVHM LKNGKTEDLG CMYKLFSRVP NGLKTMCECM SSY LREQGK ALVSEEGEGK NPVDYIQGLL DLKSRFDRFL LESFNNDRLF KQTIAGDFEY FLNLNSRSPE YLSLFIDDKL KKGV KGLTE QEVETILDKA MVLFRFMQEK DVFERYYKQH LARRLLTNKS VSDDSEKNMI SKLKTECGCQ FTSKLEGMFR DMSIS NTTM DEFRQHLQAT GVSLGGVDLT VRVLTTGYWP TQSATPKCNI PPAPRHAFEI FRRFYLAKHS GRQLTLQHHM GSADLN ATF YGPVKKEDGS EVGVGGAQVT GSNTRKHILQ VSTFQMTILM LFNNREKYTF EEIQQETDIP ERELVRALQS LACGKPT QR VLTKEPKSKE IENGHIFTVN DQFTSKLHRV KIQTVAAKQG ESDPERKETR QKVDDDRKHE IEAAIVRIMK SRKKMQHN V LVAEVTQQLK ARFLPSPVVI KKRIEGLIER EYLARTPEDR KVYTYVA UniProtKB: Cullin-3 |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: 7CIO |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 333476 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |