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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33598 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Klebsiella phage Kp7 icosahedral head | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Podophage / icosahedral head / VIRUS | |||||||||
生物種 | Klebsiella phage Kp7 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang L / Xiang Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure and assembly of the Klebsiella pneumoniae phage tail fibers 著者: Huang L / Xiang Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33598.map.gz | 386.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33598-v30.xml emd-33598.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33598_fsc.xml | 35.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33598.png | 20.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33598.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_33598_half_map_1.map.gz emd_33598_half_map_2.map.gz | 3 GB 3 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33598 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33598 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33598_validation.pdf.gz | 915.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33598_full_validation.pdf.gz | 914.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33598_validation.xml.gz | 41.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33598_validation.cif.gz | 57.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33598 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33598 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33598.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.17 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33598_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33598_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Klebsiella phage Kp7
全体 | 名称: Klebsiella phage Kp7 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Klebsiella phage Kp7
超分子 | 名称: Klebsiella phage Kp7 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2936515 / 生物種: Klebsiella phage Kp7 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Klebsiella pneumoniae ATCC 43816 (肺炎桿菌) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 600.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: phage major capsid protein
分子 | 名称: phage major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella phage Kp7 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 39.74375 KDa |
配列 | 文字列: MSTPNVLTNV AVSHSGEVDS LLIEKFNGKV REQYLKGENL LSHFQVETVT GTNTVSNKYL GETEIQVLAP GQSPAATPTK ADKNQVVID TTVIARNTVA MLHDVQGDID SLKPKIAVNQ AKQLKRLEDE MVVQQLMLGG ISNTKAQRTN PRVPGHGFSI N VNITADTA ...文字列: MSTPNVLTNV AVSHSGEVDS LLIEKFNGKV REQYLKGENL LSHFQVETVT GTNTVSNKYL GETEIQVLAP GQSPAATPTK ADKNQVVID TTVIARNTVA MLHDVQGDID SLKPKIAVNQ AKQLKRLEDE MVVQQLMLGG ISNTKAQRTN PRVPGHGFSI N VNITADTA ETSPQYLAAA IEYALEQQLE QEVDISDLVI LMPWKFFNAL RDMDRIVDRS YTLADESTVQ GFALKSFNVP VV PSNRFPK FSQGAAHHKL SNADNGFRYD TTAPMAGAVA VIFSMDALLV GRTIELTGDI FWEKKEKTFY IDTYLAEGAI PDR WEAVSV VTTARNATTG DPDGTGADDT VVTKRANRKV ILTKAVS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 36000 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |