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- EMDB-33560: CryoEM structure of Klebsiella phage Kp9 tail complex applied wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33560
タイトルCryoEM structure of Klebsiella phage Kp9 tail complex applied with C6 symmetry
マップデータ
試料
  • ウイルス: Klebsiella phage Kp9 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: phage connector protein
    • タンパク質・ペプチド: phage tail tubular protein A
    • タンパク質・ペプチド: phage tail tubular protein B
    • タンパク質・ペプチド: phage type I tail fiber
キーワードComplex / Podophage / short non-contractile tail / VIRUS
生物種Klebsiella phage Kp9 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Huang L / Xiang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and assembly of the Klebsiella pneumoniae phage tail fibers
著者: Huang L / Xiang Y
履歴
登録2022年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33560.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33560.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 1000 pix.
= 1074.2 Å		1.07 Å/pix.
x 1000 pix.
= 1074.2 Å		1.07 Å/pix.
x 1000 pix.
= 1074.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0742 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.031315483 - 0.06851821
平均 (標準偏差)0.000042863896 (±0.0008137702)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100010001000
Spacing100010001000
セルA=B=C: 1074.2001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33560_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33560_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Klebsiella phage Kp9

全体名称: Klebsiella phage Kp9 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Klebsiella phage Kp9 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: phage connector protein
    • タンパク質・ペプチド: phage tail tubular protein A
    • タンパク質・ペプチド: phage tail tubular protein B
    • タンパク質・ペプチド: phage type I tail fiber

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超分子 #1: Klebsiella phage Kp9

超分子名称: Klebsiella phage Kp9 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2936516 / 生物種: Klebsiella phage Kp9 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Klebsiella pneumoniae ATCC 43816 (肺炎桿菌)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 600.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: phage connector protein

分子名称: phage connector protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage Kp9 (ファージ)
分子量理論値: 58.661219 KDa
配列文字列: MAEVKLEGFA EEGAKAVYDR LKNDRQPYET RAESCAQYTI PSLFPKDSDN ASTDYTTPWQ SVGARGLNNL ASKLMLALFP MQSWMKLTI SEYEAKNLLG DAEGLAKVDE GLSMVERIIM NYIESNSYRV TLFECLKQLC VAGNALLYLP EPEGYTPMKL Y RLNSYVVQ ...文字列:
MAEVKLEGFA EEGAKAVYDR LKNDRQPYET RAESCAQYTI PSLFPKDSDN ASTDYTTPWQ SVGARGLNNL ASKLMLALFP MQSWMKLTI SEYEAKNLLG DAEGLAKVDE GLSMVERIIM NYIESNSYRV TLFECLKQLC VAGNALLYLP EPEGYTPMKL Y RLNSYVVQ RDAFGNVLQI VTLDKIAFNA LPEDVRSQVE AAQGEQKEDA EIDVYTHVYL NEAGDGYSKY EEVAEEVVPG SE AEYPLEE CPYIPVRMVR IDGESYGRSY VEEYLGDLKS LENLQESIVK MAMITAKVIG LVDPAGITQV RRLTAAQSGA FVP GRKQDI EFLQLEKSGD FTVAKNVSDT IEARLSYAFM LNSAVQRTGE RVTAEEIRYV ASELEDTLGG VYSILSQELQ LPLV RVLLK QLQATQQIPE LPKEAVEPTI STGLEAIGRG QDLDKLERCI AAWSALKALE GDDDLNLANL KLRIANAIGL DTAGM LLTQ EQKNALMAQQ GAQIATQQGA AALGQGMAAQ ATASPEAMAA AADSVGMQPG M

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分子 #2: phage tail tubular protein A

分子名称: phage tail tubular protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage Kp9 (ファージ)
分子量理論値: 21.374646 KDa
配列文字列: MNMQDAYFGS AAELDAVNEM LAAIGESPVT TLDEDGSADV ANARRILNRI NRQIQSKGWA FNINESATLT PDASTGLIPF RPAYLSILG GQYINRGGWV YDKSTGTDTF SGPITVTLIT LQDYDEMPEC FRQWIVTKAS RQFNSRFFGA EDVENSLAQE E MEARMACN ...文字列:
MNMQDAYFGS AAELDAVNEM LAAIGESPVT TLDEDGSADV ANARRILNRI NRQIQSKGWA FNINESATLT PDASTGLIPF RPAYLSILG GQYINRGGWV YDKSTGTDTF SGPITVTLIT LQDYDEMPEC FRQWIVTKAS RQFNSRFFGA EDVENSLAQE E MEARMACN EYEMDFGQYN MLDGDAYVQG LIGR

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分子 #3: phage tail tubular protein B

分子名称: phage tail tubular protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage Kp9 (ファージ)
分子量理論値: 89.081969 KDa
配列文字列: MALVSQSIKN LKGGISQQPE ILRYPEQGTL QVNGWSSETE GLQKRPPMVF IKSLGPRGYL GEDPYIHLIN RDEYEQYYAV FTGNDVRVF DLSGYEYQVR GDRSYVTVNN PKDNLRMVTV ADYTFIVNRT RQVRENQNRT NGGTFRDNVD AIINVRGGQY G RKLEVNIN ...文字列:
MALVSQSIKN LKGGISQQPE ILRYPEQGTL QVNGWSSETE GLQKRPPMVF IKSLGPRGYL GEDPYIHLIN RDEYEQYYAV FTGNDVRVF DLSGYEYQVR GDRSYVTVNN PKDNLRMVTV ADYTFIVNRT RQVRENQNRT NGGTFRDNVD AIINVRGGQY G RKLEVNIN GVWVSHQLPP GDNAKEDPPK VDAQAIAEAI ATLLRTAHPT WTFNVGTGFI HCIAPADTTI DILETKDGYA DQ LINPVTH YVQSFSKLPL NAPDGYMVKI VGDTSKTADQ YYVKYDKSQK VWKETVGWNI SVGLEYHTMP WTLVRAADGN FDL GYHEWK DRRAGDDDTN PQPSFVNSTI TDVFFFRNRL GFISGENIVM SRTSKYFEFY PPSVANYTDD DPLDVAVSHN RVSV LKYAV SFAEELLLWS DEAQFVLSAN GVLSAKTAQL DLTTQFDVSD RARPYGIGRN IYYASPRSSF TSIMRYYAVQ DVSSV KNAE DMTAHVPNYI PNGVYSINGS GTENFACVLT KGAPSKVFIY KFLYMDENIR QQSWSHWDFG DGVEVMAANC INSTMY MLM RNGYNVWIAA VDFKKESTDF PFEPYRFHVD AKRSYHISET AYDIETNQTV VNVKDIYGAS FAKGTVAICE SDGKITE YE PTGNSWDSTP DIRISGDVSG KNIVIGFLYD FQYVFSRFLI KQEQNDGTTS TEDSGRLQLR RAWVNYQNTG AFTVSVDN G SREFNYLVNA RVGSTGLRLG QKATTTGQYR FPVTGNALYQ KVSLSSFNAS PVSIIGCGWE GNYSRRANGI

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分子 #4: phage type I tail fiber

分子名称: phage type I tail fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage Kp9 (ファージ)
分子量理論値: 84.120445 KDa
配列文字列: MDQDIKTVIQ YPVGTTEFDI PFDYLSRKFV RVSLVSDDNR RLLSNITEYR YVSKTRVKLL VATTGFDRVE IRRFTSASER IVDFSDGSV LRANDLNVSQ LQSAHIAEEA RDAALLAMPE DDAGNLDARN RKIVRLAPGE AGTDAINKNQ LDTTLGEAGG I LSEVKDLQ ...文字列:
MDQDIKTVIQ YPVGTTEFDI PFDYLSRKFV RVSLVSDDNR RLLSNITEYR YVSKTRVKLL VATTGFDRVE IRRFTSASER IVDFSDGSV LRANDLNVSQ LQSAHIAEEA RDAALLAMPE DDAGNLDARN RKIVRLAPGE AGTDAINKNQ LDTTLGEAGG I LSEVKDLQ KDMEDYLQNW GDDTTAIRGV LWVYNQGSAV GGETSFVITK EGPVLAVPYI EINGSRQYRG WHYEYDLGSK TI TLAKPLS AGDLVVCTTA ETTLPLADSL AGPTGASQIG TANGLNVQIA LDNLRSGVNV LDFMTFAERA AVLNYTGTND NSE AFRKAF ATGSRQIIVP PGRYHVKDVE IPSKVKLFGT YSYKPYNVTS DASFGTDGTI IRKVAGADNM FLWNTACAAE GVMF DGRDR TSPAIQSKSG GKISVGFFKC GFYRFDRVGN RRGAYIGCSF QFCNFNQNNI GIYNTVDGNH IGCTINANKS HGVML ETGA NSNTFTNCRN EWNEGDNWNF YGATSIQVIN ELCDRAFGYG FRISNSSVTL INVNIRRSAR TAASGAASAQ IYFESS TLK MIGVNSSVGG DDTGGSITEP SPDYFFRMAG TSEGRLEISD SRLTGYTVGL ISGTARPSVI RVINSPGWED TINEGVA RI SGGRPYIGTM PTATGPANVS PAVLGLSCGG VNTYDNDMFD IHLTIRNTNN GGHNGAILTV LLYREGGAAR ATIVRVDS R SNAVGEGDVN STSADPQQVY QVSVEVTSND ASTFNLLVST KSDNSASYRF RAKVKP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 41926
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 63
得られたモデル

PDB-7y1c:
CryoEM structure of Klebsiella phage Kp9 tail complex applied with C6 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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