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- EMDB-31533: Cryo-EM structure of an alphavirus, Getah virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31533
タイトルCryo-EM structure of an alphavirus, Getah virus
マップデータ
試料
  • ウイルス: Getah virus (ゲタウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein 1
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein 2
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: STEARIC ACID
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Getah virus (ゲタウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Liu Z / Liu C / Wang A
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81870246 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82070329 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Structure of infective Getah virus at 2.8 Å resolution determined by cryo-electron microscopy.
著者: Aojie Wang / Feng Zhou / Congcong Liu / Dongsheng Gao / Ruxi Qi / Yiheng Yin / Sheng Liu / Yuanzhu Gao / Lutang Fu / Yinhe Xia / Yawei Xu / Chuanqing Wang / Zheng Liu /
要旨: Getah virus (GETV), a member of the genus alphavirus, is a mosquito-borne pathogen that can cause pyrexia and reproductive losses in animals. Although antibodies to GETV have been found in over 10% ...Getah virus (GETV), a member of the genus alphavirus, is a mosquito-borne pathogen that can cause pyrexia and reproductive losses in animals. Although antibodies to GETV have been found in over 10% of healthy people, there are no reports of clinical symptoms associated with GETV. The biological and pathological properties of GETV are largely unknown and antiviral or vaccine treatments against GETV are still unavailable due to a lack of knowledge of the structure of the GETV virion. Here, we present the structure of infective GETV at a resolution of 2.8 Å with the atomic models of the capsid protein and the envelope glycoproteins E1 and E2. We have identified numerous glycosylation and S-acylation sites in E1 and E2. The surface-exposed glycans indicate a possible impact on viral immune evasion and host cell invasion. The S-acylation sites might be involved in stabilizing the transmembrane assembly of E1 and E2. In addition, a cholesterol and a phospholipid molecule are observed in a transmembrane hydrophobic pocket, together with two more cholesterols surrounding the pocket. The cholesterol and phospholipid stabilize the hydrophobic pocket in the viral envelope membrane. The structural information will assist structure-based antiviral and vaccine screening, design, and optimization.
履歴
登録2021年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31533.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-32.610554 - 46.012245
平均 (標準偏差)4.1085538e-10 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 849.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Getah virus

全体名称: Getah virus (ゲタウイルス)
要素
  • ウイルス: Getah virus (ゲタウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein 1
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein 2
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: STEARIC ACID
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Getah virus

超分子名称: Getah virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 59300 / 生物種: Getah virus / Sci species strain: GETV-V1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Envelope glycoprotein 1

分子名称: Envelope glycoprotein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Getah virus (ゲタウイルス)
分子量理論値: 47.560648 KDa
配列文字列: YEHTATIPNV VGFPYKAHIE RNGFSPMTLQ LEVLGTSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPYI KCCGTSECRS MERPDYQCQV YTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQLSEAYVD RSDVCKHDHA AAYKAHTAAM KATIRISYGN LNQTTTAFVN GEHTVTVGGS R FTFGPIST ...文字列:
YEHTATIPNV VGFPYKAHIE RNGFSPMTLQ LEVLGTSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPYI KCCGTSECRS MERPDYQCQV YTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQLSEAYVD RSDVCKHDHA AAYKAHTAAM KATIRISYGN LNQTTTAFVN GEHTVTVGGS R FTFGPIST AWTPFDNKIV VYKNDVYNQD FPPYGSGQPG RFGDIQSRTV ESKDLYANTA LKLSRPSSGT VHVPYTQTPS GF KYWLKER GTSLNDKAPF GCVIKTNPVR AENCAVGNIP VSMDIPDTAF TRVIDAPAVT NLECQVAVCT HSSDFGGIAT LTF KTDKPG KCAVHSHSNV ATIQEAAVDI KTDGKITLHF STASASPAFK VSVCSAKTTC TAACEPPKDH IVPYGASHNN QVFP DMSGT AMTWVQRVAG GLGGLTLAAV AVLILVTCVT MRR

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分子 #2: Envelope glycoprotein 2

分子名称: Envelope glycoprotein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Getah virus (ゲタウイルス)
分子量理論値: 46.147492 KDa
配列文字列: SVTEHFNVYK ATKPYLAYCA DCGDGQFCYS PVAIEKIRDE ASDGMIKIQV AAQIGINKGG THEHNKIRYI AGHDMKEANR DSLQVYTSG VCAIRGTMGH FIVAYCPPGD ELKVQFQDAE SHTQACKVQY KHAPAPVGRE KFTVRPHFGI EVPCTTYQLT T APTEEEID ...文字列:
SVTEHFNVYK ATKPYLAYCA DCGDGQFCYS PVAIEKIRDE ASDGMIKIQV AAQIGINKGG THEHNKIRYI AGHDMKEANR DSLQVYTSG VCAIRGTMGH FIVAYCPPGD ELKVQFQDAE SHTQACKVQY KHAPAPVGRE KFTVRPHFGI EVPCTTYQLT T APTEEEID MHTPPDIPDI TLLSQQSGNV KITAGGKTIR YNCTCGSGNV GTTSSDKTIN SCKIAQCHAA VTNHDKWQYT SS FVPRADQ LSRKGKVHVP FPLTNSTCRV PVARAPGVTY GKRELTVKLH PDHPTLLTYR SLGADPRPYE EWIDRYVERT IPV TEDGIE YRWGNNPPVR LWAQLTTEGK PHGWPHEIIL YYYGLYPAAT IAAVSAAGLA VVLSLLASCY MFATARRKCL TPYA LTPGA VVPVTLGVLC CAPR

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分子 #3: capsid protein

分子名称: capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Getah virus (ゲタウイルス)
分子量理論値: 30.200117 KDa
配列文字列: MNYIPTQTFY GRRWRPRPAY RPWRVPMQPA PPMVIPELQT PIVQAQQMQQ LISAVSALTT KQNGKAPKKP KKKPQKAKAK KNEQQKKNE NKKPPPKQKN PAKKKKPGKR ERMCMKIEND CIFEVKLDGK VTGYACLVGD KVMKPAHVKG VIDNPDLAKL T YKKSSKYD ...文字列:
MNYIPTQTFY GRRWRPRPAY RPWRVPMQPA PPMVIPELQT PIVQAQQMQQ LISAVSALTT KQNGKAPKKP KKKPQKAKAK KNEQQKKNE NKKPPPKQKN PAKKKKPGKR ERMCMKIEND CIFEVKLDGK VTGYACLVGD KVMKPAHVKG VIDNPDLAKL T YKKSSKYD LECAQIPVHM KSDASKYTHE KPEGHYNWHH GAVQYSGGRF TIPTGAGKPG DSGRPIFDNK GRVVAIVLGG AN EGARTAL SVVTWTKDMV TRYTPEGTEE W

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

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分子 #9: STEARIC ACID

分子名称: STEARIC ACID / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: STE
分子量理論値: 284.477 Da
Chemical component information

ChemComp-STE:
STEARIC ACID / ステアリン酸

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分子 #10: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 12 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #11: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 12 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: NICKEL/TITANIUM / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00038 kPa
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16894 / 平均電子線量: 1.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 171059
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
ソフトウェア - 詳細: CTFFIND 4.1 was used to estimate CTF
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

31533

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 2041957
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3j0c

chain_id: D

3j0c

chain_id: E

3j0c

chain_id: F
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7fd2:
Cryo-EM structure of an alphavirus, Getah virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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