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万見
- EMDB-31494: Cryo-EM structure of the cholecystokinin receptor CCKBR in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31494
タイトルCryo-EM structure of the cholecystokinin receptor CCKBR in complex with gastrin-17 and Gq
マップデータCCKBR-Gq complex
試料
  • 複合体: Cholecystokinin recetor CCKBR in complex with gastrin-17 and Gq
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G subunits
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • 複合体: Gastrin-17
      • タンパク質・ペプチド: Gastrin-17
    • 複合体: cholecystokinin type B receptor
      • タンパク質・ペプチド: Gastrin/cholecystokinin type B receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


gastrin receptor activity / type B gastrin/cholecystokinin receptor binding / gland development / pH reduction / gastric acid secretion / cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / PLC beta mediated events ...gastrin receptor activity / type B gastrin/cholecystokinin receptor binding / gland development / pH reduction / gastric acid secretion / cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / PLC beta mediated events / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / regulation of platelet activation / phototransduction, visible light / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / entrainment of circadian clock / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / digestive tract development / glutamate receptor signaling pathway / regulation of canonical Wnt signaling pathway / action potential / peptide hormone binding / : / photoreceptor outer segment / Peptide ligand-binding receptors / GTPase activator activity / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of protein kinase activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / blood coagulation / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / nuclear membrane / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / protein stabilization / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / synapse / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / GTP binding / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gastrin receptor / Cholecystokinin receptor / G-protein alpha subunit, group Q / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. ...Gastrin receptor / Cholecystokinin receptor / G-protein alpha subunit, group Q / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Gastrin/cholecystokinin type B receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang X / He C / Wang M / Zhou Q / Yang D / Zhu Y / Wu B / Zhao Q
資金援助 中国, 10件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)21704064 中国
National Science Foundation (NSF, China)81773792 中国
National Science Foundation (NSF, China)81973373 中国
National Science Foundation (NSF, China)31800621 中国
National Science Foundation (NSF, China)31770796 中国
National Science Foundation (NSF, China)31971178 中国
National Science Foundation (NSF, China)81872915 中国
National Science Foundation (NSF, China)82073904 中国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
National Science Foundation (NSF, China)81525024 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the human cholecystokinin receptors bound to agonists and antagonists.
著者: Xuefeng Zhang / Chenglin He / Mu Wang / Qingtong Zhou / Dehua Yang / Ya Zhu / Wenbo Feng / Hui Zhang / Antao Dai / Xiaojing Chu / Jia Wang / Zhenlin Yang / Yi Jiang / Ulrich Sensfuss / ...著者: Xuefeng Zhang / Chenglin He / Mu Wang / Qingtong Zhou / Dehua Yang / Ya Zhu / Wenbo Feng / Hui Zhang / Antao Dai / Xiaojing Chu / Jia Wang / Zhenlin Yang / Yi Jiang / Ulrich Sensfuss / Qiuxiang Tan / Shuo Han / Steffen Reedtz-Runge / H Eric Xu / Suwen Zhao / Ming-Wei Wang / Beili Wu / Qiang Zhao /
要旨: Cholecystokinin receptors, CCKR and CCKR, are important neurointestinal peptide hormone receptors and play a vital role in food intake and appetite regulation. Here, we report three crystal ...Cholecystokinin receptors, CCKR and CCKR, are important neurointestinal peptide hormone receptors and play a vital role in food intake and appetite regulation. Here, we report three crystal structures of the human CCKR in complex with different ligands, including one peptide agonist and two small-molecule antagonists, as well as two cryo-electron microscopy structures of CCKR-gastrin in complex with G and G, respectively. These structures reveal the recognition pattern of different ligand types and the molecular basis of peptide selectivity in the cholecystokinin receptor family. By comparing receptor structures in different conformational states, a stepwise activation process of cholecystokinin receptors is proposed. Combined with pharmacological data, our results provide atomic details for differential ligand recognition and receptor activation mechanisms. These insights will facilitate the discovery of potential therapeutics targeting cholecystokinin receptors.
履歴
登録2021年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2022年2月16日-
現状2022年2月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0252
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0252
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7f8w
  • 表面レベル: 0.0252
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31494.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CCKBR-Gq complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0252 / ムービー #1: 0.0252
最小 - 最大-0.10836638 - 0.18023142
平均 (標準偏差)0.00023632786 (±0.0027967659)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 267.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0451.0451.045
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z267.520267.520267.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1080.1800.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cholecystokinin recetor CCKBR in complex with gastrin-17 and Gq

全体名称: Cholecystokinin recetor CCKBR in complex with gastrin-17 and Gq
要素
  • 複合体: Cholecystokinin recetor CCKBR in complex with gastrin-17 and Gq
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G subunits
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • 複合体: Gastrin-17
      • タンパク質・ペプチド: Gastrin-17
    • 複合体: cholecystokinin type B receptor
      • タンパク質・ペプチド: Gastrin/cholecystokinin type B receptor

+
超分子 #1: Cholecystokinin recetor CCKBR in complex with gastrin-17 and Gq

超分子名称: Cholecystokinin recetor CCKBR in complex with gastrin-17 and Gq
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)

+
超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G subunits

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G subunits / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)

+
超分子 #3: scFv16

超分子名称: scFv16 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Gastrin-17

超分子名称: Gastrin-17 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: cholecystokinin type B receptor

超分子名称: cholecystokinin type B receptor / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.353078 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLRRDKRDA RRELKLLLLG TGESGKSTFI KQMRIIHGSG YSDEDKRGFT KLVYQNIFTA MQAMIRAMD TLKIPYKYEH NKAHAQLVRE VDVEKVSAFE NPYVDAIKSL WNDPGIQECY DRRREYQLSD STKYYLNDLD R VADPAYLP ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLRRDKRDA RRELKLLLLG TGESGKSTFI KQMRIIHGSG YSDEDKRGFT KLVYQNIFTA MQAMIRAMD TLKIPYKYEH NKAHAQLVRE VDVEKVSAFE NPYVDAIKSL WNDPGIQECY DRRREYQLSD STKYYLNDLD R VADPAYLP TQQDVLRVRV PTTGIIEYPF DLQSVIFRMV DVGGQRSERR KWIHCFENVT SIMFLVALSE YDQVLVESDN EN RMEESKA LFRTIITYPW FQNSSVILFL NKKDLLEEKI MYSHLVDYFP EYDGPQRDAQ AAREFILKMF VDLNPDSDKI IYS HFTCAT DTENIRFVFA AVKDTILQLN LKEYNLV

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.744371 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI ...文字列:
MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AKLWDVREGM CRQTFTGHES DI NAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGYDDFNCNV WDALKADRAG VLA GHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWN

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

+
分子 #4: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.621141 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MVRTAVLILL LVRFSEPDVQ LVESGGGLVQ PGGSRKLSCS ASGFAFSSFG MHWVRQAPEK GLEWVAYISS GSGTIYYADT VKGRFTISR DDPKNTLFLQ MTSLRSEDTA MYYCVRSIYY YGSSPFDFWG QGTTLTVSSG GGGSGGGGSG GGGSDIVMTQ A TSSVPVTP ...文字列:
MVRTAVLILL LVRFSEPDVQ LVESGGGLVQ PGGSRKLSCS ASGFAFSSFG MHWVRQAPEK GLEWVAYISS GSGTIYYADT VKGRFTISR DDPKNTLFLQ MTSLRSEDTA MYYCVRSIYY YGSSPFDFWG QGTTLTVSSG GGGSGGGGSG GGGSDIVMTQ A TSSVPVTP GESVSISCRS SKSLLHSNGN TYLYWFLQRP GQSPQLLIYR MSNLASGVPD RFSGSGSGTA FTLTISRLEA ED VGVYYCM QHLEYPLTFG AGTKLELKAA A

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分子 #5: Gastrin-17

分子名称: Gastrin-17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.098203 KDa
配列文字列:
(PCA)GPWLEEEEE AYGWMD(NFA)

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分子 #6: Gastrin/cholecystokinin type B receptor

分子名称: Gastrin/cholecystokinin type B receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.524922 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: DYKDDDDGAP ELLKLNRSVQ GTGPGPGASL CRPGAPLLNS SSVGNLSCEP PRIRGAGTRE LELAIRITLY AVIFLMSVGG NMLIIVVLG LSRRLRTVTN AFLLSLAVSD LLLAVACMPF TLLPNLMGTF IFGTVICKAV SYLMGVSVSV STLSLVAIAL E RYSAICRP ...文字列:
DYKDDDDGAP ELLKLNRSVQ GTGPGPGASL CRPGAPLLNS SSVGNLSCEP PRIRGAGTRE LELAIRITLY AVIFLMSVGG NMLIIVVLG LSRRLRTVTN AFLLSLAVSD LLLAVACMPF TLLPNLMGTF IFGTVICKAV SYLMGVSVSV STLSLVAIAL E RYSAICRP LQARVWQTRS HAARVIVATW LLSGLLMVPY PVYTVVQPVG PRVLQCVHRW PSARVRQTWS VLLLLLLFFI PG VVMAVAY GLISRELYLG LRFDGDSDSD SQSRVRNQGG LPGAVHQNGR CRPETGAVGE DSDGCYVQLP RSRPALELTA LTA PGPGSG SRPTQAKLLA KKRVVRMLLV IVVLFFLCWL PVYSANTWRA FDGPGAHRAL SGAPISFIHL LSYASACVNP LVYC FMHRR FRQACLETCA RCCPRPPRAR PREFLEVLFQ GPWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.75 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 354647
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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