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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31236 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of LY354740-bound mGlu2 homodimer | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / behavioral response to nicotine / intracellular glutamate homeostasis / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate secretion / glutamate receptor activity ...regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / behavioral response to nicotine / intracellular glutamate homeostasis / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate secretion / glutamate receptor activity / regulation of glutamate secretion / long-term synaptic depression / regulation of dopamine secretion / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to cocaine / G protein-coupled receptor activity / presynaptic membrane / gene expression / G alpha (i) signalling events / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / axon / glutamatergic synapse / dendrite / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Du J / Wang D / Fan H / Tai L / Lin S / Han S / Sun F / Wu B / Zhao Q | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structures of human mGlu2 and mGlu7 homo- and heterodimers. 著者: Juan Du / Dejian Wang / Hongcheng Fan / Chanjuan Xu / Linhua Tai / Shuling Lin / Shuo Han / Qiuxiang Tan / Xinwei Wang / Tuo Xu / Hui Zhang / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Peng Liu / Xiaomei ...著者: Juan Du / Dejian Wang / Hongcheng Fan / Chanjuan Xu / Linhua Tai / Shuling Lin / Shuo Han / Qiuxiang Tan / Xinwei Wang / Tuo Xu / Hui Zhang / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Peng Liu / Xiaomei Wang / Yu Zhou / Jean-Philippe Pin / Philippe Rondard / Hong Liu / Jianfeng Liu / Fei Sun / Beili Wu / Qiang Zhao / 要旨: The metabotropic glutamate receptors (mGlus) are involved in the modulation of synaptic transmission and neuronal excitability in the central nervous system. These receptors probably exist as both ...The metabotropic glutamate receptors (mGlus) are involved in the modulation of synaptic transmission and neuronal excitability in the central nervous system. These receptors probably exist as both homo- and heterodimers that have unique pharmacological and functional properties. Here we report four cryo-electron microscopy structures of the human mGlu subtypes mGlu2 and mGlu7, including inactive mGlu2 and mGlu7 homodimers; mGlu2 homodimer bound to an agonist and a positive allosteric modulator; and inactive mGlu2-mGlu7 heterodimer. We observed a subtype-dependent dimerization mode for these mGlus, as a unique dimer interface that is mediated by helix IV (and that is important for limiting receptor activity) exists only in the inactive mGlu2 structure. The structures provide molecular details of the inter- and intra-subunit conformational changes that are required for receptor activation, which distinguish class C G-protein-coupled receptors from those in classes A and B. Furthermore, our structure and functional studies of the mGlu2-mGlu7 heterodimer suggest that the mGlu7 subunit has a dominant role in controlling dimeric association and G-protein activation in the heterodimer. These insights into mGlu homo- and heterodimers highlight the complex landscape of mGlu dimerization and activation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31236.map.gz | 73 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31236-v30.xml emd-31236.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31236.png | 83.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31236 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31236 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31236_validation.pdf.gz | 370.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31236_full_validation.pdf.gz | 369.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31236_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31236_validation.cif.gz | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31236 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31236 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31236.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : LY354740-bound mGlu2 homodimer
全体 | 名称: LY354740-bound mGlu2 homodimer |
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要素 |
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-超分子 #1: LY354740-bound mGlu2 homodimer
超分子 | 名称: LY354740-bound mGlu2 homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: mammal environmental sample (環境試料) |
-分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 2
分子 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 94.061445 KDa |
組換発現 | 生物種: mammal environmental sample (環境試料) |
配列 | 文字列: DYKDDDDGAP EGPAKKVLTL EGDLVLGGLF PVHQKGGPAE DCGPVNEHRG IQRLEAMLFA LDRINRDPHL LPGVRLGAHI LDSCSKDTH ALEQALDFVR ASLSRGADGS RHICPDGSYA THGDAPTAIT GVIGGSYSDV SIQVANLLRL FQIPQISYAS T SAKLSDKS ...文字列: DYKDDDDGAP EGPAKKVLTL EGDLVLGGLF PVHQKGGPAE DCGPVNEHRG IQRLEAMLFA LDRINRDPHL LPGVRLGAHI LDSCSKDTH ALEQALDFVR ASLSRGADGS RHICPDGSYA THGDAPTAIT GVIGGSYSDV SIQVANLLRL FQIPQISYAS T SAKLSDKS RYDYFARTVP PDFFQAKAMA EILRFFNWTY VSTVASEGDY GETGIEAFEL EARARNICVA TSEKVGRAMS RA AFEGVVR ALLQKPSARV AVLFTRSEDA RELLAASQRL NASFTWVASD GWGALESVVA GSEGAAEGAI TIELASYPIS DFA SYFQSL DPWNNSRNPW FREFWEQRFR CSFRQRDCAA HSLRAVPFEQ ESKIMFVVNA VYAMAHALHN MHRALCPNTT RLCD AMRPV NGRRLYKDFV LNVKFDAPFR PADTHNEVRF DRFGDGIGRY NIFTYLRAGS GRYRYQKVGY WAEGLTLDTS LIPWA SPSA GPLPASRCSE PCLQNEVKSV QPGEVCCWLC IPCQPYEYRL DEFTCADCGL GYWPNASLTG CFELPQEYIR WGDAWA VGP VTIACLGALA TLFVLGVFVR HNATPVVKAA GRELCYILLG GVFLCYCMTF IFIAKPSTAV CTLRRLGLGT AFSVCYS AL LTKTNRIARI FGGAREGAQR PRFISPASQV AICLALISGQ LLIVVAWLVV EAPGTGKETA PERREVVTLR CNHRDASM L GSLAYNVLLI ALCTLYAFKT RKCPENFNEA KFIGFTMYTT CIIWLAFLPI FYVTSSDYRV QTTTMCVSVS LSGSVVLGC LFAPKLHIIL FQPQKNVEFL EVLFQGPGSG SWSHPQFEKG SGSWSHPQFE K |
-分子 #2: Anti-RON nanobody
分子 | 名称: Anti-RON nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 15.207868 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGGG LVQAGGSLRL SCAASVRFFS INTMGWYRQA PGKQRELVAD ITSSGSTNYA DSGKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNRLKPED TAVYYCHADY KYTTHNTAWG QGTQVTVSSG RPLEVLFQGP HHHHHHHH |
-分子 #3: (1S,2S,5R,6S)-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic acid
分子 | 名称: (1S,2S,5R,6S)-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic acid タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: 40F |
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分子量 | 理論値: 185.177 Da |
Chemical component information | ChemComp-40F: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 1.75 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 365101 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |