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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31217 | |||||||||
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タイトル | The structure of ALC1 bound to the nucleosome | |||||||||
マップデータ | The structure of ALC1 bound to the nucleosome | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / histone reader activity / site of DNA damage / nucleosome binding / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / structural constituent of chromatin ...poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / histone reader activity / site of DNA damage / nucleosome binding / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / site of double-strand break / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen ZC / Chen KJ / Wang L | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of ALC1/CHD1L autoinhibition and the mechanism of activation by the nucleosome. 著者: Li Wang / Kangjing Chen / Zhucheng Chen / 要旨: Chromatin remodeler ALC1 (amplification in liver cancer 1) is crucial for repairing damaged DNA. It is autoinhibited and activated by nucleosomal epitopes. However, the mechanisms by which ALC1 is ...Chromatin remodeler ALC1 (amplification in liver cancer 1) is crucial for repairing damaged DNA. It is autoinhibited and activated by nucleosomal epitopes. However, the mechanisms by which ALC1 is regulated remain unclear. Here we report the crystal structure of human ALC1 and the cryoEM structure bound to the nucleosome. The structure shows the macro domain of ALC1 binds to lobe 2 of the ATPase motor, sequestering two elements for nucleosome recognition, explaining the autoinhibition mechanism of the enzyme. The H4 tail competes with the macro domain for lobe 2-binding, explaining the requirement for this nucleosomal epitope for ALC1 activation. A dual-arginine-anchor motif of ALC1 recognizes the acidic pocket of the nucleosome, which is critical for chromatin remodeling in vitro. Together, our findings illustrate the structures of ALC1 and shed light on its regulation mechanisms, paving the way for the discovery of drugs targeting ALC1 for the treatment of cancer. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31217.map.gz | 24.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31217-v30.xml emd-31217.xml | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31217.png | 121.4 KB | ||
マスクデータ | emd_31217_msk_1.map emd_31217_msk_2.map | 421.9 MB 421.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_31217_additional_1.map.gz emd_31217_additional_2.map.gz | 20.9 MB 8.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31217 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31217 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31217_validation.pdf.gz | 390.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31217_full_validation.pdf.gz | 389.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31217_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31217_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31217 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31217 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31217.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The structure of ALC1 bound to the nucleosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.54125 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_31217_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_31217_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The structure of ALC1 linker region bound to the nucleosome
ファイル | emd_31217_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The structure of ALC1 linker region bound to the nucleosome | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The structure of ALC1 motor domain
ファイル | emd_31217_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The structure of ALC1 motor domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : The structure of ALC1 bound to the nucleosome
+超分子 #1: The structure of ALC1 bound to the nucleosome
+超分子 #2: ALC1
+超分子 #3: Histone
+超分子 #4: DNA
+分子 #1: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like
+分子 #2: Histone H3.2
+分子 #3: Histone H4
+分子 #4: Histone H2A type 1
+分子 #5: Histone H2B 1.1
+分子 #6: DNA (167-MER)
+分子 #7: DNA (167-MER)
+分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #9: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 586673 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |