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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31137 | |||||||||
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タイトル | The structure of SWI/SNF-nucleosome complex | |||||||||
マップデータ | The structure of SWI/SNF-nucleosome complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / Platelet degranulation / HDACs deacetylate histones ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / Platelet degranulation / HDACs deacetylate histones / DNA strand invasion / rDNA binding / DNA translocase activity / RSC-type complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / SWI/SNF complex / nucleosome disassembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / nuclear chromosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / NuA4 histone acetyltransferase complex / ATP-dependent activity, acting on DNA / nucleosomal DNA binding / maturation of LSU-rRNA / cellular response to amino acid starvation / chromosome segregation / helicase activity / nucleotide-excision repair / transcription elongation by RNA polymerase II / lysine-acetylated histone binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-strand break repair via homologous recombination / chromatin DNA binding / DNA-templated DNA replication / structural constituent of chromatin / nucleosome / double-strand break repair / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen ZC / Chen KJ / He ZY / Ye YP | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Structure of the SWI/SNF complex bound to the nucleosome and insights into the functional modularity. 著者: Zhenyu He / Kangjing Chen / Youpi Ye / Zhucheng Chen / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31137.map.gz | 2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31137-v30.xml emd-31137.xml | 36.9 KB 36.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31137.png | 82.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31137 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31137 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31137_validation.pdf.gz | 311 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31137_full_validation.pdf.gz | 310.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31137_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31137_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31137 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31137 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The structure of SWI/SNF-nucleosome complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.1484 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : The structure of SWI/SNF chromatin remodeler complex
+超分子 #1: The structure of SWI/SNF chromatin remodeler complex
+超分子 #2: SWI/SNF
+超分子 #3: Histone
+超分子 #4: DNA
+分子 #1: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1
+分子 #2: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
+分子 #3: SWI/SNF complex subunit SWI3
+分子 #4: Transcription regulatory protein SNF12
+分子 #5: Transcription regulatory protein SNF6
+分子 #6: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
+分子 #7: Transcription regulatory protein SNF2
+分子 #8: Regulator of Ty1 transposition protein 102
+分子 #9: Actin-related protein 7
+分子 #10: Actin-like protein ARP9
+分子 #11: Histone H3.2
+分子 #12: Histone H4
+分子 #13: Histone H2A
+分子 #14: Histone H2B 1.1
+分子 #15: DNA (239-MER)
+分子 #16: DNA (239-MER)
+分子 #17: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #18: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
+分子 #19: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 229461 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |