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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31088 | ||||||||||||
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タイトル | LptB2FG-LPS from Klebsiella pneumoniae in nanodiscs | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein / ABC transporter | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipopolysaccharide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae 1158 (肺炎桿菌) / Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Luo QS / Shi HG / Huang YH | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of LptBFG and LptBFGC from Klebsiella pneumoniae in complex with lipopolysaccharide. 著者: Qingshan Luo / Huigang Shi / Xueqing Xu / 要旨: Lipopolysaccharide (LPS) is an essential component of the outer membrane (OM) in most Gram-negative bacteria. LPS transport from the inner membrane (IM) to the OM is achieved by seven ...Lipopolysaccharide (LPS) is an essential component of the outer membrane (OM) in most Gram-negative bacteria. LPS transport from the inner membrane (IM) to the OM is achieved by seven lipopolysaccharide transport proteins (LptA-G). LptBFG, an type VI ATP-binding cassette (ABC) transporter, forms a stable complex with LptC, extracts LPS from the IM and powers LPS transport to the OM. Here we report the cryo-EM structures of LptBFG and LptBFGC from Klebsiella pneumoniae in complex with LPS. The KpLptBFG-LPS structure provides detailed interactions between LPS and the transporter, while the KpLptBFGC-LPS structure may represent an intermediate state that the transmembrane helix of LptC has not been fully inserted into the transmembrane domains of LptBFG. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31088.map.gz | 14 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31088-v30.xml emd-31088.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31088_fsc.xml | 6.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31088.png | 106.1 KB | ||
マスクデータ | emd_31088_msk_1.map | 27 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-31088.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31088 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31088 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31088_validation.pdf.gz | 583.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31088_full_validation.pdf.gz | 582.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31088_validation.xml.gz | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31088_validation.cif.gz | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31088 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31088 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_31088_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : LptB2FG from Klebsiella pneumoniae with bound LPS
全体 | 名称: LptB2FG from Klebsiella pneumoniae with bound LPS |
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要素 |
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-超分子 #1: LptB2FG from Klebsiella pneumoniae with bound LPS
超分子 | 名称: LptB2FG from Klebsiella pneumoniae with bound LPS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae 1158 (肺炎桿菌) |
-分子 #1: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
分子 | 名称: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 26.879768 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MATLTAKNLA KAYKGRRVVE DVSLTVNSGE IVGLLGPNGA GKTTTFYMVV GIVPRDAGNI IIDDEDISLL PLHARARRGI GYLPQEASI FRRLSVYDNL MAVLQIRDDL TSEQREDRAK ELMEEFHIEH LRDSLGQALS GGERRRVEIA RALAANPKFI L LDEPFAGV ...文字列: MATLTAKNLA KAYKGRRVVE DVSLTVNSGE IVGLLGPNGA GKTTTFYMVV GIVPRDAGNI IIDDEDISLL PLHARARRGI GYLPQEASI FRRLSVYDNL MAVLQIRDDL TSEQREDRAK ELMEEFHIEH LRDSLGQALS GGERRRVEIA RALAANPKFI L LDEPFAGV DPISVIDIKR IIEHLRDSGL GVLITDHNVR ETLAVCERAY IVSQGHLIAH GTPQQILEDE QVKRVYLGED FR L UniProtKB: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB |
-分子 #2: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
分子 | 名称: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 40.431551 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIIIRYLVRE TLKSQLAILF ILLLIFFCQK LVRILGAAVD GDIPTNLVLS LLGLGIPEMA QLILPLSLFL GLLMTLGKLY TESEITVMH ACGLSKAVLI KAAMILALFT GAVAAVNVMW AGPWSSRHQD EVLAEAKANP GMAALAQGQF QQASDGNAVM F IESVNGNR ...文字列: MIIIRYLVRE TLKSQLAILF ILLLIFFCQK LVRILGAAVD GDIPTNLVLS LLGLGIPEMA QLILPLSLFL GLLMTLGKLY TESEITVMH ACGLSKAVLI KAAMILALFT GAVAAVNVMW AGPWSSRHQD EVLAEAKANP GMAALAQGQF QQASDGNAVM F IESVNGNR FHDVFLAQLR PKGNARPSVV VADSGELSQQ KDGSQVVTLN KGTRFEGTAM LRDFRITDFN NYQAIIGHQA VS ADPDDTE QMDMRTLWKT HTDRARAELH WRFTLVATVF IMALMVVPLS VVNPRQGRVL SMLPAMLLYL VFFLLQTSIK SNG GKGKMD PAIWMWAINL LYFALAVLLN LWDTVPMRRF RARFNKGAA UniProtKB: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF |
-分子 #3: LPS export ABC transporter permease LptG
分子 | 名称: LPS export ABC transporter permease LptG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 39.662438 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQAFGVLDRY IGKTIFNTIM MTLFMLVSLS GIIKFVDQLK KSGQGSYDAL GAGLYTILSV PKDIQIFFPM AALLGALLGL GMLAQRSEL VVMQASGFTR LQVALAVMKT AIPLVLLTMA IGEWVAPQGE QMARNYRAQQ MYGGSLLSTQ QGLWAKDGHN F VYIERVKG ...文字列: MQAFGVLDRY IGKTIFNTIM MTLFMLVSLS GIIKFVDQLK KSGQGSYDAL GAGLYTILSV PKDIQIFFPM AALLGALLGL GMLAQRSEL VVMQASGFTR LQVALAVMKT AIPLVLLTMA IGEWVAPQGE QMARNYRAQQ MYGGSLLSTQ QGLWAKDGHN F VYIERVKG NDELGGVSIY AFNPERRLQS VRYAASAKFD SENKVWRLSQ VDESDLTDPK QVTGSQMVSG TWKTNLTPDK LG VVALDPD ALSISGLHNY VKYLKSSGQD PGRYQLNMWS KIFQPLSVAV MMLMALSFIF GPLRSVPMGV RVVTGISFGF IFY VLDQIF GPLTLVYGIP PIIGALLPSA SFFLISLWLM MRKA UniProtKB: Permease |
-分子 #4: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(...
分子 | 名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl) ...名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanyl-ethyl]-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: JSG |
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分子量 | 理論値: 2.975178 KDa |
Chemical component information | ChemComp-JSG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |