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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31084 | |||||||||
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タイトル | 1.77 A cryo-EM structure of Streptavidin using first 40 frames (corresponding to about 40 e/A^2 total dose) | |||||||||
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![]() | STREPTAVIDIN / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.77 Å | |||||||||
![]() | Hiraizumi M / Yamashita K / Nishizawa T / Kotecha A / Nureki O | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: 1.77 A cryo-EM structure of Streptavidin using first 40 frames (corresponding to about 40e/A^2 total dose) 著者: Hiraizumi M | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 180.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 12.9 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 11.1 MB 11.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 810.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 809.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.74034 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31084_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31084_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Streptavidin
全体 | 名称: Streptavidin |
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要素 |
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-超分子 #1: Streptavidin
超分子 | 名称: Streptavidin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Streptavidin
分子 | 名称: Streptavidin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.849672 KDa |
配列 | 文字列: MRKIVVAAIA VSLTTVSITA SASADPSKDS KAQVSAAEAG ITGTWYNQLG STFIVTAGAD GALTGTYESA VGNAESRYVL TGRYDSAPA TDGSGTALGW TVAWKNNYRN AHSATTWSGQ YVGGAEARIN TQWLLTSGTT EANAWKSTLV GHDTFTKVKP S AASIDAAK KAGVNNGNPL DAVQQ UniProtKB: Streptavidin |
-分子 #2: BIOTIN
分子 | 名称: BIOTIN / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: BTN |
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分子量 | 理論値: 244.311 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-BTN: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 39 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4053 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: RECIPROCAL | ||||||
得られたモデル | ![]() PDB-7efd: |