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- EMDB-30656: Structure of RC-LH1-PufX from Rhodobacter veldkampii -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30656
タイトルStructure of RC-LH1-PufX from Rhodobacter veldkampii
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosynthetic core complex featuring reaction center, LH1 and PufX
    • タンパク質・ペプチド: x 4種
  • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 6種
キーワードmembrane protein / light-harvesting / reaction center / pufx / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex ...Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Antenna pigment protein beta chain / Reaction center protein M chain / Uncharacterized protein / Photosynthetic reaction center subunit H / Antenna pigment protein alpha chain / Photosynthetic reaction center L subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Bracun L / Yamagata A
資金援助 英国, 日本, 5件
OrganizationGrant number国
Royal Society180030 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)R003890 英国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101082 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101115 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP 19H03162 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the photosynthetic RC-LH1-PufX supercomplex at 2.8-Å resolution.
著者: Laura Bracun / Atsushi Yamagata / Bern M Christianson / Tohru Terada / Daniel P Canniffe / Mikako Shirouzu / Lu-Ning Liu /
要旨: The reaction center (RC)-light-harvesting complex 1 (LH1) supercomplex plays a pivotal role in bacterial photosynthesis. Many RC-LH1 complexes integrate an additional protein PufX that is key for ...The reaction center (RC)-light-harvesting complex 1 (LH1) supercomplex plays a pivotal role in bacterial photosynthesis. Many RC-LH1 complexes integrate an additional protein PufX that is key for bacterial growth and photosynthetic competence. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of the RC-LH1-PufX supercomplex from at 2.8-Å resolution. The RC-LH1-PufX monomer contains an LH ring of 15 αβ-polypeptides with a 30-Å gap formed by PufX. PufX acts as a molecular "cross brace" to reinforce the RC-LH1 structure. The unusual PufX-mediated large opening in the LH1 ring and defined arrangement of proteins and cofactors provide the molecular basis for the assembly of a robust RC-LH1-PufX supercomplex and efficient quinone transport and electron transfer. These architectural features represent the natural strategies for anoxygenic photosynthesis and environmental adaptation.
履歴
登録2020年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月30日-
マップ公開2021年6月30日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0157
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0157
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ddq
  • 表面レベル: 0.0157
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30656.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30656.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0157 / ムービー #1: 0.0157
最小 - 最大-0.027969923 - 0.06194027
平均 (標準偏差)0.00032288628 (±0.0032009531)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 215.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z215.800215.800215.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ220220220
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean-0.0280.0620.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_30656_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosynthetic core complex featuring reaction center, LH1 and PufX

全体名称: Photosynthetic core complex featuring reaction center, LH1 and PufX
要素
  • 複合体: Photosynthetic core complex featuring reaction center, LH1 and PufX
    • タンパク質・ペプチド: PufX
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center L subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center subunit H
  • タンパク質・ペプチド: Antenna pigment protein alpha chain
  • タンパク質・ペプチド: Antenna pigment protein beta chain
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPHEROIDENE
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

+
超分子 #1: Photosynthetic core complex featuring reaction center, LH1 and PufX

超分子名称: Photosynthetic core complex featuring reaction center, LH1 and PufX
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#6
由来(天然)生物種: Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)

+
分子 #1: Antenna pigment protein alpha chain

分子名称: Antenna pigment protein alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
分子量理論値: 6.699024 KDa
配列文字列:
MSKFYKIWLI FDPRRVFVAQ GVFLFLLAVM IHLMLLSNPG FNWLDISGVK YERVAAE

UniProtKB: Antenna pigment protein alpha chain

+
分子 #2: Antenna pigment protein beta chain

分子名称: Antenna pigment protein beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
分子量理論値: 5.551439 KDa
配列文字列:
MADKDLSFTG LTDQQAQELH SVYLQGMWLF ISVAIVAHLA VFIWRPWL

UniProtKB: Antenna pigment protein beta chain

+
分子 #3: PufX

分子名称: PufX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
分子量理論値: 8.923259 KDa
配列文字列:
MAEKHYLDGA TKVGMATMGA AAMGKGMGIT AVVFFGTVFF VVALAFIGQF LPDRSREAPY PNTIFQVNDI DGTVDGKYTR FAN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: Photosynthetic reaction center L subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center L subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
分子量理論値: 30.896777 KDa
配列文字列: MALLSFERKY RVPGGTLIGG NLFDFWVGPF YVGFFGVTSV FFAALGTLMI LWGASLGDTW NPLLISINPP PLEYGLGAAP LREGGIWQV VTLCAIGAFV SWAMREVEIC RKLGIGLHIP FAFSFAIFAY ITLVVIRPAL MGAWGHGFQY GVFTHLEWVN N VGYQYGNF ...文字列:
MALLSFERKY RVPGGTLIGG NLFDFWVGPF YVGFFGVTSV FFAALGTLMI LWGASLGDTW NPLLISINPP PLEYGLGAAP LREGGIWQV VTLCAIGAFV SWAMREVEIC RKLGIGLHIP FAFSFAIFAY ITLVVIRPAL MGAWGHGFQY GVFTHLEWVN N VGYQYGNF HYNPLHMLGI SLFFTTTLAL GLHGALILSA ANPETGKEMR TPDHEDTFFR DLVGYSVGTL GIHRLGLLLA LN AAFWSAM CILASGTVWF DQWVFWWDWW YNLPFWADL

UniProtKB: Photosynthetic reaction center L subunit

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分子 #5: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
分子量理論値: 34.425746 KDa
配列文字列: MAEYQNIFTQ VQVAGKPELG MVEGVNLENR TTGTTNWPIL GWFGNAQLGP IYLGTLGTMS LIFGAFWFFL VGVSFIIQAD YSPALFLRE LFRAGLFPPA PEYGLSLSAP LMEGGLWLIA SFFLMLSVLL WWARTYKRAA DLGMGKHTAW AFAGALWLMF V LSFFRPIL ...文字列:
MAEYQNIFTQ VQVAGKPELG MVEGVNLENR TTGTTNWPIL GWFGNAQLGP IYLGTLGTMS LIFGAFWFFL VGVSFIIQAD YSPALFLRE LFRAGLFPPA PEYGLSLSAP LMEGGLWLIA SFFLMLSVLL WWARTYKRAA DLGMGKHTAW AFAGALWLMF V LSFFRPIL MGSWSEAVPY GIFPHLDWTN NFSLTHGNLF YNPFHGLSIA FLYGSTMLFA MHGATILAVS RLGGERELEQ IV DRGTAAE RAALFWRWTM GFNATMEGIH RWGWWFAVLT PVTGGIGILL SGTVVEDWSV WAQVHGYKAL N

UniProtKB: Reaction center protein M chain

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分子 #6: Photosynthetic reaction center subunit H

分子名称: Photosynthetic reaction center subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
分子量理論値: 27.445557 KDa
配列文字列: MVGVNFFGDF DLASLAIWSF WLFFALLVYY LQTENMREGY PLENEDGGPA VNQGPFPLPS QKTFKLPHGR GEVTVPDYKK EARDVALAR TAVNDGFPHA PTGNPMLDGV GPASWAPRRD IPELDGHGHA KVVPMSVASA FFVSAGRDPR GLPVIANDMK T VGTVTEMW ...文字列:
MVGVNFFGDF DLASLAIWSF WLFFALLVYY LQTENMREGY PLENEDGGPA VNQGPFPLPS QKTFKLPHGR GEVTVPDYKK EARDVALAR TAVNDGFPHA PTGNPMLDGV GPASWAPRRD IPELDGHGHA KVVPMSVASA FFVSAGRDPR GLPVIANDMK T VGTVTEMW VDVAEHMVRY LEVDLASGGK CLVPMTMAII KKHAVVVQSI SSAAFASVPQ TKSMTEISML EEEKICAYFA GG TMYCADA KPKLF

UniProtKB: Photosynthetic reaction center subunit H

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分子 #7: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 34 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #8: SPHEROIDENE

分子名称: SPHEROIDENE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 15 / 式: SPO
分子量理論値: 568.914 Da
Chemical component information

ChemComp-7OT:
SPHEROIDENE / スフェロイデン

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分子 #9: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 6 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

+
分子 #10: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #11: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #12: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 184921
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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