+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30408 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | E30 E-particle in complex with 6C5 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Echovirus E30 (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang K / Zhu F / Rao Z / Wang X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Serotype specific epitopes identified by neutralizing antibodies underpin immunogenic differences in Enterovirus B. 著者: Kang Wang / Binyang Zheng / Li Zhang / Lunbiao Cui / Xuan Su / Qian Zhang / Zhenxi Guo / Yu Guo / Wei Zhang / Ling Zhu / Fengcai Zhu / Zihe Rao / Xiangxi Wang / 要旨: Echovirus 30 (E30), a serotype of Enterovirus B (EV-B), recently emerged as a major causative agent of aseptic meningitis worldwide. E30 is particularly devastating in the neonatal population and ...Echovirus 30 (E30), a serotype of Enterovirus B (EV-B), recently emerged as a major causative agent of aseptic meningitis worldwide. E30 is particularly devastating in the neonatal population and currently no vaccine or antiviral therapy is available. Here we characterize two highly potent E30-specific monoclonal antibodies, 6C5 and 4B10, which efficiently block binding of the virus to its attachment receptor CD55 and uncoating receptor FcRn. Combinations of 6C5 and 4B10 augment the sum of their individual anti-viral activities. High-resolution structures of E30-6C5-Fab and E30-4B10-Fab define the location and nature of epitopes targeted by the antibodies. 6C5 and 4B10 engage the capsid loci at the north rim of the canyon and in-canyon, respectively. Notably, these regions exhibit antigenic variability across EV-Bs, highlighting challenges in development of broad-spectrum antibodies. Our structures of these neutralizing antibodies of E30 are instructive for development of vaccines and therapeutics against EV-B infections. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30408.map.gz | 166.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30408-v30.xml emd-30408.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30408.png | 83 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30408 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30408 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30408_validation.pdf.gz | 640.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_30408_full_validation.pdf.gz | 640.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30408_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30408_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30408 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30408 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Echovirus E30 in complex with 6C5
全体 | 名称: Echovirus E30 in complex with 6C5 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Echovirus E30 in complex with 6C5
超分子 | 名称: Echovirus E30 in complex with 6C5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: The complex is obtained by mixing E30 with 6C5 |
---|
-超分子 #2: E30
超分子 | 名称: E30 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: E30 particles purified from the cells inoculated with live E30 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Echovirus E30 (ウイルス) |
-超分子 #3: 6C5-Fab
超分子 | 名称: 6C5-Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Echovirus E30 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 33.091008 KDa |
配列 | 文字列: NDPESALNRA VGRVADTVAS GPVNTEQIPA LTAVETGHTS QVVPSDTMQT RHVINYHTRS ESSIENFMGR AACVYIAQYA TEKVNDELD RYTNWEITTR QVAQLRRKLE MFTYMRFDLE ITFVITSSQR TSTTYASDSP PLTHQVMYVP PGGPIPKSYE D FAWQTSTN ...文字列: NDPESALNRA VGRVADTVAS GPVNTEQIPA LTAVETGHTS QVVPSDTMQT RHVINYHTRS ESSIENFMGR AACVYIAQYA TEKVNDELD RYTNWEITTR QVAQLRRKLE MFTYMRFDLE ITFVITSSQR TSTTYASDSP PLTHQVMYVP PGGPIPKSYE D FAWQTSTN PSVFWTEGNA PPRMSIPFMS VGNAYCNFYD GWSHFSQSGV YGYTTLNNMG HLYFRHVNKS TAYPVNSVAR VY FKPKHVK AWVPRAPRLC PYLKARNVNF NVQGVTESRN KITLDRSTHN PLANT |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Echovirus E30 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 36.428777 KDa |
配列 | 文字列: MGAQVSTQKT GAHETGLNAS GNSIIHYTNI NYYKDSASNS LNRQDFTQDP SKFTEPVKDV MIKTLPALNS PTVEECGYSD RVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPT YLSDHEATAV DQPTQPDVAT CRFYTLESVK WESSSAGWWW KFPEALSDMG L FGQNMQYH ...文字列: MGAQVSTQKT GAHETGLNAS GNSIIHYTNI NYYKDSASNS LNRQDFTQDP SKFTEPVKDV MIKTLPALNS PTVEECGYSD RVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPT YLSDHEATAV DQPTQPDVAT CRFYTLESVK WESSSAGWWW KFPEALSDMG L FGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGAATTDH AFNHTKLSNI GQAMEFSAKK STDQTGPQTA VH NAGMGVA VGNLTIFPHQ WINLRTNNSA TIVMPYINSV PMDNMYRHYN FTLMVIPFAK LEHSPQASTY VPITVTVAPM CAE YNGLRL AGHQ |
-分子 #3: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Echovirus E30 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.157531 KDa |
配列 | 文字列: GLPTMNTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEIQIPGQV RNLMEIAEVD SVVPVNNTEG HVNSMEAYRI PVRPQTSSGE QVFGFQLQP GHDSVLKHTL LGEILNYYAN WSGSMKLTFM YCGAAMATGK FLIAYSPPGA GVPGSRRDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV ...文字列: GLPTMNTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEIQIPGQV RNLMEIAEVD SVVPVNNTEG HVNSMEAYRI PVRPQTSSGE QVFGFQLQP GHDSVLKHTL LGEILNYYAN WSGSMKLTFM YCGAAMATGK FLIAYSPPGA GVPGSRRDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV PWISQTNYRY VTSDAYTDAG YITCWYQTSI VTPPDIPTTS TILCFVSACN DFSVRLLRDT PFITQQALFQ |
-分子 #4: Heavy chain
分子 | 名称: Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mouse (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.332088 KDa |
配列 | 文字列: QVQLQQSGSE LVRPGASVKL SCRASGYTFT TYWMHWVKQR PGQGLEWIGN IYPHSGNTNY DERFKSKATL TVDTSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCTRD LRGFAYWGQG TTVTVSSPKT TPPSVYPLAP AAASTAASMV TLGCLVKGYF PEPVTVTWNS G SLSSGVHT ...文字列: QVQLQQSGSE LVRPGASVKL SCRASGYTFT TYWMHWVKQR PGQGLEWIGN IYPHSGNTNY DERFKSKATL TVDTSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCTRD LRGFAYWGQG TTVTVSSPKT TPPSVYPLAP AAASTAASMV TLGCLVKGYF PEPVTVTWNS G SLSSGVHT FPAVLQSDLY TLSSSVTVPS STWPSETVTC NVAHPASSTK VDKKIVPR |
-分子 #5: Light chain
分子 | 名称: Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mouse (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.490846 KDa |
配列 | 文字列: DIELTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSLR YMHWYQQKSG TSPKRWIYDT YNLASGVPVR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ WSSNPPTFGA GTKLELKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列: DIELTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSLR YMHWYQQKSG TSPKRWIYDT YNLASGVPVR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ WSSNPPTFGA GTKLELKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 2120 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-7cmk: |