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- EMDB-1870: Three-Dimensional Reconstruction of Heterocapsa circularisquama R... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1870
タイトルThree-Dimensional Reconstruction of Heterocapsa circularisquama RNA Virus (HcRNAV-109) by Cryo-Electron Microscopy
マップデータHeterocapsa circularisquama ss RNA Virus (HcRNAV-109)
試料
  • 試料: Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV-109)
  • ウイルス: Heterocapsa circularisquama RNA virus (ウイルス)
  • RNA: Singe Stranded RNA
キーワードMarine Virus / single-stranded RNA Virus / handedness determination / Alvernaviridae / Dinornavirus
生物種Heterocapsa circularisquama (真核生物) / Heterocapsa circularisquama RNA virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Miller JL / Woodward JD / Chen S / Jaffer MA / Weber BW / Nagasaki K / Tomaru Y / Wepf R / Roseman A / Sewell BT / Varsani A
引用ジャーナル: J Gen Virol / 年: 2011
タイトル: Three-dimensional reconstruction of Heterocapsa circularisquama RNA virus by electron cryo-microscopy.
著者: Jennifer L Miller / Jeremy Woodward / Shaoxia Chen / Mohammed Jaffer / Brandon Weber / Keizo Nagasaki / Yuji Tomaru / Roger Wepf / Alan Roseman / Arvind Varsani / Trevor Sewell /
要旨: Heterocapsa circularisquama RNA virus is a non-enveloped icosahedral ssRNA virus infectious to the harmful bloom-forming dinoflagellate, H. circularisquama, and which is assumed to be the major ...Heterocapsa circularisquama RNA virus is a non-enveloped icosahedral ssRNA virus infectious to the harmful bloom-forming dinoflagellate, H. circularisquama, and which is assumed to be the major natural agent controlling the host population. The viral capsid is constructed from a single gene product. Electron cryo-microscopy revealed that the virus has a diameter of 34 nm and T = 3 symmetry. The 180 quasi-equivalent monomers have an unusual arrangement in that each monomer contributes to a 'bump' on the surface of the protein. Though the capsid protein probably has the classic 'jelly roll' β-sandwich fold, this is a new packing arrangement and is distantly related to the other positive-sense ssRNA virus capsid proteins. The handedness of the structure has been determined by a novel method involving high resolution scanning electron microscopy of the negatively stained viruses and secondary electron detection.
履歴
登録2011年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年6月23日-
マップ公開2011年6月23日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1870.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Heterocapsa circularisquama ss RNA Virus (HcRNAV-109)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.62 Å/pix.
x 200 pix.
= 723.2 Å		3.62 Å/pix.
x 200 pix.
= 723.2 Å		3.62 Å/pix.
x 200 pix.
= 723.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.616 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.0394518 - 0.0778067
平均 (標準偏差)-0.000481025 (±0.00622063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 723.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.6163.6163.616
M x/y/z200200200
origin x/y/z-0.000-0.000-0.000
length x/y/z723.200723.200723.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-160-160-159
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0390.078-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV-109)

全体名称: Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV-109)
要素
  • 試料: Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV-109)
  • ウイルス: Heterocapsa circularisquama RNA virus (ウイルス)
  • RNA: Singe Stranded RNA

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超分子 #1000: Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV-109)

超分子名称: Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV-109) / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: T equals 3
集合状態: Virus particle containing 180 identical protein subunits and one single-stranded RNA molecule
Number unique components: 2

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超分子 #1: Heterocapsa circularisquama RNA virus

超分子名称: Heterocapsa circularisquama RNA virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HcRNAV-109 / NCBI-ID: 331975 / 生物種: Heterocapsa circularisquama RNA virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: HcRNAV-109
宿主生物種: Heterocapsa circularisquama (真核生物) / 別称: ALGAE
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 340 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Singe Stranded RNA

分子名称: Singe Stranded RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: Singe Stranded RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Heterocapsa circularisquama (真核生物)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM Na2HPO4 and 10 mM KH2PO4 in distilled water
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo in ice
グリッド詳細: 300 mesh copper R2/2 Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home-made plunger
手法: Blot 3 seconds, re-apply virus, blot 2 seconds. plunge

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.808 µm / 実像数: 108 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 55299.5 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry cryo holder Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The concentration of virus in the sample was very low
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC, EMAN, SPIDER
詳細: We used two different starting models for refinement - one generated by EMAN starticos and one generated by applying the orientations determined by MRC refine
使用した粒子像数: 2593
最終 角度割当詳細: SPIDER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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