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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30406 | |||||||||||||||
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タイトル | The LAT2-4F2hc complex in complex with tryptophan | |||||||||||||||
マップデータ | cryo EM map of the LAT2-4F2hc complex in complex Tryptophan | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / L-amino acid transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / amino acid transmembrane transport / organic cation transmembrane transporter activity / glycine transport / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / tyrosine transport ...proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / L-amino acid transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / amino acid transmembrane transport / organic cation transmembrane transporter activity / glycine transport / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / tyrosine transport / L-histidine transport / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / methionine transport / apical pole of neuron / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / isoleucine transport / L-alanine transmembrane transporter activity / L-leucine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / phenylalanine transport / valine transport / L-leucine transport / calcium:sodium antiporter activity / thyroid hormone transport / proline transport / neutral amino acid transport / toxin transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / antiporter activity / anchoring junction / Basigin interactions / microvillus membrane / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / transport across blood-brain barrier / tryptophan transport / basal plasma membrane / peptide antigen binding / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / melanosome / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Yan RH / Zhou JY / Li YN / Lei JL / Zhou Q | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020 タイトル: Structural insight into the substrate recognition and transport mechanism of the human LAT2-4F2hc complex. 著者: Renhong Yan / Jiayao Zhou / Yaning Li / Jianlin Lei / Qiang Zhou / | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30406.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30406-v30.xml emd-30406.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30406.png | 39.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30406 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30406_validation.pdf.gz | 461.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30406_full_validation.pdf.gz | 460.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30406_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30406_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30406 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo EM map of the LAT2-4F2hc complex in complex Tryptophan | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The LAT2-4F2hc complex in complex with leucine
全体 | 名称: The LAT2-4F2hc complex in complex with leucine |
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要素 |
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-超分子 #1: The LAT2-4F2hc complex in complex with leucine
超分子 | 名称: The LAT2-4F2hc complex in complex with leucine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 実験値: 100 KDa |
-分子 #1: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
分子 | 名称: 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 70.160828 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA ...文字列: MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA EAAAAAKFTG LSKEELLKVA GSPGWVRTRW ALLLLFWLGW LGMLAGAVVI IVRAPRCREL PAQKWWHTGA LY RIGDLQA FQGHGAGNLA GLKGRLDYLS SLKVKGLVLG PIHKNQKDDV AQTDLLQIDP NFGSKEDFDS LLQSAKKKSI RVI LDLTPN YRGENSWFST QVDTVATKVK DALEFWLQAG VDGFQVRDIE NLKDASSFLA EWQNITKGFS EDRLLIAGTN SSDL QQILS LLESNKDLLL TSSYLSDSGS TGEHTKSLVT QYLNATGNRW CSWSLSQARL LTSFLPAQLL RLYQLMLFTL PGTPV FSYG DEIGLDAAAL PGQPMEAPVM LWDESSFPDI PGAVSANMTV KGQSEDPGSL LSLFRRLSDQ RSKERSLLHG DFHAFS AGP GLFSYIRHWD QNERFLVVLN FGDVGLSAGL QASDLPASAS LPAKADLLLS TQPGREEGSP LELERLKLEP HEGLLLR FP YAALE |
-分子 #2: Large neutral amino acids transporter small subunit 2
分子 | 名称: Large neutral amino acids transporter small subunit 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60.560273 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG REEGARHRNN TEKKHPGGGE SDASPEAGSG GGGVALKKEI GLVSACGIIV GNIIGSGIFV SPKGVLENA GSVGLALIVW IVTGFITVVG ALCYAELGVT IPKSGGDYSY VKDIFGGLAG FLRLWIAVLV IYPTNQAVIA L TFSNYVLQ ...文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG REEGARHRNN TEKKHPGGGE SDASPEAGSG GGGVALKKEI GLVSACGIIV GNIIGSGIFV SPKGVLENA GSVGLALIVW IVTGFITVVG ALCYAELGVT IPKSGGDYSY VKDIFGGLAG FLRLWIAVLV IYPTNQAVIA L TFSNYVLQ PLFPTCFPPE SGLRLLAAIC LLLLTWVNCS SVRWATRVQD IFTAGKLLAL ALIIIMGIVQ ICKGEYFWLE PK NAFENFQ EPDIGLVALA FLQGSFAYGG WNFLNYVTEE LVDPYKNLPR AIFISIPLVT FVYVFANVAY VTAMSPQELL ASN AVAVTF GEKLLGVMAW IMPISVALST FGGVNGSLFT SSRLFFAGAR EGHLPSVLAM IHVKRCTPIP ALLFTCISTL LMLV TSDMY TLINYVGFIN YLFYGVTVAG QIVLRWKKPD IPRPIKINLL FPIIYLLFWA FLLVFSLWSE PVVCGIGLAI MLTGV PVYF LGVYWQHKPK CFSDFIELLT LVSQKMCVVV YPEVERGSGT EEANEDMEEQ QQPMYQPTPT KDKDVAGQPQ P |
-分子 #4: TRYPTOPHAN
分子 | 名称: TRYPTOPHAN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: TRP |
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分子量 | 理論値: 204.225 Da |
Chemical component information | ChemComp-TRP: |
-分子 #5: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: 3PH |
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分子量 | 理論値: 704.998 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: OTHER / 球面収差補正装置: 2.7 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 713248 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |