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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30061 | ||||||||||||
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タイトル | cryo_EM map of KCC2 | ||||||||||||
マップデータ | cryo_EM map of KCC2 | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 thermosensory behavior / intracellular pH reduction / plasma membrane => GO:0005886 / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / hypotonic response / intracellular chloride ion homeostasis / intracellular monoatomic ion homeostasis / ammonium channel activity / chloride ion homeostasis ...thermosensory behavior / intracellular pH reduction / plasma membrane => GO:0005886 / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / hypotonic response / intracellular chloride ion homeostasis / intracellular monoatomic ion homeostasis / ammonium channel activity / chloride ion homeostasis / dendritic spine development / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / chloride transmembrane transporter activity / potassium ion import across plasma membrane / membrane => GO:0016020 / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / learning / cell periphery / multicellular organism growth / chemical synaptic transmission / perikaryon / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / synapse / protein kinase binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chi XM / Li XR / Chen Y / Zhang YY / Su Q / Zhou Q | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of the full-length human KCC2 and KCC3 cation-chloride cotransporters. 著者: Ximin Chi / Xiaorong Li / Yun Chen / Yuanyuan Zhang / Qiang Su / Qiang Zhou / | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30061.map.gz | 114.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30061-v30.xml emd-30061.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30061.png | 34.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30061 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30061 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30061_validation.pdf.gz | 488.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30061_full_validation.pdf.gz | 488.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30061_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30061_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30061 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30061 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30061.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo_EM map of KCC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : KCC2
全体 | 名称: KCC2 |
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要素 |
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-超分子 #1: KCC2
超分子 | 名称: KCC2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-分子 #1: Solute carrier family 12 member 5
分子 | 名称: Solute carrier family 12 member 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 125.295617 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MADYKDDDDK SGRMLNNLTD CEDGDGGANP GDGNPKESSP FINSTDTEKG KEYDGKNMAL FEEEMDTSPM VSSLLSGLAN YTNLPQGSR EHEEAENNEG GKKKPVQAPR MGTFMGVYLP CLQNIFGVIL FLRLTWVVGI AGIMESFCMV FICCSCTMLT A ISMSAIAT ...文字列: MADYKDDDDK SGRMLNNLTD CEDGDGGANP GDGNPKESSP FINSTDTEKG KEYDGKNMAL FEEEMDTSPM VSSLLSGLAN YTNLPQGSR EHEEAENNEG GKKKPVQAPR MGTFMGVYLP CLQNIFGVIL FLRLTWVVGI AGIMESFCMV FICCSCTMLT A ISMSAIAT NGVVPAGGSY YMISRSLGPE FGGAVGLCFY LGTTFAGAMY ILGTIEILLA YLFPAMAIFK AEDASGEAAA ML NNMRVYG TCVLTCMATV VFVGVKYVNK FALVFLGCVI LSILAIYAGV IKSAFDPPNF PICLLGNRTL SRHGFDVCAK LAW EGNETV TTRLWGLFCS SRFLNATCDE YFTRNNVTEI QGIPGAASGL IKENLWSSYL TKGVIVERSG MTSVGLADGT PIDM DHPYV FSDMTSYFTL LVGIYFPSVT GIMAGSNRSG DLRDAQKSIP TGTILAIATT SAVYISSVVL FGACIEGVVL RDKFG EAVN GNLVVGTLAW PSPWVIVIGS FFSTCGAGLQ SLTGAPRLLQ AISRDGIVPF LQVFGHGKAN GEPTWALLLT ACICEI GIL IASLDEVAPI LSMFFLMCYM FVNLACAVQT LLRTPNWRPR FRYYHWTLSF LGMSLCLALM FICSWYYALV AMLIAGL IY KYIEYRGAEK EWGDGIRGLS LSAARYALLR LEEGPPHTKN WRPQLLVLVR VDQDQNVVHP QLLSLTSQLK AGKGLTIV G SVLEGTFLEN HPQAQRAEES IRRLMEAEKV KGFCQVVISS NLRDGVSHLI QSGGLGGLQH NTVLVGWPRN WRQKEDHQT WRNFIELVRE TTAGHLALLV TKNVSMFPGN PERFSEGSID VWWIVHDGGM LMLLPFLLRH HKVWRKCKMR IFTVAQMDDN SIQMKKDLT TFLYHLRITA EVEVVEMHES DISAYTYEK(TPO) LVMEQRSQIL KQMHLTKNER EREIQSITDE SRGSIRR KN PANTRLRLNV PEETAGDSEE KPEEEVQLIH DQSAPSCPSS SPSPGEEPEG EGETDPEKVH L(TPO)WTKDKSVA EKNK GPSPV SSEGIKDFFS MKPEWENLNQ SNVRRMHTAV RLNEVIVKKS RDAKLVLLNM PGPPRNRNGD ENYMEFLEVL TEHLD RVML VRGGGREVIT IYS |
-分子 #3: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #4: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 186236 |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |