[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4qk0: Crystal structure of Ara127N-Se, a GH127 beta-L-arabinofuranosida... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qk0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Ara127N-Se, a GH127 beta-L-arabinofuranosidase from Geobacillus Stearothermophilus T6 | ||||||
Components | GH127 beta-L-arabinofuranoside | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Glycoside hydrolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Geobacillus stearothermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.258 Å | ||||||
Authors | Lansky, S. / Salama, R. / Dann, R. / Shner, I. / Manjasetty, B. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Ara127N-Se, a GH127 beta-L-arabinofuranosidase from Geobacillus Stearothermophilus T6 Authors: Lansky, S. / Salama, R. / Dann, R. / Shner, I. / Manjasetty, B. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qk0.cif.gz | 537.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4qk0.ent.gz | 457.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qk0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/4qk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/4qk0 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 75261.891 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus stearothermophilus (bacteria) Strain: T6 / Gene: araN / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B3EYN9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.05 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20% PEG3350, 1% Tryptone, 0.1 M HEPES sodium, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.978 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 28, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.258→40 Å / Num. all: 122372 / Num. obs: 121797 / % possible obs: 99.53 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.258→2.29 Å / Redundancy: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 94.23 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.258→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.142 / SU ML: 0.127 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.197 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.756 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.258→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|