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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2597 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of a pretermination complex with eRF1 and eRF3 | |||||||||
マップデータ | Complex locked with nonhydrolyzable GTP analog GDPNP | |||||||||
試料 |
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キーワード | translation / termination / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Eukaryotic Translation Termination / sno(s)RNA transcription / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...Eukaryotic Translation Termination / sno(s)RNA transcription / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / DNA-templated transcription termination / cytoplasmic stress granule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome binding / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Triticum aestivum (コムギ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Preis A / Heuer A / Barrio-Garcia C / Hauser A / Eyler D / Berninghausen O / Green R / Becker T / Beckmann R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014 タイトル: Cryoelectron microscopic structures of eukaryotic translation termination complexes containing eRF1-eRF3 or eRF1-ABCE1. 著者: Anne Preis / Andre Heuer / Clara Barrio-Garcia / Andreas Hauser / Daniel E Eyler / Otto Berninghausen / Rachel Green / Thomas Becker / Roland Beckmann / 要旨: Termination and ribosome recycling are essential processes in translation. In eukaryotes, a stop codon in the ribosomal A site is decoded by a ternary complex consisting of release factors eRF1 and ...Termination and ribosome recycling are essential processes in translation. In eukaryotes, a stop codon in the ribosomal A site is decoded by a ternary complex consisting of release factors eRF1 and guanosine triphosphate (GTP)-bound eRF3. After GTP hydrolysis, eRF3 dissociates, and ABCE1 can bind to eRF1-loaded ribosomes to stimulate peptide release and ribosomal subunit dissociation. Here, we present cryoelectron microscopic (cryo-EM) structures of a pretermination complex containing eRF1-eRF3 and a termination/prerecycling complex containing eRF1-ABCE1. eRF1 undergoes drastic conformational changes: its central domain harboring the catalytically important GGQ loop is either packed against eRF3 or swung toward the peptidyl transferase center when bound to ABCE1. Additionally, in complex with eRF3, the N-terminal domain of eRF1 positions the conserved NIKS motif proximal to the stop codon, supporting its suggested role in decoding, yet it appears to be delocalized in the presence of ABCE1. These results suggest that stop codon decoding and peptide release can be uncoupled during termination. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2597.map.gz | 20.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2597-v30.xml emd-2597.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2597-eRF3_overview_side.png | 238.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2597 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2597 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2597_validation.pdf.gz | 268.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2597_full_validation.pdf.gz | 267.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2597_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2597 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2597 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2597.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Complex locked with nonhydrolyzable GTP analog GDPNP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2375 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and eRF3-GDPNP
全体 | 名称: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and eRF3-GDPNP |
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要素 |
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-超分子 #1000: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and eRF3-GDPNP
超分子 | 名称: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and eRF3-GDPNP タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One ribosome binds to one eRF1 and one eRF3 / Number unique components: 3 |
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-超分子 #1: 80S ribosome
超分子 | 名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 別称: Bread wheat / 組織: seed |
-分子 #1: Sup45
分子 | 名称: Sup45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eRF1 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 理論値: 49 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pTYB2 |
-分子 #2: Sup35
分子 | 名称: Sup35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: eRF3 詳細: Sup35 was N-terminally deleted for the first 97 amino acids コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 理論値: 76 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pTYB2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 200 mM KCl, 1.5 MgCl2, 2 mM DTT, 0.01 mg/ml cycloheximide, 0.05 % Nikkol, 0.03 % DBC, 0.5 mM GDPNP). |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-EM |
グリッド | 詳細: Sec61 was added at a five-fold molar excess to saturate the hydrophobic signal-anchor sequence and avoid orientational bias on the cryo-grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2013年2月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 147136 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were picked with starfish_boxing version 0.2.0, which is part of the new StarFish single particle analysis program suite. |
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CTF補正 | 詳細: on volumes (SPIDER) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.15 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Star, Fish, SPIDER / 詳細: Data-subset resulted from computational sorting / 使用した粒子像数: 39309 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, Coot |
詳細 | A homology model for eRF1 was built using HHPred; The domains were separately fitted by manual docking using programs Coot and Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-4crn: |