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- EMDB-24832: M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24832
タイトルM. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide
マップデータM. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide
試料
  • 細胞器官・細胞要素: EncA bound to EncC targeting peptide
    • タンパク質・ペプチド: EncA
    • タンパク質・ペプチド: EncC targeting peptide
キーワードencapsulin / cargo protein / encapsulated ferritin / nanocage / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


encapsulin nanocompartment / ubiquinone biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquinone biosynthesis protein Coq7 / Ubiquinone biosynthesis protein COQ7 / Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Type 1 encapsulin shell protein EncA
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Eren E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of the Myxococcus xanthus encapsulin and ferritin-like cargo system gives insight into its iron storage mechanism.
著者: Elif Eren / Bing Wang / Dennis C Winkler / Norman R Watts / Alasdair C Steven / Paul T Wingfield /
要旨: Encapsulins are bacterial organelle-like cages involved in various aspects of metabolism, especially protection from oxidative stress. They can serve as vehicles for a wide range of medical ...Encapsulins are bacterial organelle-like cages involved in various aspects of metabolism, especially protection from oxidative stress. They can serve as vehicles for a wide range of medical applications. Encapsulin shell proteins are structurally similar to HK97 bacteriophage capsid protein and their function depends on the encapsulated cargos. The Myxococcus xanthus encapsulin system comprises EncA and three cargos: EncB, EncC, and EncD. EncB and EncC are similar to bacterial ferritins that can oxidize Fe to less toxic Fe. We analyzed EncA, EncB, and EncC by cryo-EM and X-ray crystallography. Cryo-EM shows that EncA cages can have T = 3 and T = 1 symmetry and that EncA T = 1 has a unique protomer arrangement. Also, we define EncB and EncC binding sites on EncA. X-ray crystallography of EncB and EncC reveals conformational changes at the ferroxidase center and additional metal binding sites, suggesting a mechanism for Fe oxidation and storage within the encapsulin shell.
履歴
登録2021年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7s4q
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7s4q
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24832.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-11.7830925 - 22.796870999999999
平均 (標準偏差)0.660794 (±2.2854807)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin122122121
サイズ357357357
Spacing357357357
セルA=B=C: 383.418 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0741.0741.074
M x/y/z357357357
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z383.418383.418383.418
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS122122121
NC/NR/NS357357357
D min/max/mean-11.78322.7970.661

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EncA bound to EncC targeting peptide

全体名称: EncA bound to EncC targeting peptide
要素
  • 細胞器官・細胞要素: EncA bound to EncC targeting peptide
    • タンパク質・ペプチド: EncA
    • タンパク質・ペプチド: EncC targeting peptide

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超分子 #1: EncA bound to EncC targeting peptide

超分子名称: EncA bound to EncC targeting peptide / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア)

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分子 #1: EncA

分子名称: EncA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア)
分子量理論値: 32.544996 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPLEPHFMPD FLGHAENPLR EEEWARLNET VIQVARRSLV GRRILDIYGP LGAGVQTVPY DEFQGVSPGA VDIVGEQETA MVFTDARKF KTIPIIYKDF LLHWRDIEAA RTHNMPLDVS AAAGAAALCA QQEDELIFYG DARLGYEGLM TANGRLTVPL G DWTSPGGG ...文字列:
MPLEPHFMPD FLGHAENPLR EEEWARLNET VIQVARRSLV GRRILDIYGP LGAGVQTVPY DEFQGVSPGA VDIVGEQETA MVFTDARKF KTIPIIYKDF LLHWRDIEAA RTHNMPLDVS AAAGAAALCA QQEDELIFYG DARLGYEGLM TANGRLTVPL G DWTSPGGG FQAIVEATRK LNEQGHFGPY AVVLSPRLYS QLHRIYEKTG VLEIETIRQL ASDGVYQSNR LRGESGVVVS TG RENMDLA VSMDMVAAYL GASRMNHPFR VLEALLLRIK HPDAICTLEG AGATERR

UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein EncA

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分子 #2: EncC targeting peptide

分子名称: EncC targeting peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア)
分子量理論値: 1.415685 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEKRLTVGSL RR

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.3 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10357
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4pt2

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8512
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7s4q:
M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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