[日本語] English
万見- EMDB-24399: cryo-EM structure of the ADP state wild type myosin-15-F-actin complex -
+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24399 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | cryo-EM structure of the ADP state wild type myosin-15-F-actin complex | ||||||||||||
マップデータ | cryo-EM structure of the ADP state wild type myosin-15-F-actin complex | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin-based cell projection / stereocilium bundle / Striated Muscle Contraction / stereocilium / myosin complex / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / response to light stimulus ...actin-based cell projection / stereocilium bundle / Striated Muscle Contraction / stereocilium / myosin complex / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / response to light stimulus / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament organization / locomotory behavior / actin filament / sensory perception of sound / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / actin filament binding / endocytosis / actin cytoskeleton / hydrolase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Chicken (ニワトリ) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gong R / Reynolds MJ / Gurel P / Alushin GM | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structural basis for tunable control of actin dynamics by myosin-15 in mechanosensory stereocilia. 著者: Rui Gong / Fangfang Jiang / Zane G Moreland / Matthew J Reynolds / Santiago Espinosa de Los Reyes / Pinar Gurel / Arik Shams / James B Heidings / Michael R Bowl / Jonathan E Bird / Gregory M Alushin / 要旨: The motor protein myosin-15 is necessary for the development and maintenance of mechanosensory stereocilia, and mutations in myosin-15 cause hereditary deafness. In addition to transporting actin ...The motor protein myosin-15 is necessary for the development and maintenance of mechanosensory stereocilia, and mutations in myosin-15 cause hereditary deafness. In addition to transporting actin regulatory machinery to stereocilia tips, myosin-15 directly nucleates actin filament ("F-actin") assembly, which is disrupted by a progressive hearing loss mutation (p.D1647G, ""). Here, we present cryo-electron microscopy structures of myosin-15 bound to F-actin, providing a framework for interpreting the impacts of deafness mutations on motor activity and actin nucleation. Rigor myosin-15 evokes conformational changes in F-actin yet maintains flexibility in actin's D-loop, which mediates inter-subunit contacts, while the mutant locks the D-loop in a single conformation. Adenosine diphosphate-bound myosin-15 also locks the D-loop, which correspondingly blunts actin-polymerization stimulation. We propose myosin-15 enhances polymerization by bridging actin protomers, regulating nucleation efficiency by modulating actin's structural plasticity in a myosin nucleotide state-dependent manner. This tunable regulation of actin polymerization could be harnessed to precisely control stereocilium height. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Structural basis for tunable control of actin dynamics by myosin-15 in mechanosensory stereocilia 著者: Gong R / Jiang F / Moreland ZG / Reynolds MJ / Gurel PS / Shams A / Bowl MR / Bird JE / Alushin GM | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24399.map.gz | 284.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-24399-v30.xml emd-24399.xml | 23.2 KB 23.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24399_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24399.png | 166.4 KB | ||
マスクデータ | emd_24399_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_24399_half_map_1.map.gz emd_24399_half_map_2.map.gz | 410.4 MB 410.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24399 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24399 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24399_validation.pdf.gz | 740 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_24399_full_validation.pdf.gz | 739.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24399_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24399_validation.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24399 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24399 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | cryo-EM structure of the ADP state wild type myosin-15-F-actin complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_24399_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half1
ファイル | emd_24399_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half2
ファイル | emd_24399_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The ADP state wild type myosin15 in complex with filamentous actin
全体 | 名称: The ADP state wild type myosin15 in complex with filamentous actin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: The ADP state wild type myosin15 in complex with filamentous actin
超分子 | 名称: The ADP state wild type myosin15 in complex with filamentous actin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
分子量 | 実験値: 5.4 kDa/nm |
-超分子 #2: Actin
超分子 | 名称: Actin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
-超分子 #3: Isoform 3 of Unconventional myosin-XV
超分子 | 名称: Isoform 3 of Unconventional myosin-XV / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Chicken (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 41.63143 KDa |
配列 | 文字列: DETTALVCDN GSGLVKAGFA GDDAPRAVFP SIVGRPRHQG VMVGMGQKDS YVGDEAQSKR GILTLKYPIE (HIC)GIITN WDD MEKIWHHTFY NELRVAPEEH PTLLTEAPLN PKANREKMTQ IMFETFNVPA MYVAIQAVLS LYASGRTTGI VLDSGDG VT ...文字列: DETTALVCDN GSGLVKAGFA GDDAPRAVFP SIVGRPRHQG VMVGMGQKDS YVGDEAQSKR GILTLKYPIE (HIC)GIITN WDD MEKIWHHTFY NELRVAPEEH PTLLTEAPLN PKANREKMTQ IMFETFNVPA MYVAIQAVLS LYASGRTTGI VLDSGDG VT HNVPIYEGYA LPHAIMRLDL AGRDLTDYLM KILTERGYSF VTTAEREIVR DIKEKLCYVA LDFENEMATA ASSSSLEK S YELPDGQVIT IGNERFRCPE TLFQPSFIGM ESAGIHETTY NSIMKCDIDI RKDLYANNVM SGGTTMYPGI ADRMQKEIT ALAPSTMKIK IIAPPERKYS VWIGGSILAS LSTFQQMWIT KQEYDEAGPS IVHRKCF |
-分子 #2: Isoform 3 of Unconventional myosin-XV
分子 | 名称: Isoform 3 of Unconventional myosin-XV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 78.182703 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: EDGVEDMTQL EDLQETTVLA NLKTRFERNL IYTYIGSILV SVNPYRMFAI YGPEQVQQYS GRALGENPPH LFAIANLAFA KMLDAKQNQ CVIISGESGS GKTEATKLIL RCLAAMNQRR DVMQQIKILE ATPLLEAFGN AKTVRNDNSS RFGKFVEIFL E GGVICGAI ...文字列: EDGVEDMTQL EDLQETTVLA NLKTRFERNL IYTYIGSILV SVNPYRMFAI YGPEQVQQYS GRALGENPPH LFAIANLAFA KMLDAKQNQ CVIISGESGS GKTEATKLIL RCLAAMNQRR DVMQQIKILE ATPLLEAFGN AKTVRNDNSS RFGKFVEIFL E GGVICGAI TSQYLLEKSR IVFQAKNERN YHIFYELLAG LPAQLRQAFS LQEAETYYYL NQGGNCEIAG KSDADDFRRL LA AMEVLGF TSEDQDSIFR ILASILHLGN VYFEKHETDA QEVASVVSAR EIQAVAELLQ VSPEGLQKAI TFKVTETIRE KIF TPLTVE SAVDARDAIA KVLYALLFGW LITRVNALVS PKQDTLSIAI LDIYGFEDLS FNSFEQLCIN YANENLQYLF NKIV FQEEQ EEYIREQMDW REIAFADNQP CINLISLKPY GILRILDDQC CFPQATDHTF LQKCHYHHGA NPLYSKPKMP LPEFT IKHY AGKVTYQVHK FLDKNHDQVR QDVLDLFVHS RTRVVAHLFS SHAAQTAPPR LGKSSSITRL YKAHTVAAKF QQSLLD LVE KMERCNPLFV RCLKPNHKKE PGLFEPDVMM AQLRYSGVLE TVRIRKEGFP VRLPFQVFID RYRCLVALKL NVPADGD MC VSLLSRLCTV TPDMYRVGIS KLFLKEHLHQ LLESMRERVQ NRA |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ADP |
---|---|
分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 詳細: 10 mM imidazole pH 7.0, 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3 |
---|---|
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |