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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2430 | |||||||||
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タイトル | The structure of the COPII coat assembled on membranes | |||||||||
![]() | sec13/31 outer coat edge left-handed direction | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / COPII-coated vesicle cargo loading / nuclear pore outer ring / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript ...Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / COPII-coated vesicle cargo loading / nuclear pore outer ring / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / SUMOylation of SUMOylation proteins / mating projection tip / SUMOylation of RNA binding proteins / endoplasmic reticulum organization / SUMOylation of chromatin organization proteins / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / ERAD pathway / endoplasmic reticulum exit site / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zanetti G / Prinz S / Daum S / Meister A / Schekman R / Bacia K / Briggs JAG | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the COPII transport-vesicle coat assembled on membranes. 著者: Giulia Zanetti / Simone Prinz / Sebastian Daum / Annette Meister / Randy Schekman / Kirsten Bacia / John A G Briggs / ![]() 要旨: Coat protein complex II (COPII) mediates formation of the membrane vesicles that export newly synthesised proteins from the endoplasmic reticulum. The inner COPII proteins bind to cargo and membrane, ...Coat protein complex II (COPII) mediates formation of the membrane vesicles that export newly synthesised proteins from the endoplasmic reticulum. The inner COPII proteins bind to cargo and membrane, linking them to the outer COPII components that form a cage around the vesicle. Regulated flexibility in coat architecture is essential for transport of a variety of differently sized cargoes, but structural data on the assembled coat has not been available. We have used cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the structure of the complete, membrane-assembled COPII coat. We describe a novel arrangement of the outer coat and find that the inner coat can assemble into regular lattices. The data reveal how coat subunits interact with one another and with the membrane, suggesting how coordinated assembly of inner and outer coats can mediate and regulate packaging of vesicles ranging from small spheres to large tubular carriers. DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00951.001. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 46.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | sec13/31 outer coat edge left-handed direction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Sec13/31 complex (as part of complete COPII assembled on membrane...
全体 | 名称: Sec13/31 complex (as part of complete COPII assembled on membrane) edge in left-handed direction |
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要素 |
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-超分子 #1000: Sec13/31 complex (as part of complete COPII assembled on membrane...
超分子 | 名称: Sec13/31 complex (as part of complete COPII assembled on membrane) edge in left-handed direction タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterotetramers of sec13 and sec31 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 319.236 KDa / 理論値: 319.236 KDa |
-分子 #1: Sec31
分子 | 名称: Sec31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 集合状態: heterotetramer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 138.824 KDa / 理論値: 138.824 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: Sec13
分子 | 名称: Sec13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 集合状態: heterotetramer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 20.79 KDa / 理論値: 27.9 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() ![]() |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: HEPES, 50 mM KOAc, 1.2 mM MgCl2 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: plunge frozen |
グリッド | 詳細: C-flat grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
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電子顕微鏡法 #1
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF 2002 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
Microscopy ID | 1 |
日付 | 2012年9月18日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 実像数: 26 / 平均電子線量: 80 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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電子顕微鏡法 #2
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF 2002 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
Microscopy ID | 2 |
日付 | 2012年6月19日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 実像数: 26 / 平均電子線量: 80 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: each tilted image within tomogram |
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最終 角度割当 | 詳細: 0 0 0 in zyz convention |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称![]() |
詳細 | see materials and methods in relevant publication |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-4bzj: |