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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23959 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Native RhopH complex of the malaria parasite Plasmodium falciparum | |||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | CryoEM density map of RhopH complex. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Cytoadherence-linked asexual protein / Cytoadherence-linked asexual protein / adhesion of symbiont to microvasculature / High molecular weight rhoptry protein 2 / Cytoadherence linked asexual protein 3.1 / High molecular weight rhoptry protein 3 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ho CM / Jih J / Lai M / Li XR / Goldberg DE / Beck JR / Zhou ZH | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 10件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Native structure of the RhopH complex, a key determinant of malaria parasite nutrient acquisition. 著者: Chi-Min Ho / Jonathan Jih / Mason Lai / Xiaorun Li / Daniel E Goldberg / Josh R Beck / Z Hong Zhou / 要旨: The RhopH complex is implicated in malaria parasites' ability to invade and create new permeability pathways in host erythrocytes, but its mechanisms remain poorly understood. Here, we enrich the ...The RhopH complex is implicated in malaria parasites' ability to invade and create new permeability pathways in host erythrocytes, but its mechanisms remain poorly understood. Here, we enrich the endogenous RhopH complex in a native soluble form, comprising RhopH2, CLAG3.1, and RhopH3, directly from parasite cell lysates and determine its atomic structure using cryo-electron microscopy (cryo-EM), mass spectrometry, and the cryoID program. CLAG3.1 is positioned between RhopH2 and RhopH3, which both share substantial binding interfaces with CLAG3.1 but make minimal contacts with each other. The forces stabilizing individual subunits include 13 intramolecular disulfide bonds. Notably, CLAG3.1 residues 1210 to 1223, previously predicted to constitute a transmembrane helix, are embedded within a helical bundle formed by residues 979 to 1289 near the C terminus of CLAG3.1. Buried in the core of the RhopH complex and largely shielded from solvent, insertion of this putative transmembrane helix into the erythrocyte membrane would likely require a large conformational rearrangement. Given the unusually high disulfide content of the complex, it is possible that such a rearrangement could be initiated by the breakage of allosteric disulfide bonds, potentially triggered by interactions at the erythrocyte membrane. This first direct observation of an exported transmembrane protein-in a soluble, trafficking state and with atomic details of buried putative membrane-insertion helices-offers insights into the assembly and trafficking of RhopH and other parasite-derived complexes to the erythrocyte membrane. Our study demonstrates the potential the endogenous structural proteomics approach holds for elucidating the molecular mechanisms of hard-to-isolate complexes in their native, functional forms. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23959.map.gz | 7.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23959-v30.xml emd-23959.xml | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23959.png | 256.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23959 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23959 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23959_validation.pdf.gz | 340.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23959_full_validation.pdf.gz | 339.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23959_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23959_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23959 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23959 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM density map of RhopH complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : High molecular mass rhoptry protein complex (RhopH complex)
全体 | 名称: High molecular mass rhoptry protein complex (RhopH complex) |
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要素 |
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-超分子 #1: High molecular mass rhoptry protein complex (RhopH complex)
超分子 | 名称: High molecular mass rhoptry protein complex (RhopH complex) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 株: NF54 |
-分子 #1: Cytoadherence linked asexual protein 3.1
分子 | 名称: Cytoadherence linked asexual protein 3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: CLAG3.1, subunit of the soluble form of the RhopH complex コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 株: isolate NF54 |
分子量 | 理論値: 167.444219 KDa |
配列 | 文字列: MVSFFKTPIF ILIIFLYLNE KVICSINENQ NENDTISQNV NQHENINQNV NDNDNIEQLK SMIGNDELHK NLTILEKLIL ESLEKDKLK YPLLKQGTEQ LIDISKFNKK NITDADDETY IIPTVQSTFH DIVKYEHLIK EQSIEIYNSD ISDKIKKKIF I VRTLKTIK ...文字列: MVSFFKTPIF ILIIFLYLNE KVICSINENQ NENDTISQNV NQHENINQNV NDNDNIEQLK SMIGNDELHK NLTILEKLIL ESLEKDKLK YPLLKQGTEQ LIDISKFNKK NITDADDETY IIPTVQSTFH DIVKYEHLIK EQSIEIYNSD ISDKIKKKIF I VRTLKTIK LMLIPLNSYK QNNDLKSALE ELNNVFTNKE AQEESSPIGD HGTFFRKLLT HVRTIKENED IENKGETLIL GD NKIDVMN SNDFFFTTNS NVKFMENLDD ITNQYGLGLI NHLGPHLIAL GHFTVLKLAL KNYKNYFEAK SIKFFSWQKI LEF SMSDRF KVLDMMCDHE SVYYSEKKRR KTYLKVDRSN TSMECNILEY LLHYFNKYQL EIIKTTQDTD FDLHGMMEHK YIKD YFFSF MCNDPKECII YHTNQFKKEA NEENTFPEQE EPNRQISAFN LYLNYYYFMK RYSSYGVKKT LYVHLLNLTG LLNYD TRAY VTSLYLPGYY NAVEMSFTEE KEFSKLFESL IQCIEKCHSD QARQISKDSN LLNNITKCDL CKGAFLYANM KFDEVP SML QKFYVYLTKG LKIQKVSSLI KTLDIYQDYS NYLSHDINWY TFLFLFRLTS FKEIAKKNVA EAMYLNIKDE DTFNKTV VT NYWYPSPIKK YYTLYVRKHI PNNLVDELEK LMKSGTLEKM KKSLTFLVHV NSFLQLDFFH QLNEPPLGLP RSYPLSLV L EHKFKEWMNS SPAGFYFSNY QNPYIRKDLH DKVLSQKFEP PKMNQWNKVL KSLIECAYDM YFEQRHVKNL YKYHNIYNI NNKLMLMRDS IDLYKNNFDD VLFFADIFNM RKYMTATPVY KKVKDRVYHT LHSITGNSVN FYKYGIIYGF KVNKEILKEV VDELYSIYN FNTDIFTDTS FLQTVYLLFR RIEETYRTQR RDDKISVNNV FFMNVANNYS KLNKEEREIE IHNSMASRYY A KTMFAAFQ MLFSTMLSNN VDNLDKAYGL SENIQVATST SAFLTFAYVY NGSIMDSVTN SLLPPYAKKP ITQLKYGKTF VF SNYFMLA SKMYDMLNYK NLSLLCEYQA VASANFYSAK KVGQFLGRKF LPITTYFLVM RISWTHAFTT GQHLISAFGS PSS TANGKS NASGYKSPES FFFTHGLAAE ASKYLFFYFF TNLYLDAYKS FPGGFGPAIK EQTQHVQEQT YERKPSVHSF NRNF FMELV NGFMYAFCFF AISQMYAYFE NINFYITSNF RFLDRYYGVF NKYFINYAII KLKEITSDLL IKYEREAYLS MKKYG YLGE VIAARLSPKD KIMNYVHETN EDIMSNLRRY DMENAFKNKM STYVDDFAFF DDCGKNEQFL NERCDYCPVI EEVEET QLF TTTGDKNTNK TTEIKKQTST YIDTEKMNEA DSADSDDEKD SDTPDDELMI SRFH |
-分子 #2: High molecular weight rhoptry protein 2
分子 | 名称: High molecular weight rhoptry protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: RhopH2, subunit of the soluble form of the RhopH complex コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 株: isolate NF54 |
分子量 | 理論値: 162.886344 KDa |
配列 | 文字列: MIKVTIFLLL SIFSFNLYGL ELNEKVSIKY GAEQGVGSAD SNTKLCSDIL KYLYMDEYLS EGDKATFEKK CHNVIGNIRN TFSNKNTIK EGNEFLMSIL HMKSLYGNNN NNNAGSESDV TLKSLYLSLK GSQNTEGESE VPSDDEINKT IMNFVKFNKY L LDNSNDIK ...文字列: MIKVTIFLLL SIFSFNLYGL ELNEKVSIKY GAEQGVGSAD SNTKLCSDIL KYLYMDEYLS EGDKATFEKK CHNVIGNIRN TFSNKNTIK EGNEFLMSIL HMKSLYGNNN NNNAGSESDV TLKSLYLSLK GSQNTEGESE VPSDDEINKT IMNFVKFNKY L LDNSNDIK KVHDFLVLTS QSNENLLPNK EKLFEQIVDQ IKYFDEYFFA SGGKIKVKKG YLKYNFLDIY KQPVCSAYLH LC SRYYESV SIYIRLKKVF NGIPAFLDKN CRKVKGEEFK KLMDMELKHN HIVERFDKYI ISDDLYYVNM KVFDLKNVDK IQV SKIDDI NNLNIYEHKE TMHLSAKNLS RYIDIKKELN DEKAYKQLMS AIRKYVTTLT KADSDITYFV KQLDDEEIER FLID LNFFL YNGFLRITED KHLINADDVS PSYINLYRSN NIVALYILKT QYEENKLSEY RAHKFYRRKR VSNITNDMIK KDFTQ TNAL TNLPNLDNKK TTEYYLKEYE NFVENFQPDL HDIMKLQLFF TMAFKDCNVN QNFTETSKKL WFDLLYAYDK FGWFYI HPN EVINSINKTD FVRHVLVSRN FLLKNNDQLT FLETQVAKIV EIINLSLEVD KSPDSLDFSI PMNFFNHKNG YHVMNDD KL KLLTSYEYID SIANNYFFLS EYKNDVFRTG NNFKLYFNLP NIYSLAYQLF NELAININVI TNVPLKKYLK YNASYAYF T LMNMIGKNHD IYSKGSRFVY ASYILGLVFF IESHIDIARL KPKDFFFMKQ SLPIIDHVYH KDLKTLKKNC TLLTDFMKI NKNSQNYSLT HTEEMIKILG LLTVTLWAKE GKKSVYYDDD VSLYRKLMVS CVFNGGETIQ EKLANNIEKS CDISQYGIKS KNLKDMIDI NLSIHKWNPA EIEKLAYSFV LSCKMQKLMY KPMNVEKLPL EDYYKLSLAP DMVKTYHCYK LGKQAAELLE S IILKKKFV RFRVTDAIDV YDFFYIKKVL SSRIKKEYNE FLQDKRAFEK KELETILNNS PFSEEQTMKL INSYECHWFT SY ENFRILW MHASSNLGTG TYLKNFFSEL WQNIRFLFKS KLKIRDMEYF SGDISQMNLL DYYSPMVHSE SHCQEKMQVL FIT LRDSKE ENRSEIAQKV KSAYYQCKLD YYKNHHSDFI HRIHPNDFLN NKVYVLKQPY YLMSNVPLNN PKKVSRLFVT EGTL EYLLL DKINIPECFG PCTKLHFNKV VIKESKQRIY DMTINNALVP EIQPYNRRKY MTIYINEAYI KNIVSDALTS EEIKR HDIQ KGNIKICMGK STYLTEPILT EEHFNLTHKP VYDFSSVKHN LKVFHMKNEH LVSEDPNDDC FINYPLATIN LDISDP YKE ISEDLIKNLY ILKSS |
-分子 #3: High molecular weight rhoptry protein 3
分子 | 名称: High molecular weight rhoptry protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: RhopH3, subunit of the soluble form of the RhopH complex コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 株: isolate NF54 |
分子量 | 理論値: 104.997406 KDa |
配列 | 文字列: MRSKHLVTLF IITFLSFSTV KVWGKDVFAG FVTKKLKTLL DCNFALYYNF KGNGPDAGSF LDFVDEPEQF YWFVEHFLSV KFRVPKHLK DKNIHNFTPC LNRSWVSEFL KEYEEPFVNP VMKFLDKEQR LFFTYNFGDV EPQGKYTYFP VKEFHKYCIL P PLIKTNIK ...文字列: MRSKHLVTLF IITFLSFSTV KVWGKDVFAG FVTKKLKTLL DCNFALYYNF KGNGPDAGSF LDFVDEPEQF YWFVEHFLSV KFRVPKHLK DKNIHNFTPC LNRSWVSEFL KEYEEPFVNP VMKFLDKEQR LFFTYNFGDV EPQGKYTYFP VKEFHKYCIL P PLIKTNIK DGESGEFLKY QLNKEEYKVF LSSVGSQMTA IKNLYSTVED EQRKQLLKVI IENESTNDIS VQCPTYNIKL HY TKECANS NNILKCIDEF LRKTCEKKTE SKHPSADLCE HLQFLFESLK NPYLDNFKKF MTNSDFTLIK PQSVWNVPIF DIY KPKNYL DSVQNLDTEC FKKLNSKNLI FLSFHDDIPN NPYYNVELQE IVKLSTYTYS IFDKLYNFFF VFKKSGAPIS PVSV KELSH NITDFSFKED NSEIQCQNVR KSLDLEVDVE TMKGIAAEKL CKIIEKFILT KDDASKPEKS DIHRGFRILC ILIST HVEA YNIVRQLLNM ESMISLTRYT SLYIHKFFKS VTLLKGNFLY KNNKAIRYSR ACSKASLHVP SVLYRRNIYI PETFLS LYL GLSNLVSSNP SSPFFEYAII EFLVTYYNKG SEKFVLYFIS IISVLYINEY YYEQLSCFYP KEFELIKSRM IHPNIVD RI LKGIDNLMKS TRYDKMRTMY LDFESSDIFS REKVFTALYN FDSFIKTNEQ LKKKNLEEIS EIPVQLETSN DGIGYRKQ D VLYETDKPQT MDEASYEETV DEDAHHVNEK QHSAHFLDAI AEKDILEEKT KDQDLEIELY KYMGPLKEQS KSTSAASTS DEISGSEGPS TESTSTGNQG EDKTTDNTYK EMEELEEAEG TSNLKKGLEF YKSSLKLDQL DKEKPKKKKS KRKKKRDSSS DRILLEESK TFTSENEL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7mrw: |