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基本情報
| 登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21134 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Structure of the Fanconi Anemia ID complex bound to ICL DNA | |||||||||
マップデータ | consensus reconstruction | |||||||||
試料 |
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キーワード | DNA repair / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報regulation of CD40 signaling pathway / gamete generation / double-strand break repair involved in meiotic recombination / regulation of regulatory T cell differentiation / homologous chromosome pairing at meiosis / neuronal stem cell population maintenance / brain morphogenesis / DNA repair complex / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair ...regulation of CD40 signaling pathway / gamete generation / double-strand break repair involved in meiotic recombination / regulation of regulatory T cell differentiation / homologous chromosome pairing at meiosis / neuronal stem cell population maintenance / brain morphogenesis / DNA repair complex / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair / condensed chromosome / DNA polymerase binding / positive regulation of protein ubiquitination / response to gamma radiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Fanconi Anemia Pathway / regulation of inflammatory response / cellular response to oxidative stress / nuclear body / DNA repair / chromatin / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Pavletich NP | |||||||||
| 資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020タイトル: DNA clamp function of the monoubiquitinated Fanconi anaemia ID complex. 著者: Renjing Wang / Shengliu Wang / Ankita Dhar / Christopher Peralta / Nikola P Pavletich / ![]() 要旨: The ID complex, involving the proteins FANCI and FANCD2, is required for the repair of DNA interstrand crosslinks (ICL) and related lesions. These proteins are mutated in Fanconi anaemia, a disease ...The ID complex, involving the proteins FANCI and FANCD2, is required for the repair of DNA interstrand crosslinks (ICL) and related lesions. These proteins are mutated in Fanconi anaemia, a disease in which patients are predisposed to cancer. The Fanconi anaemia pathway of ICL repair is activated when a replication fork stalls at an ICL; this triggers monoubiquitination of the ID complex, in which one ubiquitin molecule is conjugated to each of FANCI and FANCD2. Monoubiquitination of ID is essential for ICL repair by excision, translesion synthesis and homologous recombination; however, its function remains unknown. Here we report a cryo-electron microscopy structure of the monoubiquitinated human ID complex bound to DNA, and reveal that it forms a closed ring that encircles the DNA. By comparison with the structure of the non-ubiquitinated ID complex bound to ICL DNA-which we also report here-we show that monoubiquitination triggers a complete rearrangement of the open, trough-like ID structure through the ubiquitin of one protomer binding to the other protomer in a reciprocal fashion. These structures-together with biochemical data-indicate that the monoubiquitinated ID complex loses its preference for ICL and related branched DNA structures, and becomes a sliding DNA clamp that can coordinate the subsequent repair reactions. Our findings also reveal how monoubiquitination in general can induce an alternative protein structure with a new function. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| ムービー |
ムービービューア |
|---|---|
| 構造ビューア | EMマップ: SurfView Molmil Jmol/JSmol |
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_21134.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-21134-v30.xml emd-21134.xml | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_21134.png | 67.4 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-21134.cif.gz | 7.5 KB | ||
| その他 | emd_21134_additional_1.map.gz emd_21134_additional_2.map.gz emd_21134_additional_3.map.gz | 1.5 MB 59.9 MB 59.6 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21134 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_21134_validation.pdf.gz | 527.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_21134_full_validation.pdf.gz | 527.2 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_21134_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_21134_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21134 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | consensus reconstruction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: refmac composite map
| ファイル | emd_21134_additional_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | refmac composite map | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-追加マップ: Fanconi Anemia ID complex bound to ICL DNA
| ファイル | emd_21134_additional_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Fanconi Anemia ID complex bound to ICL DNA | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-追加マップ: Fanconi Anemia ID complex bound to ICL DNA
| ファイル | emd_21134_additional_3.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Fanconi Anemia ID complex bound to ICL DNA | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : FANCI-FANCD2-DNA complex
| 全体 | 名称: FANCI-FANCD2-DNA complex |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: FANCI-FANCD2-DNA complex
| 超分子 | 名称: FANCI-FANCD2-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Fanconi anemia, complementation group I
| 分子 | 名称: Fanconi anemia, complementation group I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 149.566047 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MDQKILSLAA EKTADKLQEF LQTLREGDLT NLLQNQAVKG KVAGALLRAI FKGSPCSEEA GTLRRRKIYT CCIQLVESGD LQKEIVSEI IGLLMLEAHH FPGPLLVELA NEFISAVREG SLVNGKSLEL LPIILTVLAT KKENLAYGKG VLSGEECKKQ L INTLCSGR ...文字列: MDQKILSLAA EKTADKLQEF LQTLREGDLT NLLQNQAVKG KVAGALLRAI FKGSPCSEEA GTLRRRKIYT CCIQLVESGD LQKEIVSEI IGLLMLEAHH FPGPLLVELA NEFISAVREG SLVNGKSLEL LPIILTVLAT KKENLAYGKG VLSGEECKKQ L INTLCSGR WDQQYVIQLT SMFKDVPLTA EEVEFVVEKA LSMFSKMNLQ EIPPLVYQLL VLSSKGSRKS VLEGIIAFFS AL DKQHNEE QSGDELLDVV TVPSGELRHV EGTIILHIVF AIKLDYELGR ELVKHLKVGQ QGDSNNNLSP FSIALLLSVT RIQ RFQDQV LDLLKTSVVK SFKDLQLLQG SKFLQNLVPH RSYVSTMILE VVKNSVHSWD HVTQGLVELG FILMDSYGPK KVLD GKTIE TSPSLSRMPN QHACKLGANI LLETFKIHEM IRQEILEQVL NRVVTRASSP ISHFLDLLSN IVMYAPLVLQ NCSSK VTEA FDYLSFLPLQ TVQRLLKAVQ PLLKVSMSMR DCLILVLRKA MFANQLDARK SAVAGFLLLL KNFKVLGSLS SSQCSQ SLS VSQVHVDVHS HYNSVANETF CLEIMDSLRR CLSQQADVRL MLYEGFYDVL RRNSQLANSV MQTLLSQLKQ FYEPEPD LL PPLKLEACIL TQGDQISLQE PLDYLLCCIQ HCLAWYKNTV IPLQQGEEEE EEEEAFYEDL DDILESITNR MIKSELED F ELDKSADFSQ STSIGIKNNI SAFLVMGVCE VLIEYNFSIS SFSKNRFEDI LSLFMCYKKL SDILNEKAGK AKTKMANKT SDSLLSMKFV SSLLTALFRD SIQSHQESLS VLRSSNEFMR YAVNVALQKV QQLKETGHVS GPDGQNPEKI FQNLCDLTRV LLWRYTSIP TSVEESGKKE KGKSISLLCL EGLQKIFSAV QQFYQPKIQQ FLRALDVTDK EGEEREDADV SVTQRTAFQI R QFQRSLLN LLSSQEEDFN SKEALLLVTV LTSLSKLLEP SSPQFVQMLS WTSKICKENS REDALFCKSL MNLLFSLHVS YK SPVILLR DLSQDIHGHL GDIDQDVEVE KTNHFAIVNL RTAAPTVCLL VLSQAEKVLE EVDWLITKLK GQVSQETLSE EAS SQATLP NQPVEKAIIM QLGTLLTFFH ELVQTALPSG SCVDTLLKDL CKMYTTLTAL VRYYLQVCQS SGGIPKNMEK LVKL SGSHL TPLCYSFISY VQNKSKSLNY TGEKKEKPAV VATAMARVLR ETKPIPNLIF AIEQYEKFLI HLSKKSKVSL MQHMK LSTS RDFKIKGNIL DMVLREDGED ENEEGTASEH GGQNKEPAKK KRKK UniProtKB: Fanconi anemia, complementation group I |
-分子 #2: Fanconi anemia group D2 protein
| 分子 | 名称: Fanconi anemia group D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 164.314516 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MVSKRRLSKS EDKESLTEDA SKTRKQPLSK KTKKSHIANE VEENDSIFVK LLKISGIILK TGESQNQLAV DQIAFQKKLF QTLRRHPSY PKIIEEFVSG LESYIEDEDS FRNCLLSCER LQDEEASMGA SYSKSLIKLL LGIDILQPAI IKTLFEKLPE Y FFENKNSD ...文字列: MVSKRRLSKS EDKESLTEDA SKTRKQPLSK KTKKSHIANE VEENDSIFVK LLKISGIILK TGESQNQLAV DQIAFQKKLF QTLRRHPSY PKIIEEFVSG LESYIEDEDS FRNCLLSCER LQDEEASMGA SYSKSLIKLL LGIDILQPAI IKTLFEKLPE Y FFENKNSD EINIPRLIVS QLKWLDRVVD GKDLTTKIMQ LISIAPENLQ HDIITSLPEI LGDSQHADVG KELSDLLIEN TS LTVPILD VLSSLRLDPN FLLKVRQLVM DKLSSIRLED LPVIIKFILH SVTAMDTLEV ISELREKLDL QHCVLPSRLQ ASQ VKLKSK GRASSSGNQE SSGQSCIILL FDVIKSAIRY EKTISEAWIK AIENTASVSE HKVFDLVMLF IIYSTNTQTK KYID RVLRN KIRSGCIQEQ LLQSTFSVHY LVLKDMCSSI LSLAQSLLHS LDQSIISFGS LLYKYAFKFF DTYCQQEVVG ALVTH ICSG NEAEVDTALD VLLELVVLNP SAMMMNAVFV KGILDYLDNI SPQQIRKLFY VLSTLAFSKQ NEASSHIQDD MHLVIR KQL SSTVFKYKLI GIIGAVTMAG IMAADRSESP SLTQERANLS DEQCTQVTSL LQLVHSCSEQ SPQASALYYD EFANLIQ HE KLDPKALEWV GQTICNDFQD AFVVDSCVVP EGDFPFPVKA LYGLEEYDTQ NGIAINLLPL LFSQDFAKDG GPVTSQES G QKLVSPLCLA PYFRLLRLCV ERQHNGNLEE IDGLLDCPIF LTDLEPGEKL ESMSAKERSF MCSLIFLTLN WFREIVNAF CQETSPEMKG KVLTRLKHIV ELQIILEKYL AVTPDYVPPL GNFDVETLDI TPHTVTAISA KIRKKGKIER KQKTDGSKTS SSDTLSEEK NSECDPTPSH RGQLNKEFTG KEEKTSLLLH NSHAFFRELD IEVFSILHCG LVTKFILDTE MHTEATEVVQ L GPPELLFL LEDLSQKLES MLTPPIARRV PFLKNKGSRN IGFSHLQQRS AQEIVHCVFQ LLTPMCNHLE NIHNYFQCLA AE NHGVVDG PGVKVQEYHI MSSCYQRLLQ IFHGLFAWSG FSQPENQNLL YSALHVLSSR LKQGEHSQPL EELLSQSVHY LQN FHQSIP SFQCALYLIR LLMVILEKST ASAQNKEKIA SLARQFLCRV WPSGDKEKSN ISNDQLHALL CIYLEHTESI LKAI EEIAG VGVPELINSP KDASSSTFPT LTRHTFVVFF RVMMAELEKT VKKIEPGTAA DSQQIHEEKL LYWNMAVRDF SILIN LIKV FDSHPVLHVC LKYGRLFVEA FLKQCMPLLD FSFRKHREDV LSLLETFQLD TRLLHHLCGH SKIHQDTRLT QHVPLL KKT LELLVCRVKA MLTLNNCREA FWLGNLKNRD LQGEEIKSQN SQESTADESE DDMSSQASKS KATEDGEEDE VSAGEKE QD SDESYDDSD UniProtKB: Fanconi anemia group D2 protein |
-分子 #3: DNA (26-MER)
| 分子 | 名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 8.411627 KDa |
| 配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) |
-分子 #4: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
| 分子 | 名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 5.430513 KDa |
| 配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) |
-分子 #5: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
| 分子 | 名称: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3') タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 4.653145 KDa |
| 配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA) |
-分子 #6: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
| 分子 | 名称: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 4.822127 KDa |
| 配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 緩衝液 | pH: 8 |
|---|---|
| グリッド | 詳細: unspecified |
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
| 初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
|---|---|
| 最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 231943 |
| 初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) |
| 最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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キーワード
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
米国, 1件
引用
UCSF Chimera



















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