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- EMDB-23792: CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the latera... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23792
タイトルCryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of influenza virus H1 HA
マップデータCryoEM map of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA
試料
  • 複合体: CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA
    • 複合体: monoclonal Fab 045-09 2B05
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of monoclonal antibody 045-09 2B05
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of monoclonal antibody 045-09 2B05
    • 複合体: Hemagglutininヘマグルチニン
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Han J / Ward A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021
タイトル: First exposure to the pandemic H1N1 virus induced broadly neutralizing antibodies targeting hemagglutinin head epitopes.
著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Lei Li / Alec W Freyn / Sean T H Liu / Olivia Stovicek / Christopher T Stamper / Haley L Dugan / Micah E Tepora / Henry A Utset / Dalia J Bitar / Natalie J ...著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Lei Li / Alec W Freyn / Sean T H Liu / Olivia Stovicek / Christopher T Stamper / Haley L Dugan / Micah E Tepora / Henry A Utset / Dalia J Bitar / Natalie J Hamel / Siriruk Changrob / Nai-Ying Zheng / Min Huang / Florian Krammer / Raffael Nachbagauer / Peter Palese / Andrew B Ward / Patrick C Wilson /
要旨: Broadly neutralizing antibodies are critical for protection against both drifted and shifted influenza viruses. Here, we reveal that first exposure to the 2009 pandemic H1N1 influenza virus recalls ...Broadly neutralizing antibodies are critical for protection against both drifted and shifted influenza viruses. Here, we reveal that first exposure to the 2009 pandemic H1N1 influenza virus recalls memory B cells that are specific to the conserved receptor-binding site (RBS) or lateral patch epitopes of the hemagglutinin (HA) head domain. Monoclonal antibodies (mAbs) generated against these epitopes are broadly neutralizing against H1N1 viruses spanning 40 years of viral evolution and provide potent protection in vivo. Lateral patch-targeting antibodies demonstrated near universal binding to H1 viruses, and RBS-binding antibodies commonly cross-reacted with H3N2 viruses and influenza B viruses. Lateral patch-targeting mAbs were restricted to expressing the variable heavy-chain gene VH3-23 with or without the variable kappa-chain gene VK1-33 and often had a Y-x-R motif within the heavy-chain complementarity determining region 3 to make key contacts with HA. Moreover, lateral patch antibodies that used both VH3-23 and VK1-33 maintained neutralizing capability with recent pH1N1 strains that acquired mutations near the lateral patch. RBS-binding mAbs used a diverse repertoire but targeted the RBS epitope similarly and made extensive contacts with the major antigenic site Sb. Together, our data indicate that RBS- and lateral patch-targeting clones are abundant within the human memory B cell pool, and universal vaccine strategies should aim to drive antibodies against both conserved head and stalk epitopes.
履歴
登録2021年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2021年7月28日-
現状2021年7月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.389
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.389
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mem
  • 表面レベル: 0.389
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7mem
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23792.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.389 / ムービー #1: 0.389
最小 - 最大-1.3803498 - 2.1330953
平均 (標準偏差)-0.00029952542 (±0.055529073)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 329.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z329.600329.600329.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-1.3802.133-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23792_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map of monoclonal Fab 045-09 2B05...

ファイルemd_23792_half_map_1.map
注釈CryoEM half map of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map of monoclonal Fab 045-09 2B05...

ファイルemd_23792_half_map_2.map
注釈CryoEM half map of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the latera...

全体名称: CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA
要素
  • 複合体: CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA
    • 複合体: monoclonal Fab 045-09 2B05
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of monoclonal antibody 045-09 2B05
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of monoclonal antibody 045-09 2B05
    • 複合体: Hemagglutininヘマグルチニン
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the latera...

超分子名称: CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: monoclonal Fab 045-09 2B05

超分子名称: monoclonal Fab 045-09 2B05 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Hemagglutinin

超分子名称: Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1
分子量理論値: 36.729402 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ADPGDTLCIG YHANNSTDTV DTVLEKNVTV THSVNLLEDK HNGKLCKLRG VAPLHLGKCN IAGWILGNPE CESLSTASSW SYIVETPSS DNGTCYPGDF IDYEELREQL SSVSSFERFE IFPKTSSWPN HDSNKGVTAA CPHAGAKSFY KNLIWLVKKG N SYPKLSKS ...文字列:
ADPGDTLCIG YHANNSTDTV DTVLEKNVTV THSVNLLEDK HNGKLCKLRG VAPLHLGKCN IAGWILGNPE CESLSTASSW SYIVETPSS DNGTCYPGDF IDYEELREQL SSVSSFERFE IFPKTSSWPN HDSNKGVTAA CPHAGAKSFY KNLIWLVKKG N SYPKLSKS YINDKGKEVL VLWGIHHPST SADQQSLYQN ADTYVFVGSS RYSKKFKPEI AIRPKVRDQE GRMNYYWTLV EP GDKITFE ATGNLVVPRY AFAMERNAGS GIIISDTPVH DCNTTCQTPK GAINTSLPFQ NIHPITIGKC PKYVKSTKLR LAT GLRNIP SIQSR

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分子 #2: Light chain of monoclonal antibody 045-09 2B05

分子名称: Light chain of monoclonal antibody 045-09 2B05 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: B cell
分子量理論値: 11.76912 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSAFVGDRVT IACQASQDIR IHLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLEAGVPS RFSGSGSGTD FTFTISSLQP EDIATYYCQ HYHNLPRTFG GGTKVEIK

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分子 #3: Heavy chain of monoclonal antibody 045-09 2B05

分子名称: Heavy chain of monoclonal antibody 045-09 2B05 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: B cell
分子量理論値: 12.805238 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VQLLESGGGL VQPGGSLSLS CAASGFTFSS FAMSWVRQAP VKGLEWVSMI SAGGGNTYYA DSVKGRFTIS RDNSKSTLYL QMSSLTAED TAVYYCAKSD SSGFQYGRRE FWGQGTLVTV S

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分子 #4: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1
分子量理論値: 19.904998 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADLKS TQNAIDGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NHLEKRIENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD YHDSNVKNLY EKVRSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCDNTCM ESVKNGTYDY P KYSEEAKL NREEID

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS + LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 49.27 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 27888
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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