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万見
- EMDB-2369: The Respiratory Syncytial Virus nucleoprotein-RNA complex forms a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2369
タイトルThe Respiratory Syncytial Virus nucleoprotein-RNA complex forms a left-handed helical nucleocapsid.
マップデータSub-tomogram average of purified RSV nucleocapsid
試料
  • 試料: Purified recombinant RSV nucleocapsids.
  • ウイルス: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
キーワードRespiratory Syncytial Virus / nucleocapsid / cryo-electron tomography / sub-tomogram averaging
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Respiratory syncytial virus genome replication / helical viral capsid / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry ...Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Respiratory syncytial virus genome replication / helical viral capsid / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus nucleocapsid protein / Pneumovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / ネガティブ染色法
データ登録者Bakker SE / Duquerroy S / Galloux M / Loney C / Conner E / Eleouet JF / Rey FA / Bhella D
引用ジャーナル: J Gen Virol / 年: 2013
タイトル: The respiratory syncytial virus nucleoprotein-RNA complex forms a left-handed helical nucleocapsid.
著者: Saskia E Bakker / Stéphane Duquerroy / Marie Galloux / Colin Loney / Edward Conner / Jean-François Eléouët / Félix A Rey / David Bhella /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen. Its nucleocapsid (NC), which comprises the negative sense RNA viral genome coated by the viral nucleoprotein N, is a critical ...Respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen. Its nucleocapsid (NC), which comprises the negative sense RNA viral genome coated by the viral nucleoprotein N, is a critical assembly that serves as template for both mRNA synthesis and genome replication. We have previously described the X-ray structure of an NC-like structure: a decameric ring formed of N-RNA that mimics one turn of the helical NC. In the absence of experimental data we had hypothesized that the NC helix would be right-handed, as the N-N contacts in the ring appeared to more easily adapt to that conformation. We now unambiguously show that the RSV NC is a left-handed helix. We further show that the contacts in the ring can be distorted to maintain key N-N-protein interactions in a left-handed helix, and discuss the implications of the resulting atomic model of the helical NC for viral replication and transcription.
履歴
登録2013年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月8日-
マップ公開2013年5月29日-
更新2013年7月24日-
現状2013年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.66
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.66
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4bkk
  • 表面レベル: 0.66
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4bkk
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2369.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2369.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of purified RSV nucleocapsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 416. Å		6.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 416. Å		6.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 416. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.66 / ムービー #1: 0.66
最小 - 最大-2.29873204 - 1.89033198
平均 (標準偏差)-0.0025243 (±0.4238916)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 416.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.56.56.5
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z416.000416.000416.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-2.2991.890-0.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Purified recombinant RSV nucleocapsids.

全体名称: Purified recombinant RSV nucleocapsids.
要素
  • 試料: Purified recombinant RSV nucleocapsids.
  • ウイルス: Respiratory syncytial virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Purified recombinant RSV nucleocapsids.

超分子名称: Purified recombinant RSV nucleocapsids. / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: variable helices / Number unique components: 1

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超分子 #1: Respiratory syncytial virus

超分子名称: Respiratory syncytial virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: RSV / 詳細: Purified recombinant nucleocapsid / NCBI-ID: 12814 / 生物種: Respiratory syncytial virus / ウイルスタイプ: OTHER / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: RSV
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf21 / 組換プラスミド: Rbac69

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl, 10 mM EDTA
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Protein preparations were mixed with 10 nm colloidal gold and loaded onto freshly glow-discharged perforated C-flat carbon films (CF-22-2C, Protochips Inc.). Grids were then washed in 0.1% ...詳細: Protein preparations were mixed with 10 nm colloidal gold and loaded onto freshly glow-discharged perforated C-flat carbon films (CF-22-2C, Protochips Inc.). Grids were then washed in 0.1% trehalose, and stained using 5% ammonium molybdate (pH 7.4) and 0.1% trehalose, drained and allowed to dry in air
グリッド詳細: Glow-discharged perforated C-flat carbon films (CF-22-2C, Protochips Inc.)
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FSC
温度最低: 97 K / 最高: 293 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 100k times mag in digital micrograph
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Jeol
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 30.0 eV
詳細Room temperature stained grids imaged at LN2 temperatures.
日付2010年7月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 9 / 平均電子線量: 131 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °

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画像解析

詳細Subtomograms were manually picked. A starting model was obtained by manually aligning 100 subtomograms, all subtomograms were aligned to this starting model. To mitigate missing wedge artefacts, the orientations around the helical axis were randomised before further alignment.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: Etomo, Dynamo / 詳細: Subtomograms were picked from nine tomograms. / 使用したサブトモグラム数: 911
最終 3次元分類クラス数: 1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2wj8

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-4bkk:
The Respiratory Syncytial Virus nucleoprotein-RNA complex forms a left-handed helical nucleocapsid.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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