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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23544 | |||||||||
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タイトル | Human phosphofructokinase-1 liver type bound to activator NA-11 | |||||||||
![]() | Human phosphofructokinase-1 liver type bound to activator NA-11 | |||||||||
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![]() | glycolysis / phosphofructokinase / liver type / activated / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() fructose binding / 6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis ...fructose binding / 6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis / AMP binding / negative regulation of insulin secretion / response to glucose / glycolytic process / kinase binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Lynch EM / Kollman JM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Selective activation of PFKL suppresses the phagocytic oxidative burst. 著者: Neri Amara / Madison P Cooper / Maria A Voronkova / Bradley A Webb / Eric M Lynch / Justin M Kollman / Taylur Ma / Kebing Yu / Zijuan Lai / Dewakar Sangaraju / Nobuhiko Kayagaki / Kim Newton ...著者: Neri Amara / Madison P Cooper / Maria A Voronkova / Bradley A Webb / Eric M Lynch / Justin M Kollman / Taylur Ma / Kebing Yu / Zijuan Lai / Dewakar Sangaraju / Nobuhiko Kayagaki / Kim Newton / Matthew Bogyo / Steven T Staben / Vishva M Dixit / ![]() 要旨: In neutrophils, nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) generated via the pentose phosphate pathway fuels NADPH oxidase NOX2 to produce reactive oxygen species for killing invading ...In neutrophils, nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) generated via the pentose phosphate pathway fuels NADPH oxidase NOX2 to produce reactive oxygen species for killing invading pathogens. However, excessive NOX2 activity can exacerbate inflammation, as in acute respiratory distress syndrome (ARDS). Here, we use two unbiased chemical proteomic strategies to show that small-molecule LDC7559, or a more potent designed analog NA-11, inhibits the NOX2-dependent oxidative burst in neutrophils by activating the glycolytic enzyme phosphofructokinase-1 liver type (PFKL) and dampening flux through the pentose phosphate pathway. Accordingly, neutrophils treated with NA-11 had reduced NOX2-dependent outputs, including neutrophil cell death (NETosis) and tissue damage. A high-resolution structure of PFKL confirmed binding of NA-11 to the AMP/ADP allosteric activation site and explained why NA-11 failed to agonize phosphofructokinase-1 platelet type (PFKP) or muscle type (PFKM). Thus, NA-11 represents a tool for selective activation of PFKL, the main phosphofructokinase-1 isoform expressed in immune cells. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 11 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 238.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 384.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 384.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Human phosphofructokinase-1 liver type bound to activator NA-11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human phosphofructokinase-1 liver type bound to activator NA-11
全体 | 名称: Human phosphofructokinase-1 liver type bound to activator NA-11 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human phosphofructokinase-1 liver type bound to activator NA-11
超分子 | 名称: Human phosphofructokinase-1 liver type bound to activator NA-11 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, liver type
分子 | 名称: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, liver type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6-phosphofructokinase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 85.120375 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAAVDLEKLR ASGAGKAIGV LTSGGDAQGM NAAVRAVTRM GIYVGAKVFL IYEGYEGLVE GGENIKQANW LSVSNIIQLG GTIIGSARC KAFTTREGRR AAAYNLVQHG ITNLCVIGGD GSLTGANIFR SEWGSLLEEL VAEGKISETT ARTYSHLNIA G LVGSIDND ...文字列: MAAVDLEKLR ASGAGKAIGV LTSGGDAQGM NAAVRAVTRM GIYVGAKVFL IYEGYEGLVE GGENIKQANW LSVSNIIQLG GTIIGSARC KAFTTREGRR AAAYNLVQHG ITNLCVIGGD GSLTGANIFR SEWGSLLEEL VAEGKISETT ARTYSHLNIA G LVGSIDND FCGTDMTIGT DSALHRIMEV IDAITTTAQS HQRTFVLEVM GRHCGYLALV SALASGADWL FIPEAPPEDG WE NFMCERL GETRSRGSRL NIIIIAEGAI DRNGKPISSS YVKDLVVQRL GFDTRVTVLG HVQRGGTPSA FDRILSSKMG MEA VMALLE ATPDTPACVV TLSGNQSVRL PLMECVQMTK EVQKAMDDKR FDEATQLRGG SFENNWNIYK LLAHQKPPKE KSNF SLAIL NVGAPAAGMN AAVRSAVRTG ISHGHTVYVV HDGFEGLAKG QVQEVGWHDV AGWLGRGGSM LGTKRTLPKG QLESI VENI RIYGIHALLV VGGFEAYEGV LQLVEARGRY EELCIVMCVI PATISNNVPG TDFSLGSDTA VNAAMESCDR IKQSAS GTK RRVFIVETMG GYCGYLATVT GIAVGADAAY VFEDPFNIHD LKVNVEHMTE KMKTDIQRGL VLRNEKCHDY YTTEFLY NL YSSEGKGVFD CRTNVLGHLQ QGGAPTPFDR NYGTKLGVKA MLWLSEKLRE VYRKGRVFAN APDSACVIGL KKKAVAFS P VTELKKDTDF EHRMPREQWW LSLRLMLKML AQYRISMAAY VSGELEHVTR RTLSMDKGF UniProtKB: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, liver type |
-分子 #2: N-{(11S)-2-[2-(5-hydroxypent-1-yn-1-yl)phenyl]-4H,10H-pyrazolo[5,...
分子 | 名称: N-{(11S)-2-[2-(5-hydroxypent-1-yn-1-yl)phenyl]-4H,10H-pyrazolo[5,1-c][1,4]benzoxazepin-7-yl}acetamide タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: YG1 |
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分子量 | 理論値: 401.458 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-YG1: |
-分子 #3: 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
分子 | 名称: 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: FBP |
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分子量 | 理論値: 340.116 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-FBP: |
-分子 #4: 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
分子 | 名称: 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: F6P |
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分子量 | 理論値: 260.136 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-F6P: |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2529 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 90.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |