[日本語] English
万見
- EMDB-23292: The composite LBD-TMD structure combined from all hippocampal AMP... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23292
タイトルThe composite LBD-TMD structure combined from all hippocampal AMPAR subtypes at 3.25 Angstrom resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Composite LBD-TMD complex from the combined hippocampal AMPAR subtypes
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 7種
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / negative regulation of receptor localization to synapse / negative regulation of anterograde synaptic vesicle transport / Cargo concentration in the ER / LGI-ADAM interactions / COPII-mediated vesicle transport / Trafficking of AMPA receptors / localization within membrane / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome ...Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / negative regulation of receptor localization to synapse / negative regulation of anterograde synaptic vesicle transport / Cargo concentration in the ER / LGI-ADAM interactions / COPII-mediated vesicle transport / Trafficking of AMPA receptors / localization within membrane / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of AMPA receptor activity / neurotransmitter receptor internalization / channel regulator activity / protein phosphatase 2B binding / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / transmission of nerve impulse / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / AMPA glutamate receptor complex / calcium channel regulator activity / voltage-gated calcium channel activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / glutamate-gated receptor activity / dendrite membrane / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / dendritic shaft / synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / postsynaptic membrane / dendritic spine / membrane => GO:0016020 / postsynaptic density / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-8 subunit / Cornichon / Cornichon, conserved site / Cornichon protein / Cornichon family signature. / Cornichon / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-8 subunit / Cornichon / Cornichon, conserved site / Cornichon protein / Cornichon family signature. / Cornichon / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor / Protein cornichon homolog 2 / Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Yu J / Rao P / Gouaux E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS038631 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Hippocampal AMPA receptor assemblies and mechanism of allosteric inhibition.
著者: Jie Yu / Prashant Rao / Sarah Clark / Jaba Mitra / Taekjip Ha / Eric Gouaux /
要旨: AMPA-selective glutamate receptors mediate the transduction of signals between the neuronal circuits of the hippocampus. The trafficking, localization, kinetics and pharmacology of AMPA receptors are ...AMPA-selective glutamate receptors mediate the transduction of signals between the neuronal circuits of the hippocampus. The trafficking, localization, kinetics and pharmacology of AMPA receptors are tuned by an ensemble of auxiliary protein subunits, which are integral membrane proteins that associate with the receptor to yield bona fide receptor signalling complexes. Thus far, extensive studies of recombinant AMPA receptor-auxiliary subunit complexes using engineered protein constructs have not been able to faithfully elucidate the molecular architecture of hippocampal AMPA receptor complexes. Here we obtain mouse hippocampal, calcium-impermeable AMPA receptor complexes using immunoaffinity purification and use single-molecule fluorescence and cryo-electron microscopy experiments to elucidate three major AMPA receptor-auxiliary subunit complexes. The GluA1-GluA2, GluA1-GluA2-GluA3 and GluA2-GluA3 receptors are the predominant assemblies, with the auxiliary subunits TARP-γ8 and CNIH2-SynDIG4 non-stochastically positioned at the B'/D' and A'/C' positions, respectively. We further demonstrate how the receptor-TARP-γ8 stoichiometry explains the mechanism of and submaximal inhibition by a clinically relevant, brain-region-specific allosteric inhibitor.
履歴
登録2021年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月12日-
マップ公開2021年5月12日-
更新2021年6月30日-
現状2021年6月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lep
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23292.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1035 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.156 / ムービー #1: 0.16
最小 - 最大-0.78660184 - 1.1914166
平均 (標準偏差)-0.0003990681 (±0.02026142)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 441.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.10351.10351.1035
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z441.400441.400441.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.7871.191-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Composite LBD-TMD complex from the combined hippocampal AMPAR subtypes

全体名称: Composite LBD-TMD complex from the combined hippocampal AMPAR subtypes
要素
  • 複合体: Composite LBD-TMD complex from the combined hippocampal AMPAR subtypes
    • タンパク質・ペプチド: Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4)
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX)
    • タンパク質・ペプチド: Protein cornichon homolog 2
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
  • リガンド: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: TETRADECANE
  • リガンド: DECANE
  • リガンド: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
  • リガンド: N-OCTANE
  • リガンド: DODECANE

+
超分子 #1: Composite LBD-TMD complex from the combined hippocampal AMPAR subtypes

超分子名称: Composite LBD-TMD complex from the combined hippocampal AMPAR subtypes
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / 詳細: Bound with MPQX and JNJ55511118
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4)

分子名称: Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 43.650676 KDa
配列文字列: TAAVTTIAEA PYVMLKKNAA AAEGNAAYEG YCVALAAEIA KHAGAAYAAA IVADGKYGAR DAATKAWNGM VGELVYGRAA AAAAPLTIT LVREEVIDFS KPFMSLGISI MIKKPQKSKP GVFSFLDPLA YEIWMCIVFA YIGVSVVLFL VSRFS(UNK) (UNK)(UNK) ...文字列:
TAAVTTIAEA PYVMLKKNAA AAEGNAAYEG YCVALAAEIA KHAGAAYAAA IVADGKYGAR DAATKAWNGM VGELVYGRAA AAAAPLTIT LVREEVIDFS KPFMSLGISI MIKKPQKSKP GVFSFLDPLA YEIWMCIVFA YIGVSVVLFL VSRFS(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)NEF GIFNSLWFSL GAFMQQGCDI SPRSLSG RI VGGVWWFFTL IIISSYTANL AAFLTVERMV SPIESAEDLA KQTEIAYGTL AAGSTKEFFR RSKIAVAAKM WAYMASAE P SVFAATTAAG AARVRKAKGK AAALLESTMN EYIEQRKPCD TMKVGGNLDS KGYGAATPKG SALRAPVNLA VLKLAEQGA LDKLKNKWWY DKGECGAAAA ASKAKTSALS LSNVAGVFYI LAGGLGLAMA VALIEFCYK

+
分子 #2: Glutamate receptor 2

分子名称: Glutamate receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 47.252312 KDa
配列文字列: VVTTILESPY VMMKKNHEML EGNERYEGYC VDLAAEIAKH CGFKYKLTIV GDGKYGARDA DTKIWNGMVG ELVYGKADIA IAPLTITLV REEVIDFSKP FMSLGISIMI KKPQKSKPGV FSFLDPLAYE IWMCIVFAYI GVSVVLFLVS RFSPYEWHTE E FEDGRETQ ...文字列:
VVTTILESPY VMMKKNHEML EGNERYEGYC VDLAAEIAKH CGFKYKLTIV GDGKYGARDA DTKIWNGMVG ELVYGKADIA IAPLTITLV REEVIDFSKP FMSLGISIMI KKPQKSKPGV FSFLDPLAYE IWMCIVFAYI GVSVVLFLVS RFSPYEWHTE E FEDGRETQ SSESTNEFGI FNSLWFSLGA FMRQGCDISP RSLSGRIVGG VWWFFTLIII SSYTANLAAF LTVERMVSPI ES AEDLSKQ TEIAYGTLDS GSTKEFFRRS KIAVFDKMWT YMRSAEPSVF VRTTAEGVAR VRKSKGKYAY LLESTMNEYI EQR KPCDTM KVGGNLDSKG YGIATPKGSS LGNAVNLAVL KLNEEGLLDK LKNKWWYDKG ECGSGGGDSK EKTSALSLSN VAGV FYILV GGLGLAMLVA LIEFCYKSR

+
分子 #3: Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX)

分子名称: Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 43.702637 KDa
配列文字列: TAVVTTILED PYVMAKKNAA AAEGNAAYEG YCVALAAEIA KHAAYAYAAA IVADGKYGAR DAATKAWNGM VGELVYGAAD AAAAPLTIT LVREEVIDFS KPFMSLGISI MIKKPQKSKP GVFSFLDPLA YEIWMCIVFA YIGVSVVLFL VSRFS(UNK) (UNK)(UNK) ...文字列:
TAVVTTILED PYVMAKKNAA AAEGNAAYEG YCVALAAEIA KHAAYAYAAA IVADGKYGAR DAATKAWNGM VGELVYGAAD AAAAPLTIT LVREEVIDFS KPFMSLGISI MIKKPQKSKP GVFSFLDPLA YEIWMCIVFA YIGVSVVLFL VSRFS(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)NEFG IFNSLWFSLG AFMQQGCDIS PRSLSGRIVG G VWWFFTLI IISSYTANLA AFLTVERMVS PIESAEDLAK QTEIAYGTLA AGSTKEFFRR SKIAVAAKMW AYMASAEPSV FA ATTAAGA ARVRKAKGKA AALLESTMNE YIEQRKPCDT MKVGGNLDSK GYGAATPKGS ALRAPVNLAV LKLAEQGALD KLK AKWWYD KGECGAAAAA SKDKTSALSL SNVAGVFYIL AGGLGLAMAV ALIEFCYK

+
分子 #4: Protein cornichon homolog 2

分子名称: Protein cornichon homolog 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 18.755152 KDa
配列文字列:
AFTFAAFCYM LTLVLCASLI FFVIWHIIAF DELRTDFKNP IDQGNPARAR ERLKNIERIC CLLRKLVVPE YSIHGLFCLM FLCAAEWVT LGLNIPLLFT HLWRYFHRPA DGSEVMYDAV SIMNADILNY CQKESWCKLA FYLLSFFYYL YSMVYTLVSF

+
分子 #5: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 23.242705 KDa
配列文字列: VQVLLTTIGA FSAFGLMTIA ISTDYWLYTR ALICNTTNLT AGDDGPPHRG GSGSSEKKDP GGLTHSGLWR ICCLEGLKRG VCVKINHFP EDTDYDHDSA EYLLRVVRAS SIFPILSAIL LLLGGVCVAA SRVYKSKRNI ILGAGILFVA AGLSNIIGVI V YISANAGE ...文字列:
VQVLLTTIGA FSAFGLMTIA ISTDYWLYTR ALICNTTNLT AGDDGPPHRG GSGSSEKKDP GGLTHSGLWR ICCLEGLKRG VCVKINHFP EDTDYDHDSA EYLLRVVRAS SIFPILSAIL LLLGGVCVAA SRVYKSKRNI ILGAGILFVA AGLSNIIGVI V YISANAGE PGPKRDEEKK NHYSYGWSFY FGGLSFILAE VIGVLAVNIY IERSREA

+
分子 #6: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquino...

分子名称: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZK1
分子量理論値: 409.254 Da
Chemical component information

ChemComp-ZK1:
{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / ZK-200775 / アンタゴニスト, 薬剤*YM

+
分子 #7: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 30 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

+
分子 #8: TETRADECANE

分子名称: TETRADECANE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: C14
分子量理論値: 198.388 Da
Chemical component information

ChemComp-C14:
TETRADECANE / テトラデカン

+
分子 #9: DECANE

分子名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: D10
分子量理論値: 142.282 Da
Chemical component information

ChemComp-D10:
DECANE / デカン

+
分子 #10: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol

分子名称: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: XVD
分子量理論値: 328.674 Da
Chemical component information

ChemComp-XVD:
6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol

+
分子 #11: N-OCTANE

分子名称: N-OCTANE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: OCT
分子量理論値: 114.229 Da
Chemical component information

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

+
分子 #12: DODECANE

分子名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: D12
分子量理論値: 170.335 Da
Chemical component information

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: The LBD-TMD GluA1/GluA2 hippocampal AMPAR complex
詳細: We used the LBD-TMD GluA1/GluA2 model as the initial template.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 116710
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る