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万見
- EMDB-23024: PRC2:EZH1_A from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23024
タイトルPRC2:EZH1_A from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome
マップデータPRC2:EZH1_A from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome
試料
  • 複合体: PRC2:EZH1_A from a PRC2:EZH1 dimer bound to a nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone-lysine N-methyltransferase EZH1
    • タンパク質・ペプチド: Histone-binding protein RBBP4
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb protein SUZ12
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb protein EED
  • リガンド: ZINC ION
キーワードChromatin / methyltransferase / nucleosome-modifying complex / GENE REGULATION / GENE REGULATION-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / sex chromatin / CAF-1 complex / histone H3K27 trimethyltransferase activity / random inactivation of X chromosome / facultative heterochromatin formation / histone H3K27 methyltransferase activity / NURF complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance ...[histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / sex chromatin / CAF-1 complex / histone H3K27 trimethyltransferase activity / random inactivation of X chromosome / facultative heterochromatin formation / histone H3K27 methyltransferase activity / NURF complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / chromatin silencing complex / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / regulation of stem cell differentiation / NuRD complex / ESC/E(Z) complex / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / RSC-type complex / Polo-like kinase mediated events / lncRNA binding / spinal cord development / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / histone methyltransferase activity / G1/S-Specific Transcription / ATPase complex / oligodendrocyte differentiation / Transcriptional Regulation by E2F6 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / negative regulation of cell differentiation / histone deacetylase complex / G0 and Early G1 / subtelomeric heterochromatin formation / anatomical structure morphogenesis / heterochromatin / heterochromatin formation / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / nucleosome binding / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / enzyme activator activity / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / methylated histone binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of cell migration / transcription corepressor binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / molecular condensate scaffold activity / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / hippocampus development / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brain development / chromatin DNA binding / PKMTs methylate histone lysines / histone deacetylase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / nucleosome assembly / chromosome / histone binding / methylation / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA replication / cell population proliferation / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / nuclear body / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
EZH1, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / : / Ezh2, MCSS domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain ...EZH1, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / : / Ezh2, MCSS domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain / CXC domain profile. / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SET domain profile. / SET domain / SANT/Myb domain / Zinc finger C2H2 type domain signature. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb protein EED / Histone-binding protein RBBP4 / Polycomb protein SUZ12 / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Grau DJ / Armache KJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM115882 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structures of monomeric and dimeric PRC2:EZH1 reveal flexible modules involved in chromatin compaction.
著者: Daniel Grau / Yixiao Zhang / Chul-Hwan Lee / Marco Valencia-Sánchez / Jenny Zhang / Miao Wang / Marlene Holder / Vladimir Svetlov / Dongyan Tan / Evgeny Nudler / Danny Reinberg / Thomas Walz ...著者: Daniel Grau / Yixiao Zhang / Chul-Hwan Lee / Marco Valencia-Sánchez / Jenny Zhang / Miao Wang / Marlene Holder / Vladimir Svetlov / Dongyan Tan / Evgeny Nudler / Danny Reinberg / Thomas Walz / Karim-Jean Armache /
要旨: Polycomb repressive complex 2 (PRC2) is a histone methyltransferase critical for maintaining gene silencing during eukaryotic development. In mammals, PRC2 activity is regulated in part by the ...Polycomb repressive complex 2 (PRC2) is a histone methyltransferase critical for maintaining gene silencing during eukaryotic development. In mammals, PRC2 activity is regulated in part by the selective incorporation of one of two paralogs of the catalytic subunit, EZH1 or EZH2. Each of these enzymes has specialized biological functions that may be partially explained by differences in the multivalent interactions they mediate with chromatin. Here, we present two cryo-EM structures of PRC2:EZH1, one as a monomer and a second one as a dimer bound to a nucleosome. When bound to nucleosome substrate, the PRC2:EZH1 dimer undergoes a dramatic conformational change. We demonstrate that mutation of a divergent EZH1/2 loop abrogates the nucleosome-binding and methyltransferase activities of PRC2:EZH1. Finally, we show that PRC2:EZH1 dimers are more effective than monomers at promoting chromatin compaction, and the divergent EZH1/2 loop is essential for this function, thereby tying together the methyltransferase, nucleosome-binding, and chromatin-compaction activities of PRC2:EZH1. We speculate that the conformational flexibility and the ability to dimerize enable PRC2 to act on the varied chromatin substrates it encounters in the cell.
履歴
登録2020年11月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月3日-
マップ公開2021年2月3日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ksr
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23024.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PRC2:EZH1_A from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.029805312 - 0.0433195
平均 (標準偏差)-0.000108560715 (±0.00093956623)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 405.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z405.000405.000405.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0300.043-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PRC2:EZH1_A from a PRC2:EZH1 dimer bound to a nucleosome

全体名称: PRC2:EZH1_A from a PRC2:EZH1 dimer bound to a nucleosome
要素
  • 複合体: PRC2:EZH1_A from a PRC2:EZH1 dimer bound to a nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone-lysine N-methyltransferase EZH1
    • タンパク質・ペプチド: Histone-binding protein RBBP4
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb protein SUZ12
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb protein EED
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: PRC2:EZH1_A from a PRC2:EZH1 dimer bound to a nucleosome

超分子名称: PRC2:EZH1_A from a PRC2:EZH1 dimer bound to a nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 266 KDa

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分子 #1: Histone-lysine N-methyltransferase EZH1

分子名称: Histone-lysine N-methyltransferase EZH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 85.394141 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEIPNPPTSK CITYWKRKVK SEYMRLRQLK RLQANMGAKA LYVANFAKVQ EKTQILNEEW KKLRVQPVQS MKPVSGHPFL KKCTIESIF PGFASQHMLM RSLNTVALVP IMYSWSPLQQ NFMVEDETVL CNIPYMGDEV KEEDETFIEE LINNYDGKVH G EEEMIPGS ...文字列:
MEIPNPPTSK CITYWKRKVK SEYMRLRQLK RLQANMGAKA LYVANFAKVQ EKTQILNEEW KKLRVQPVQS MKPVSGHPFL KKCTIESIF PGFASQHMLM RSLNTVALVP IMYSWSPLQQ NFMVEDETVL CNIPYMGDEV KEEDETFIEE LINNYDGKVH G EEEMIPGS VLISDAVFLE LVDALNQYSD EEEEGHNDTS DGKQDDSKED LPVTRKRKRH AIEGNKKSSK KQFPNDMIFS AI ASMFPEN GVPDDMKERY RELTEMSDPN ALPPQCTPNI DGPNAKSVQR EQSLHSFHTL FCRRCFKYDC FLHPFHATPN VYK RKNKEI KIEPEPCGTD CFLLLEGAKE YAMLHNPRSK CSGRRRRRHH IVSASCSNAS ASAVAETKEG DSDRDTGNDW ASSS SEANS RCQTPTKQKA SPAPPQLCVV EAPSEPVEWT GAEESLFRVF HGTYFNNFCS IARLLGTKTC KQVFQFAVKE SLILK LPTD ELMNPSQKKK RKHRLWAAHC RKIQLKKDNS STQVYNYQPC DHPDRPCDST CPCIMTQNFC EKFCQCNPDC QNRFPG CRC KTQCNTKQCP CYLAVRECDP DLCLTCGASE HWDCKVVSCK NCSIQRGLKK HLLLAPSDVA GWGTFIKESV QKNEFIS EY CGELISQDEA DRRGKVYDKY MSSFLFNLNN DFVVDATRKG NKIRFANHSV NPNCYAKVVM VNGDHRIGIF AKRAIQAG E ELFFDYRYSQ ADALKYVGIE RETDVL

UniProtKB: Histone-lysine N-methyltransferase EZH1

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分子 #2: Histone-binding protein RBBP4

分子名称: Histone-binding protein RBBP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.709527 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MADKEAAFDD AVEERVINEE YKIWKKNTPF LYDLVMTHAL EWPSLTAQWL PDVTRPEGKD FSIHRLVLGT HTSDEQNHLV IASVQLPND DAQFDASHYD SEKGEFGGFG SVSGKIEIEI KINHEGEVNR ARYMPQNPCI IATKTPSSDV LVFDYTKHPS K PDPSGECN ...文字列:
MADKEAAFDD AVEERVINEE YKIWKKNTPF LYDLVMTHAL EWPSLTAQWL PDVTRPEGKD FSIHRLVLGT HTSDEQNHLV IASVQLPND DAQFDASHYD SEKGEFGGFG SVSGKIEIEI KINHEGEVNR ARYMPQNPCI IATKTPSSDV LVFDYTKHPS K PDPSGECN PDLRLRGHQK EGYGLSWNPN LSGHLLSASD DHTICLWDIS AVPKEGKVVD AKTIFTGHTA VVEDVSWHLL HE SLFGSVA DDQKLMIWDT RSNNTSKPSH SVDAHTAEVN CLSFNPYSEF ILATGSADKT VALWDLRNLK LKLHSFESHK DEI FQVQWS PHNETILASS GTDRRLNVWD LSKIGEEQSP EDAEDGPPEL LFIHGGHTAK ISDFSWNPNE PWVICSVSED NIMQ VWQMA ENIYNDEDPE GSVDPEGQGS

UniProtKB: Histone-binding protein RBBP4

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分子 #3: Polycomb protein SUZ12

分子名称: Polycomb protein SUZ12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.181922 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAPQKHGGGG GGGSGPSAGS GGGGFGGSAA VAAATASGGK SGGGSCGGGG SYSASSSSSA AAAAGAAVLP VKKPKMEHVQ ADHELFLQA FEKPTQIYRF LRTRNLIAPI FLHRTLTYMS HRNSRTNIKR KTFKVDDMLS KVEKMKGEQE SHSLSAHLQL T FTGFFHKN ...文字列:
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UniProtKB: Polycomb protein SUZ12

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分子 #4: Polycomb protein EED

分子名称: Polycomb protein EED / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.267691 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSEREVSTAP AGTDMPAAKK QKLSSDENSN PDLSGDENDD AVSIESGTNT ERPDTPTNTP NAPGRKSWGK GKWKSKKCKY SFKCVNSLK EDHNQPLFGV QFNWHSKEGD PLVFATVGSN RVTLYECHSQ GEIRLLQSYV DADADENFYT CAWTYDSNTS H PLLAVAGS ...文字列:
MSEREVSTAP AGTDMPAAKK QKLSSDENSN PDLSGDENDD AVSIESGTNT ERPDTPTNTP NAPGRKSWGK GKWKSKKCKY SFKCVNSLK EDHNQPLFGV QFNWHSKEGD PLVFATVGSN RVTLYECHSQ GEIRLLQSYV DADADENFYT CAWTYDSNTS H PLLAVAGS RGIIRIINPI TMQCIKHYVG HGNAINELKF HPRDPNLLLS VSKDHALRLW NIQTDTLVAI FGGVEGHRDE VL SADYDLL GEKIMSCGMD HSLKLWRINS KRMMNAIKES YDYNPNKTNR PFISQKIHFP DFSTRDIHRN YVDCVRWLGD LIL SKSCEN AIVCWKPGKM EDDIDKIKPS ESNVTILGRF DYSQCDIWYM RFSMDFWQKM LALGNQVGKL YVWDLEVEDP HKAK CTTLT HHKCGAAIRQ TSFSRDSSIL IAVCDDASIW RWDRLR

UniProtKB: Polycomb protein EED

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
50.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
1.0 mMdithiothreitol
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3410000 / 詳細: Template based picking
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 18151
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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