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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22902 | |||||||||
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タイトル | The Cryo-EM Structure of Alcohol Dehyrogenase from Yeast in complex with NADH - Open Form | |||||||||
マップデータ | YADH - NADH | |||||||||
試料 |
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キーワード | Alcohol dehydrogenase / NADH / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Subramanian R / Chang L / Guntupalli SR | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021 タイトル: Cryo-Electron Microscopy Structures of Yeast Alcohol Dehydrogenase. 著者: Sai Rohit Guntupalli / Zhuang Li / Leifu Chang / Bryce V Plapp / Ramaswamy Subramanian / 要旨: Structures of yeast alcohol dehydrogenase determined by X-ray crystallography show that the subunits have two different conformational states in each of the two dimers that form the tetramer. ...Structures of yeast alcohol dehydrogenase determined by X-ray crystallography show that the subunits have two different conformational states in each of the two dimers that form the tetramer. Apoenzyme and holoenzyme complexes relevant to the catalytic mechanism were described, but the asymmetry led to questions about the cooperativity of the subunits in catalysis. This study used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to provide structures for the apoenzyme, two different binary complexes with NADH, and a ternary complex with NAD and 2,2,2-trifluoroethanol. All four subunits in each of these complexes are identical, as the tetramers have 2 symmetry, suggesting that there is no preexisting asymmetry and that the subunits can be independently active. The apoenzyme and one enzyme-NADH complex have "open" conformations and the inverted coordination of the catalytic zinc with Cys-43, His-66, Glu-67, and Cys-153, whereas another enzyme-NADH complex and the ternary complex have closed conformations with the classical coordination of the zinc with Cys-43, His-66, Cys-153, and a water or the oxygen of trifluoroethanol. The conformational change involves interactions of Arg-340 with the pyrophosphate group of the coenzyme and Glu-67. The cryo-EM and X-ray crystallography studies provide structures relevant for the catalytic mechanism. #1: ジャーナル: Arch Biochem Biophys / 年: 2016 タイトル: Mechanistic implications from structures of yeast alcohol dehydrogenase complexed with coenzyme and an alcohol. 著者: Plapp BV / Charlier HA / Ramaswamy S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22902.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22902-v30.xml emd-22902.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22902.png | 235 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22902.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22902 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22902 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22902_validation.pdf.gz | 376.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22902_full_validation.pdf.gz | 376 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22902_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22902_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22902 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22902 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22902.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | YADH - NADH | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sc Alcohol Dehydrogenase NADH Complex
全体 | 名称: Sc Alcohol Dehydrogenase NADH Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Sc Alcohol Dehydrogenase NADH Complex
超分子 | 名称: Sc Alcohol Dehydrogenase NADH Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 370 KDa |
-分子 #1: Alcohol dehydrogenase
分子 | 名称: Alcohol dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alcohol dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 36.881016 KDa |
配列 | 文字列: MSIPETQKGV IFYESHGKLE YKDIPVPKPK ANELLINVKY SGVCHTDLHA WHGDWPLPTK LPLVGGHEGA GVVVGMGENV KGWKIGDYA GIKWLNGSCM ACEYCELGNE SNCPHADLSG YTHDGSFQEY ATADAVQAAH IPQGTDLAEV APVLCAGITV Y KALKSANL ...文字列: MSIPETQKGV IFYESHGKLE YKDIPVPKPK ANELLINVKY SGVCHTDLHA WHGDWPLPTK LPLVGGHEGA GVVVGMGENV KGWKIGDYA GIKWLNGSCM ACEYCELGNE SNCPHADLSG YTHDGSFQEY ATADAVQAAH IPQGTDLAEV APVLCAGITV Y KALKSANL MAGHWVAISG AAGGLGSLAV QYAKAMGYRV LGIDGGEGKE ELFRSIGGEV FIDFTKEKDI VGAVLKATDG GA HGVINVS VSEAAIEAST RYVRANGTTV LVGMPAGAKC CSDVFNQVVK SISIVGSYVG NRADTREALD FFARGLVKSP IKV VGLSTL PEIYEKMEKG QIVGRYVVDT SK UniProtKB: alcohol dehydrogenase |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #3: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAD |
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分子量 | 理論値: 663.425 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.2 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: C4H11NO3 / 構成要素 - 名称: Tris 詳細: Tris HCl buffer 5mM with 200mM KCl adjusted to pH 8.2. |
グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
詳細 | Purified by Size Exclusion chromatography |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 476561 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: B / Chain - Residue range: 1-347 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 39.3 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient |
得られたモデル | PDB-7kjy: |