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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22589 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the nonameric EscV cytosolic domain from the type III secretion system | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Injectisome / Nonamer / Export Apparatus / Secretion / PROTEIN TRANSPORT | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) / Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Majewski DD / Lyons BJE | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM analysis of the SctV cytosolic domain from the enteropathogenic E. coli T3SS injectisome. 著者: Dorothy D Majewski / Bronwyn J E Lyons / Claire E Atkinson / Natalie C J Strynadka / 要旨: The bacterial injectisome and flagella both rely on type III secretion systems for their assembly. The syringe-like injectisome creates a continuous channel between the bacterium and the host cell, ...The bacterial injectisome and flagella both rely on type III secretion systems for their assembly. The syringe-like injectisome creates a continuous channel between the bacterium and the host cell, through which signal-modulating effector proteins are secreted. The inner membrane pore protein SctV controls the hierarchy of substrate selection and may also be involved in energizing secretion. We present the 4.7 Å cryo-EM structure of the SctV cytosolic domain (SctV) from the enteropathogenic Escherichia coli injectisome. SctV forms a nonameric ring with primarily electrostatic interactions between its subunits. Molecular dynamics simulations show that monomeric SctV maintains a closed conformation, in contrast with previous studies on flagellar homologue FlhA. Comparison with substrate-bound homologues suggest that a conformational change would be required to accommodate binding partners. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22589.map.gz | 14.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22589-v30.xml emd-22589.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22589_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22589.png | 67.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22589.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22589 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22589_validation.pdf.gz | 429.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22589_full_validation.pdf.gz | 428.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22589_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22589_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22589 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.852 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : EscV Cytosolic Nonamer Ring
全体 | 名称: EscV Cytosolic Nonamer Ring |
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要素 |
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-超分子 #1: EscV Cytosolic Nonamer Ring
超分子 | 名称: EscV Cytosolic Nonamer Ring / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 350 KDa |
-分子 #1: Translocator EscV
分子 | 名称: Translocator EscV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌) 株: E2348/69 / EPEC |
分子量 | 理論値: 39.081633 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMADLSNS QNISPGAEPL ILNLSSNIYS SDITQQIEVM RWNFFEESGI PLPKIIVNPV KNNDSAIEFL LYQESIYKDT LIDDTVYFE AGHAEISFEF VQEKLSTNSI VYKTNKTNQQ LAHLTGMDVY ATTNDKITFL LKKLVLSNAK EFIGVQETRY L MDIMERKY ...文字列: GSHMADLSNS QNISPGAEPL ILNLSSNIYS SDITQQIEVM RWNFFEESGI PLPKIIVNPV KNNDSAIEFL LYQESIYKDT LIDDTVYFE AGHAEISFEF VQEKLSTNSI VYKTNKTNQQ LAHLTGMDVY ATTNDKITFL LKKLVLSNAK EFIGVQETRY L MDIMERKY NELVKELQRQ LGLSKIVDIL QRLVEENVSI RDLRTIFETL IFWSTKEKDV VILCEYVRIA LRRHILGRYS VS GTLLNVW LIGSDIENEL RESIRQTSSG SYLNISPERT EQIIGFLKNI MNPTGNGVIL TALDIRRYVK KMIEGSFPSV PVL SFQEVG NNIELKVLGT VNDFRA UniProtKB: Translocator EscV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |