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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21533 | |||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of Inactive GABAB Heterodimer | |||||||||
マップデータ | Inactive state heterodimer of GABAB. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of synaptic transmission / axolemma / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic shaft / response to nicotine / Schaffer collateral - CA1 synapse / mitochondrial membrane / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / transmembrane signaling receptor activity / osteoblast differentiation / synaptic vesicle / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / dendritic spine / neuron projection / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Papasergi-Scott MM / Robertson MJ / Skiniotis G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structures of metabotropic GABA receptor. 著者: Makaía M Papasergi-Scott / Michael J Robertson / Alpay B Seven / Ouliana Panova / Jesper M Mathiesen / Georgios Skiniotis / 要旨: Stimulation of the metabotropic GABA receptor by γ-aminobutyric acid (GABA) results in prolonged inhibition of neurotransmission, which is central to brain physiology. GABA belongs to family C of ...Stimulation of the metabotropic GABA receptor by γ-aminobutyric acid (GABA) results in prolonged inhibition of neurotransmission, which is central to brain physiology. GABA belongs to family C of the G-protein-coupled receptors, which operate as dimers to transform synaptic neurotransmitter signals into a cellular response through the binding and activation of heterotrimeric G proteins. However, GABA is unique in its function as an obligate heterodimer in which agonist binding and G-protein activation take place on distinct subunits. Here we present cryo-electron microscopy structures of heterodimeric and homodimeric full-length GABA receptors. Complemented by cellular signalling assays and atomistic simulations, these structures reveal that extracellular loop 2 (ECL2) of GABA has an essential role in relaying structural transitions by ordering the linker that connects the extracellular ligand-binding domain to the transmembrane region. Furthermore, the ECL2 of each of the subunits of GABA caps and interacts with the hydrophilic head of a phospholipid that occupies the extracellular half of the transmembrane domain, thereby providing a potentially crucial link between ligand binding and the receptor core that engages G proteins. These results provide a starting framework through which to decipher the mechanistic modes of signal transduction mediated by GABA dimers, and have important implications for rational drug design that targets these receptors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21533.map.gz | 14.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21533-v30.xml emd-21533.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21533.png | 180.3 KB | ||
その他 | emd_21533_additional.map.gz | 13.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21533 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21533 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21533_validation.pdf.gz | 317.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21533_full_validation.pdf.gz | 317.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21533_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21533_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21533 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21533 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Inactive state heterodimer of GABAB. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8521 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Inactive state heterodimer of GABAB focused refinement on...
ファイル | emd_21533_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Inactive state heterodimer of GABAB focused refinement on VFT and linker region. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GABAB Heterodimer
全体 | 名称: GABAB Heterodimer |
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要素 |
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-超分子 #1: GABAB Heterodimer
超分子 | 名称: GABAB Heterodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
分子 | 名称: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 94.17357 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DYKDDDDKSH SPHLPRPHSR VPPHPSSERR AVYIGALFPM SGGWPGGQAC QPAVEMALED VNSRRDILPD YELKLIHHDS KCDPGQATK YLYELLYNDP IKIILMPGCS SVSTLVAEAA RMWNLIVLSY GSSSPALSNR QRFPTFFRTH PSATLHNPTR V KLFEKWGW ...文字列: DYKDDDDKSH SPHLPRPHSR VPPHPSSERR AVYIGALFPM SGGWPGGQAC QPAVEMALED VNSRRDILPD YELKLIHHDS KCDPGQATK YLYELLYNDP IKIILMPGCS SVSTLVAEAA RMWNLIVLSY GSSSPALSNR QRFPTFFRTH PSATLHNPTR V KLFEKWGW KKIATIQQTT EVFTSTLDDL EERVKEAGIE ITFRQSFFSD PAVPVKNLKR QDARIIVGLF YETEARKVFC EV YKERLFG KKYVWFLIGW YADNWFKIYD PSINCTVDEM TEAVEGHITT EIVMLNPANT RSISNMTSQE FVEKLTKRLK RHP EETGGF QEAPLAYDAI WALALALNKT SGGGGRSGVR LEDFNYNNQT ITDQIYRAMN SSSFEGVSGH VVFDASGSRM AWTL IEQLQ GGSYKKIGYY DSTKDDLSWS KTDKWIGGSP PADQTLVIKT FRFLSQKLFI SVSVLSSLGI VLAVVCLSFN IYNSH VRYI QNSQPNLNNL TAVGCSLALA AVFPLGLDGY HIGRNQFPFV CQARLWLLGL GFSLGYGSMF TKIWWVHTVF TKKEEK KEW RKTLEPWKLY ATVGLLVGMD VLTLAIWQIV DPLHRTIETF AKEEPKEDID VSILPQLEHC SSRKMNTWLG IFYGYKG LL LLLGIFLAYE TKSVSTEKIN DHRAVGMAIY NVAVLCLITA PVTMILSSQQ DAAFAFASLA IVFSSYITLV VLFVPKMR R LITRGEWQSE AQDTMKTGSS TNNNEEEKSR LLEKENRELE KIIAEKEERV SELRHQLQSR QQLRSRRHPP TPPEPSGGL PRGPPEPPDR LSCDGSRVHL LYKHHHHHH |
-分子 #2: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
分子 | 名称: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 102.799164 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DYKDDDDKWA RGAPRPPPSS PPLSIMGLMP LTKEVAKGSI GRGVLPAVEL AIEQIRNESL LRPYFLDLRL YDTECDNAKG LKAFYDAIK YGPNHLMVFG GVCPSVTSII AESLQGWNLV QLSFAATTPV LADKKKYPYF FRTVPSDNAV NPAILKLLKH Y QWKRVGTL ...文字列: DYKDDDDKWA RGAPRPPPSS PPLSIMGLMP LTKEVAKGSI GRGVLPAVEL AIEQIRNESL LRPYFLDLRL YDTECDNAKG LKAFYDAIK YGPNHLMVFG GVCPSVTSII AESLQGWNLV QLSFAATTPV LADKKKYPYF FRTVPSDNAV NPAILKLLKH Y QWKRVGTL TQDVQRFSEV RNDLTGVLYG EDIEISDTES FSNDPCTSVK KLKGNDVRII LGQFDQNMAA KVFCCAYEEN MY GSKYQWI IPGWYEPSWW EQVHTEANSS RCLRKNLLAA MEGYIGVDFE PLSSKQIKTI SGKTPQQYER EYNNKRSGVG PSK FHGYAY DGIWVIAKTL QRAMETLHAS SRHQRIQDFN YTDHTLGRII LNAMNETNFF GVTGQVVFRN GERMGTIKFT QFQD SREVK VGEYNAVADT LEIINDTIRF QGSEPPKDKT IILEQLRKIS LPLYSILSAL TILGMIMASA FLFFNIKNRN QKLIK MSSP YMNNLIILGG MLSYASIFLF GLDGSFVSEK TFETLCTVRT WILTVGYTTA FGAMFAKTWR VHAIFKNVKM KKKIIK DQK LLVIVGGMLL IDLCILICWQ AVDPLRRTVE KYSMEPDPAG RDISIRPLLE HCENTHMTIW LGIVYAYKGL LMLFGCF LA WETRNVSIPA LNDSKYIGMS VYNVGIMCII GAAVSFLTRD QPNVQFCIVA LVIIFCSTIT LCLVFVPKLI TLRTNPDA A TQNRRFQFTQ NQKKEDSKTS TSVTSVNQAS TSRLEGLQSE NHRLRMKITE LDKDLEEVTM QLQDTPEKTT YIKQNHYQE LNDILNLGNF TESTDGGKAI LKNHLDQNPQ LQWNTTEPSR TCKDPIEDIN SPEHIQRRLS LQLPILHHAY LPSIGGVDAS CVSPCVSPT ASPRHRHVPP SFRVMVSGL |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #5: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadeca...
分子 | 名称: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: L9Q |
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分子量 | 理論値: 746.05 Da |
Chemical component information | ChemComp-L9Q: |
-分子 #6: [(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidany...
分子 | 名称: [(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidanyl-propyl]-(phenylmethyl)phosphinic acid タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SGG |
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分子量 | 理論値: 402.252 Da |
Chemical component information | ChemComp-SGG: |
-分子 #7: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 60.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |