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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21502 | |||||||||
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タイトル | Structure of Dip1-activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament | |||||||||
マップデータ | Dip1 activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament composite focused map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to actin cortical patch / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch organization / Neutrophil degranulation / medial cortex / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell cortex of cell tip / actin cortical patch localization ...protein localization to actin cortical patch / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch organization / Neutrophil degranulation / medial cortex / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell cortex of cell tip / actin cortical patch localization / actin cortical patch assembly / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex binding / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell tip / actin cortical patch / cell septum / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / cortical actin cytoskeleton organization / cytoskeletal motor activator activity / establishment or maintenance of cell polarity / tropomyosin binding / cell division site / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / mitotic cytokinesis / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / lamellipodium / cell cortex / cell body / toxin activity / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) / Fission yeast (分裂酵母) / Rabbit (ウサギ) / death cap (タマゴテングタケ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Shaaban M / Nolen BJ / Chowdhury S | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM reveals the transition of Arp2/3 complex from inactive to nucleation-competent state. 著者: Mohammed Shaaban / Saikat Chowdhury / Brad J Nolen / 要旨: Arp2/3 complex, a crucial actin filament nucleator, undergoes structural rearrangements during activation by nucleation-promoting factors (NPFs). However, the conformational pathway leading to the ...Arp2/3 complex, a crucial actin filament nucleator, undergoes structural rearrangements during activation by nucleation-promoting factors (NPFs). However, the conformational pathway leading to the nucleation-competent state is unclear due to lack of high-resolution structures of the activated state. Here we report a ~3.9 Å resolution cryo-EM structure of activated Schizosaccharomyces pombe Arp2/3 complex bound to the S. pombe NPF Dip1 and attached to the end of the nucleated actin filament. The structure reveals global and local conformational changes that allow the two actin-related proteins in Arp2/3 complex to mimic a filamentous actin dimer and template nucleation. Activation occurs through a clamp-twisting mechanism, in which Dip1 forces two core subunits in Arp2/3 complex to pivot around one another, shifting half of the complex into a new activated position. By showing how Dip1 stimulates activation, the structure reveals how NPFs can activate Arp2/3 complex in diverse cellular processes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21502.map.gz | 3.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21502-v30.xml emd-21502.xml | 38.8 KB 38.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21502_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21502.png | 126 KB | ||
マスクデータ | emd_21502_msk_1.map | 59.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_21502_additional_1.map.gz emd_21502_additional_2.map.gz emd_21502_additional_3.map.gz emd_21502_half_map_1.map.gz emd_21502_half_map_2.map.gz | 3.4 MB 3 MB 8.4 MB 55.7 MB 55.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21502 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21502 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21502_validation.pdf.gz | 687.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21502_full_validation.pdf.gz | 686.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21502_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21502_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21502 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21502 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21502.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Dip1 activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament composite focused map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.10972 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21502_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Focused map of Arps and actin filament
ファイル | emd_21502_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused map of Arps and actin filament | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Focused map of Dip1 Arp2/3 complex
ファイル | emd_21502_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused map of Dip1 Arp2/3 complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Dip1 activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament...
ファイル | emd_21502_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Dip1 activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament unsharpened, non-filtered map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_21502_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_21502_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Complex consisting of actin-filament nucleator, Arp2/3 complex as...
+超分子 #1: Complex consisting of actin-filament nucleator, Arp2/3 complex as...
+分子 #1: Actin-related protein 3
+分子 #2: Actin-related protein 2
+分子 #3: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1
+分子 #4: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
+分子 #5: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
+分子 #6: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
+分子 #7: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
+分子 #8: Protein dip1
+分子 #9: Actin, alpha skeletal muscle
+分子 #10: Phalloidin
+分子 #11: MAGNESIUM ION
+分子 #12: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #13: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.019 kPa / 詳細: 20mA current | ||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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詳細 | Data were collected by stage shifting to targeted exposure positions. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5109 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 36.35 e/Å2 詳細: Each micrograph was collected as dose-fractionated movies consisting of 45 fractions per movie. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -1.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm / 倍率(公称値): 92000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |